How we study the microbes living in your gut | Dan Knights

Çeviri: Zeynep Erdoğan Gözden geçirme: Figen Ergürbüz

If I asked you to name a microbe that's living in your gut,

Eğer size bağırsağınızda yaşayan mikroplardan birinin adını sorsaydım,

many of you would probably say E. coli.

çoğunuz büyük ihtimalle E. Coli derdi.

A lot of people say this. It's the best-known of the gut microbes.

Birçok kişi bunu söyler. Bağırsak mikroplarımızdan en ünlüsüdür.

But it turns out that E. coli is outnumbered in your gut

Ama görünen o ki, E. Coli bağırsağınızda büyük ihtimalle hiç duymadığınız

about a thousand to one

diğer mikroplarla karşılaştırılınca,

by other species, many of which you probably haven't heard of.

binde bir oranında daha az bulunuyor.

These are Bacteroides; Prevotella is another example.

Bunlar Bakteroittir; Prevotella bir başka örnektir.

Those are the two that dominate the modern human gut.

Onlar modern insan bağırsağına egemen olan ikilidir.

There are about a hundred trillion microbes living inside you.

Neredeyse yüz trilyon kadar içinizde yaşayan mikrop var.

We call this your microbiome,

Bunları sizin mikrobiyomunuz olarak adlandırırız,

so it's like a little world living inside you --

içinizde yaşayan küçük bir dünya gibidir--

actually more like a universe.

aslında, daha çok bir evren.

A hundred trillion means if you took a blade of grass

Yüz trilyon dersek, bir ot sapı alıp bağırsağınızdaki

and planted it for every microbe living in your gut,

her bir mikrop için bir tane sap ekseydiniz,

that could fill a million football fields.

bu bir milyon futbol sahasını doldurabilirdi.

So it's incredibly complex.

Yani bu müthiş karmaşık birşeydir.

But interestingly,

Ama ilginç olan şu ki,

as our bodies have been adapting to life in modern society,

vücutlarımız modern toplum içerisindeki yaşama uyum sağlarken,

we're losing some of our normal microbes,

bazı normal mikroplarımızı kaybediyoruz

and at the same time,

ve bunun yanı sıra,

there are quite a few diseases related to the gut

bağırsağa bağlı birçok hastalık

that are skyrocketing in developed nations all around the world.

dünya çapındaki gelişmiş ülkelerde birdenbire artmaya başlıyor.

And many of you probably know someone who suffers from obesity,

Birçoğunuz da herhalde obezite, diabet, kron hastalığı,

diabetes, Crohn's disease or ulcerative colitis,

ülseratif kolit, alerji ve astımı olan

allergies and asthma.

biri biliyorsunuzdur.

Every one of these diseases

Bu ve diğer

and many others related to metabolism and autoimmunity

metabolizma ile otoimmuniteye bağlı hastalıklardan her biri

are linked to a loss of healthy diversity in the gut.

bağırsağımızdaki sağlıklı çeşitliliğin yok olmasına bağlıdır.

My lab got our first indication of this

Laboratuvarım bunu ilk fark ettiğinde,

when actually we were studying non-human primates.

insan dışındaki primatları araştırıyorduk.

We wanted to find out what happens to a monkey's microbiome

Bir maymun ormandan hayvanat bahçesine yerleştirilince

when they move from the jungle to a zoo.

mikrobiyomuna ne olacağını bulmak istiyorduk.

Does their microbiome change? Do they pick up new bugs?

Mikrobiyomları değişir mi? Yeni böcekler mi yerleşir?

Do they lose some? Does it get better or worse?

Böcek mi kaybederler? Daha iyi ya da kötü mü olur?

We tracked two different species in the jungle,

Biri Vietnam ve diğeri Costa Rica'da olmak üzere

one in Vietnam, one in Costa Rica,

iki farklı türü takip ettik

and then we sequenced the DNA from their stool.

ve sonra dışkılarını kullanarak DNA'larına baktık.

This is how we study the microbiome in my research lab.

Laboratuarımda mikrobiyomu böyle inceleriz.

And what we found in the DNA is that in the wild,

DNA ile bulduklarımıza göre de yabanda

these two species had totally different sets of microbes.

bu iki türün tamamen farklı mikropları olduğuydu.

It was like a fingerprint for the species.

Türler için bir parmak izi gibiydi.

But in the zoo, they had lost most of that diversity

Ama hayvanat bahçesinde bu çeşitliliğin çoğunu kaybedip

and had acquired some other set of microbes.

farklı mikrop türleri elde edinmişlerdi.

So this was very curious.

Bu da çok ilginçti.

We've got these two different microbiomes.

Elimizde bu iki farklı mikrobiyom vardı.

In the wild, picture a lush tropical rainforest

Yabanda, maymun bağırsağında yaşayan canlı bir

living the guts of these monkeys.

tropik orman hayal edin.

That's the kind of diversity that we're talking about.

İşte böyle bir çeşitlilikten bahsediyoruz.

Then in the zoo, they've lost diversity.

Hayvanat bahçesinde ise, çeşitliliklerini kaybetmişler.

Picture a rainforest that's been burned to the ground

Yanıp kül olmuş ve istilacı türler tarafından ele geçirilmiş

and taken over by a few invasive species.

bir yağmur ormanını düşünün.

That's more like the microbiome in a captive primate.

Bu yakalanmış bir primatın mikrobiyomuna daha çok benzer.

