Janet Iwasa: How animations can help scientists test a hypothesis

Translator: Fitore Fazliu Reviewer: Helena Bedalli

Take a look at this drawing.

Shikojeni këtë vizatim

Can you tell what it is?

A mund të thoni se çfarë është?

I'm a molecular biologist by training,

Unë jam biologe molekulare me shkollim,

and I've seen a lot of these kinds of drawings.

dhe kam parë shumë lloje të tilla vizatimesh.

They're usually referred to as a model figure,

Ato zakonisht quhen figura model,

a drawing that shows how we think

një vizatim që tregon se si ne mendojmë

a cellular or molecular process occurs.

se ndodh një proces celular apo molekuar.

This particular drawing is of a process

Ky është vizatimi i një procesi

called clathrin-mediated endocytosis.

të quajtur clathrin-meditated endocytosis.

It's a process by which a molecule can get

Është një proces përmes të cilit një molekulë mund të hyjë

from the outside of the cell to the inside

nga jashtë, brenda qelizës

by getting captured in a bubble or a vesicle

duke u kapur në një fluskë apo fshikëz

that then gets internalized by the cell.

e cila pastaj brendësohet nga qeliza.

There's a problem with this drawing, though,

Megjithatë, ka një problem me këtë vizatim,

and it's mainly in what it doesn't show.

dhe ka të bëjë me atë se çfarë nuk paraqet.

From lots of experiments,

Nga shumë eksperimente,

from lots of different scientists,

nga shumë shkencëtarë,

we know a lot about what these molecules look like,

dimë shumë se si duken këto molekula,

how they move around in the cell,

si ato lëvizin nëpër qelizë,

and that this is all taking place

dhe se e gjitha ndodh,

in an incredibly dynamic environment.

në një ambient jashtëzakonisht dinamik.

So in collaboration with a clathrin expert Tomas Kirchhausen,

Kështu, në bashkëpunim me një ekspert të clathrin, Thomas Kirchhausen,

we decided to create a new kind of model figure

vendosëm të krijojmë një lloj tjetër figure model

that showed all of that.

e cila i tregon të gjitha.

So we start outside of the cell.

Fillojmë nga jashtë qelizës.

Now we're looking inside.

Tani jemi duke parë brendësinë.

Clathrin are these three-legged molecules

Clathrin janë këto molekula tri-këmbësore

that can self-assemble into soccer-ball-like shapes.

të cilat mund të vetë-montohen në formë topi.

Through connections with a membrane,

Përmes lidhjeve me një membranë,

clathrin is able to deform the membrane

clathrin mund të deformojë membranën

and form this sort of a cup

dhe të formoje këtë lloj gote

that forms this sort of a bubble, or a vesicle,

e cila formon një lloj fluske, apo fshikëze,

that's now capturing some of the proteins

e cila tani është duke kapur disa nga proteinat

that were outside of the cell.

që ishin jashtë qelizës.

Proteins are coming in now that basically pinch off this vesicle,

Proteinat janë duke hyrë brenda, duke pickuar fshikzën

making it separate from the rest of the membrane,

duke e ndarë atë nga pjesa tjetër e membranës,

and now clathrin is basically done with its job,

dhe tani clathrin në fakt ka përfunduar punën e tij,

and so proteins are coming in now —

dhe kështu proteinat hyjnë brenda tani -

we've covered them yellow and orange —

(i kemi mbuluar në të verdhë dhe portokalli)

that are responsible for taking apart this clathrin cage.

të cilat janë përgjegjëse për shpërndarjen e këtij kafazi të clathrin.

And so all of these proteins can get basically recycled

Dhe kështu,të gjitha proteinat mund të riciklohen

and used all over again.

dhe përdoren nga fillimi.

These processes are too small to be seen directly,

Këto procese janë shumë të vogla për t'u parë drejtëpërdrejt,

even with the best microscopes,

madje edhe me mikroskopët më të mirë,

so animations like this provide a really powerful way

kështu që, animacionet si kjo ofrojnë një mënyrë vërtet të fuqishme

of visualizing a hypothesis.

të vizualizimit të një hipoteze.

Here's another illustration,

Ja dhe një ilustrim tjetër,

and this is a drawing of how a researcher might think

ky është është një vizatim i asaj se si një hulumtues mendon

that the HIV virus gets into and out of cells.

se virusi HIV hyn dhe del jashtë qelizës.

And again, this is a vast oversimplification

Prap, një tej-thjeshtëzim

and doesn't begin to show

që nuk fillon të shfaqë

what we actually know about these processes.

çfarë ne vërtet dimë për këto procese.

You might be surprised to know

Ju mund të habiteni po të dinit

that these simple drawings are the only way

se këto vizatime të thjeshta janë e vetmja mënyrë

that most biologists visualize their molecular hypotheses.

me të cilën shumica e biologëve vizualizojnë hipotezat e tyre molekulare.

Why?

Pse?

Because creating movies of processes

Sepse krijimi i filmave të proceseve

as we think they actually occur is really hard.

siç ne i mendojmë të ndodhin vërtet, është shumë i vështirë.

