Janet Iwasa: How animations can help scientists test a hypothesis

Janet Iwasa: Animasyonlar bilim adamlarının bir hipotezi test etmelerine nasıl yardımcı olabilir

Çeviri: Ayce Ozatalay Gözden geçirme: Ramazan Şen

Take a look at this drawing.

Şu çizime bir bakın.

Can you tell what it is?

Ne olduğunu söyleyebilir misiniz?

I'm a molecular biologist by training,

Moleküler biyoloji eğitimi aldım

and I've seen a lot of these kinds of drawings.

ve bunun gibi birçok çizim gördüm.

They're usually referred to as a model figure,

Bunlar genellikle örnek çizim diye tabir edilir,

a drawing that shows how we think

bir hücresel ya da moleküler işlemin

a cellular or molecular process occurs.

nasıl olduğunu düşündüğümüzü gösteren bir çizim.

This particular drawing is of a process

Bu çizim Klatrin bağımlı endositoz

called clathrin-mediated endocytosis.

denilen bir işlemi ayrıntılı olarak gösteriyor.

It's a process by which a molecule can get

Bu daha sonra hücre tarafından özümsenen

from the outside of the cell to the inside

bir kese ya da kabarcık vasıtasıyla bir molekülün

by getting captured in a bubble or a vesicle

hücre dışından hücre içine

that then gets internalized by the cell.

alınabildiği bir işlemdir.

There's a problem with this drawing, though,

Yine de, bu çizimde bir hata var,

and it's mainly in what it doesn't show.

ve esas olarak neyi göstermediği ile ilgili.

From lots of experiments,

Çok sayıda deneyden,

from lots of different scientists,

çok sayıda farklı bilim adamından,

we know a lot about what these molecules look like,

bu moleküllerin nasıl göründüğü ile ilgili bir çok şey biliyoruz.

how they move around in the cell,

Hücre içerisinde hareket edişlerini

and that this is all taking place

ve tüm bunların

in an incredibly dynamic environment.

inanılmaz hareketli bir ortamda meydana geldiğini.

So in collaboration with a clathrin expert Tomas Kirchhausen,

Klathrin uzmanı Tomas Kirchhausen'in işbirliği ile,

we decided to create a new kind of model figure

olayın tamamını gösteren yeni bir örnek çizim çeşidi

that showed all of that.

yaratmaya karar verdik.

So we start outside of the cell.

Böylece, hücre dışından başladık.

Now we're looking inside.

Şimdi içine bakıyoruz.

Clathrin are these three-legged molecules

Klathrin şu üç bacaklı moleküldür

that can self-assemble into soccer-ball-like shapes.

ki kendi kendini futbol topuna benzer şekilde monte edebilir.

Through connections with a membrane,

Bir zar ile birleşmesi sayesinde,

clathrin is able to deform the membrane

klathrin zarın şeklini bozabilir

and form this sort of a cup

ve bir balon ya da kabarcık şeklini alarak

that forms this sort of a bubble, or a vesicle,

fincana benzer bir form oluşturur,

that's now capturing some of the proteins

bu oluşum hücrenin dışındaki bazı

that were outside of the cell.

proteinleri hapsetmeye başlar.

Proteins are coming in now that basically pinch off this vesicle,

Proteinler şimdi içeriden kabarcığa çimdik atar

making it separate from the rest of the membrane,

ve onu zarın kalanından ayırır.

and now clathrin is basically done with its job,

Şimdi klathrin görevini yerine getirmiş oldu

and so proteins are coming in now —

ve proteinler içeri gelmeye başladı.

we've covered them yellow and orange —

Onları sarı ve turuncu ile belirttik.

that are responsible for taking apart this clathrin cage.

Bunlar klathrin kafesini ayrıştırmakla yükümlü.

And so all of these proteins can get basically recycled

Neticede bütün bu proteinler geri dönüşmüş

and used all over again.

ve yeniden kullanılmış oldu.

These processes are too small to be seen directly,

Bu işlemler en iyi mikroskoplarla bile direkt

even with the best microscopes,

olarak görülemeyecek kadar küçükler,

so animations like this provide a really powerful way

yani bu gibi animasyonlar bir hipotezi

of visualizing a hypothesis.

görselleştirmeyi güçlü bir şekilde sağlıyor.

Here's another illustration,

İşte başka bir çizim

and this is a drawing of how a researcher might think

ve bu da bir araştırmacının HIV virüsünün hücreye

that the HIV virus gets into and out of cells.

nasıl girip çıktığını düşündüğünün çizimi.

And again, this is a vast oversimplification

Ve yine, bu çok büyük bir basitleştirme

and doesn't begin to show

ve bu işlemler hakkında gerçekten

what we actually know about these processes.

bildiklerimizi göstermeye başlamyor.

You might be surprised to know

Bu çizimlerin çoğu biyoloğun moleküler

that these simple drawings are the only way

hipotezlerini görselleştirmek için kullandığı

that most biologists visualize their molecular hypotheses.

tek yol olduğuna şaşırıyor olabilirsiniz.

Why?

Niçin?

Because creating movies of processes

Çünkü işlemlerin oluş şekillerini düşündüğümüze

as we think they actually occur is really hard.

en yakın haliyle gösteren filmler yaratmak gerçekten çok zor.