I spent months in Hollywood learning 3D animation software,

Unë kam kaluar muaj duke mësuar software-in e 3D animacioneve, në Hollywood,

and I spend months on each animation,

dhe kam kaluar muaj në secilin animacion,

and that's just time that most researchers can't afford.

dhe kjo është koha të cilën shumë hulumtues s'mund ta harxhojnë.

The payoffs can be huge, though.

Edhe pse, shpagesa do të jetë e madhe.

Molecular animations are unparalleled

Animacionet molekulare janë të pashembullta

in their ability to convey a great deal of information

në aftësinë e tyre për përçim të sasive të mëdha të informacionit

to broad audiences with extreme accuracy.

tek audiencat e gjëra, me saktësi të madhe.

And I'm working on a new project now

Tani jam duke punuar një projekt

called "The Science of HIV"

të quajtur " Shkenca e HIV"

where I'll be animating the entire life cycle

ku do të animoj ciklin e plotë jetësor

of the HIV virus as accurately as possible

të virusit HIV, sa më saktë të jetë e mundur ,

and all in molecular detail.

e gjitha në detaje molekulare.

The animation will feature data

Animacioni do të paraqese të dhëna

from thousands of researchers collected over decades,

nga mijëra hulumtues, të grumbulluara përgjatë dekadash.

data on what this virus looks like,

Të dhëna se si duket virusi,

how it's able to infect cells in our body,

si mund t'i infektojë qelizat e tjera në trup,

and how therapeutics are helping to combat infection.

dhe se si terapitë janë duke ndihmuar luftimin e infeksionit.

Përgjatë vitesh kam kuptuar se animacionet

Over the years, I found that animations

aren't just useful for communicating an idea,

s'janë të dobishme vetëm për komunikim të një ideje,

but they're also really useful

por ato janë vërtet shumë të dobishme

for exploring a hypothesis.

për hulumtim të një hipoteze.

Biologists for the most part are still using a paper and pencil

Biologët, në shumicën e rasteve, ende përdorin letër e laps

to visualize the processes they study,

për të vizualizuar proceset që studiojnë

and with the data we have now, that's just not good enough anymore.

por me të dhënat që tani posedojmë, ajo thjesht s'mjafton më.

The process of creating an animation

Procesi i krijimit të një animacioni

can act as a catalyst that allows researchers

mund të shërbeje si një katalizator që ju mundëson hulumtuesve

to crystalize and refine their own ideas.

të kristalizojnë e përsosin idetë e tyre.

One researcher I worked with

Një hulumtues me të cilin kam punuar,

who works on the molecular mechanisms

i cili hulumton mekanizmat molekulare

of neurodegenerative diseases

të sëmundjeve neurodegjenerative,

came up with experiments that were related

erdhi me idenë e një eksperimenti që lidhet

directly to the animation that she and I worked on together,

direkt me animacionin në të cilin kishim punuar bashkë,

and in this way, animation can feed back into the research process.

dhe në këtë mënyrë,animacioni mund të përgjigjet në procesin hulumtues.

I believe that animation can change biology.

Unë besoj se animacionet mund ta ndryshojnë biologjinë.

It can change the way that we communicate with one another,

Mund të ndryshojë mënyrën se si komunikojmë me njëri tjetrin,

how we explore our data

si i hulumtojmë të dhënat

and how we teach our students.

dhe si i mësojmë studentët tanë.

But for that change to happen,

Por për të ndodhur ky ndryshim,

we need more researchers creating animations,

duhet që më shumë hulumtues të krijojnë animacione,

and toward that end, I brought together a team

dhe për atë qëllim, unë mblodha bashkë një ekip

of biologists, animators and programmers

të biologëve, animatorëve dhe programuesve

to create a new, free, open-source software —

për të krijuar një software të ri, të hapur, falas -

we call it Molecular Flipbook —

e quajmë Molecular Flipbook -

that's created just for biologists

i krijuar vetëm për biologë,

just to create molecular animations.

vetëm për të krijuar animacione molekulare.

From our testing, we've found that it only takes 15 minutes

Nga testimet tona, kemi gjetur se kërkohen vetëm 15 minuta

for a biologist who has never touched animation software before

për një biolog i cili nuk ka prekur kurrë më herët një software animacioni

to create her first molecular animation

për të krijuar animacionin e parë molekular

of her own hypothesis.

të hipotezës së tij.

We're also building an online database

Ne po ashtu krijuam një databazë online

where anyone can view, download and contribute

ku të gjithë mund të shikojnë, shkarkojnë dhe kontribuojnë

their own animations.

animacionet e tyre.

We're really excited to announce

Jemi vërtet të emocionuar njoftojmë

that the beta version of the molecular animation

se versioni beta i software-it për animacione molekulare

software toolkit will be available for download today.

do të jetë sot në dispozicion për shkarkim.

We are really excited to see what biologists will create with it

Jemi shumë të emocionuar të shohim se çfarë do të krijojnë biologët me të

and what new insights they're able to gain

dhe çfarë ide të reja do të mund të fitojnë

from finally being able to animate

nga mundësia për të animuar

their own model figures.

figurat model të tyre.

Thank you.

Faleminderit.

(Applause)

(Duartrokitje)