I spent months in Hollywood learning 3D animation software,

Hollywood'da 3D animasyon yazılımı öğrenmek için aylar geçirdim

and I spend months on each animation,

ve her bir animasyon için de aylar harcadım

and that's just time that most researchers can't afford.

ve bu çoğu araştırmacının karşılayamayacağı bir zaman.

The payoffs can be huge, though.

Gerçi bedeli muazzam olabiliyor.

Molecular animations are unparalleled

Moleküler animasyonlar geniş kitlelere

in their ability to convey a great deal of information

üstün kesinlikte bilgiyi yayma

to broad audiences with extreme accuracy.

becerileriyle benzersizdir.

And I'm working on a new project now

Şu anda "HIV'nin Bilimi" adlı

called "The Science of HIV"

bir proje üzerine çalışıyorum.

where I'll be animating the entire life cycle

Burada HIV virüsünün tüm yaşam döngüsünü

of the HIV virus as accurately as possible

olabilecek en kati şekilde ve tüm

and all in molecular detail.

moleküler detaylarıyla canlandıracağım.

The animation will feature data

Bu animasyon binlerce araştırmacının

from thousands of researchers collected over decades,

yüzyıllar boyunca biriktirdiği verileri içerecek.

data on what this virus looks like,

Bunlar virüsün neye benzediğini,

how it's able to infect cells in our body,

vücudumuzdaki hücrelere nasıl bulaşabildiğini

and how therapeutics are helping to combat infection.

ve iyileştiricilerin enfeksiyonla nasıl mücadele ettiğini gösteren veriler.

Over the years, I found that animations

Yıllar boyunca, gördüm ki animasyonlar

aren't just useful for communicating an idea,

sadece bir fikri anlatmakta değil

but they're also really useful

aynı zamanda bir hipotezi

for exploring a hypothesis.

keşfetmek için de gerçekten faydalı.

Biologists for the most part are still using a paper and pencil

Biyologlar hâlâ araştırdıkları işlemleri görselleştirmek için

to visualize the processes they study,

çoğunlukla kalem ve kağıt kullanıyorlar

and with the data we have now, that's just not good enough anymore.

ve şu anda sahip olduğumuz verilerle bu artık yeterince iyi değil.

The process of creating an animation

Bir animasyon yaratma işlemi,

can act as a catalyst that allows researchers

araştırmacılara kendi fikirlerini açığa çıkartmaları

to crystalize and refine their own ideas.

ve ayıklamaları için bir katalizör gibi davranabilir.

One researcher I worked with

Çalıştığım araştırmacılardan birisi

who works on the molecular mechanisms

sinir dokusu bozulumunun moleküler

of neurodegenerative diseases

mekanizmaları üzerine çalışıyordu,

came up with experiments that were related

birlikte çalıştığımız animasyonla direkt olarak

directly to the animation that she and I worked on together,

alakalı olan deneylerle çıkageldi ve böylece

and in this way, animation can feed back into the research process.

animasyon araştırma sürecine geri besleme yapabildi.

I believe that animation can change biology.

İnanıyorum ki animasyon biyolojiyi değiştirebilir.

It can change the way that we communicate with one another,

Bu bizim birbirimizle iletişim şeklimizi,

how we explore our data

verileri nasıl incelediğimizi ve öğrencilerimizi

and how we teach our students.

nasıl eğittiğimizi değiştirebilir.

But for that change to happen,

Ama bu değişim için

we need more researchers creating animations,

animasyon yapan daha fazla araştırmacıya ihtiyacımız var

and toward that end, I brought together a team

ve bu doğrultuda yeni, ücretsiz,

of biologists, animators and programmers

açık kaynaklı bir yazılım yaratmak için

to create a new, free, open-source software —

animatör ve programcılardan oluşan bir ekip topladım.

we call it Molecular Flipbook —

Buna "Moleküler Kitap" dedik

that's created just for biologists

ve bu yalnızca biyologların moleküler

just to create molecular animations.

animasyonlar yaratmaları için yapıldı.

From our testing, we've found that it only takes 15 minutes

Testlerimizde daha önce animasyon deneyimi

for a biologist who has never touched animation software before

olmayan bir biyoloğun hipotezi için yapacağı

to create her first molecular animation

ilk moleküler animasyonunu sadece

of her own hypothesis.

15 dakikada bitirdiğini gördük.

We're also building an online database

Ayrıca herkesin kendi animasyonunu

where anyone can view, download and contribute

görüntüleyebileceği, indirebileceği ve katkıda bulunabileceği

their own animations.

bir veritabanı yapıyoruz.

We're really excited to announce

Bu yazılımın beta versiyonun bugünden

that the beta version of the molecular animation

itibaren indirilmeye hazır olduğunu

software toolkit will be available for download today.

duyurmaktan büyük mutluluk duyuyoruz.

We are really excited to see what biologists will create with it

Biyologların onunla neler yaratabileceklerini,

and what new insights they're able to gain

kendi animasyonlarını yaratırken

from finally being able to animate

elde edecekleri yeni içgörüleri

their own model figures.

görebileceğimiz için heyecanlıyız.

Thank you.

Teşekkürler.

(Applause)

(Alkışlar)