Now, in the meantime,

Şimdi, bu esnada,

many of the animals in the zoo are not doing so well.

hayvanat bahçesindeki çoğu hayvan iyi durumda değil.

They have issues with obesity,

Obezite, dışkılama, mide iltihabı,

wasting,

ishal

gastroenteritis, diarrhea, bloating,

ve şişkinlikle sorunları vardı

and some of them were barely holding onto their lives.

ve bazıları zar zor hayata tutunuyordu.

Now, of course, we were very interested to find out

Tabii ki de, hayvanat bahçelerini ele geçirmiş

what are these so-called invasive species that are taking over in the zoo.

bu sözde istilacı türlerin ne olduğunu merak ettik.

So we went back to the DNA, and what the DNA told us

DNA'ya geri döndüğümüzde DNA'nın bize gösterdiği,

is that every monkey in the zoo

hayvanat bahçesindeki her bir maymunun

had become dominated by Bacteroides and Prevotella,

bakteroitler ve Prevotella bakterileriyle, yani modern insan olarak

the same microbes that we all have in our guts as modern humans.

hepimizin bağırsağında bulunan bakterilerle dolduğuydu.

We wanted to find a way to visualize this,

Bunu bir şekilde görselleştirmek istedik,

and we used some tools from multivariate ecology

bunun için de çok değişkenli ekolojiden aletler kullanarak

to put all of the microbiomes we were studying onto an axis.

bütün incelediğimiz mikropları bir eksene koyduk.

And what you're seeing here is a distance plot

Şu anda gördüğünüz uzaklık taslağında,

where every point is a different animal's microbiome.

her bir nokta farklı bir hayvanın mikrobiyomunu temsil eder.

So every point represents a whole zoo of microbes.

Yani her bir nota farklı bir mikrop grubunu temsil eder.

And the microbiomes that have a lot of microbes in common

Ve daha çok benzer mikrobu olan mikrobiyomlar birbirlerine

are close to each other.

daha yakındır.

The ones that are very different are farther apart.

Çok farklı olanlar daha uzak dururlar.

So this is showing you

Şimdi bu size,

that the two groups of wild monkeys are over on the left.

iki yabani maymun grubunun sol tarafta olduğunu gösteriyor.

The top left are these highly endangered monkeys

Sol üstekiler Vietnam'daki nesli büyük tehlike altında olan

called the red-shanked douc in Vietnam.

kızıl-bacaklı douc maymunlarıdır.

And at the bottom left are monkeys from Costa Rica.

Sol alttakiler ise Costa Rica'daki maymunlardır.

So you can see that they have totally different microbiomes in the wild.

Yabanda tamamen farklı mikrobiyomları olduğunu görebilirsiniz.

And then the same two species of monkey in the zoo are converging,

Sonra da aynı iki maymun türü hayvanat bahçesinde birleşiyor,

so their microbiomes change

mikrobiyomları değişiyor

and they become much more similar to each other,

ve farklı kıta, coğrafi bölge

even though these are zoos on different continents,

ve diyetlere sahip olmalarına karşın

different geographical regions, and they're eating different diets.

birbirlerine çok daha benzemiş oluyorlar.

Now, we did study some other species of primate.

Şimdi, farklı türlerde primatları da araştırmamış değiliz.

What species of primate do you think is even more divergent

Sizce hangi primat türü yakalanmış primatlara göre

from the wild primates than the captive primates?

yaban primatlardan daha farklıdır?

Modern humans.

Modern insanlar.

These are humans living in developing nations.

Bunlar gelişen ülkelerde yaşayan insanlar.

So they were more different from the wild primates

Onlar hayvanat bahçelerindekilerden çok yabani

than those in the zoo.

primatlardan daha farklılar.

And the final group that we studied, all the way on the right,

Ve son incelediğimiz grup, en sağdakiler

is people living in the USA.

de Amerika'da yaşayan insanlar.

And when I saw this figure,

Bu figürü gördüğümde de,

the hairs raised up on the back of my neck,

tüylerim diken diken olmuştu

because one way to think about it is, "Oh, that's interesting,

çünkü buna belli bir şekilde bakarsan, "Ah, bu ilginç,

captive monkeys are sort of on their way to becoming like Americans."

yakalanmış primatlar bir bakıma Amerikalı olma yolundalar."

(Laughter)

(Gülüş)

But the other way to think about it

Ama farklı bir şekilde düşünürsek de

is that Americans are like super-captive monkeys.

Amerikalılar aslında aşırı-tutsak primatlar gibidir.

And I was actually looking at this figure on my computer screen

Ve ben de tam bu bilgisayar ekranımdaki figüre bakarken

when I got the news that four of the red-shanked doucs

4 tane kızıl-bacaklı douc maymununun bağırsak problemleri yüzünden

had died in the zoo of gut-related issues.

öldüğü haberini almıştım.

So for some of these animals,

Yani bu hayvanların bazıları için,

having the right microbes living inside them

bağırsaklarında doğru mikropların olması yaşayıp

may be a matter of survival.

yaşamayacaklarını etkileyebilir.

Now this brings us to the human part of the story.

Şimdi bu bizi hikâyenin insan kısmına getiriyor.

Obviously, the microbiomes in the USA

ABD'deki mikrobiyomlar belli ki

aren't causing premature death as frequently as in the zoo,

hayvanat bahçesi kadar sık erken ölümlere sebep olmuyor,

but we have major risk of obesity, diabetes,

ama büyük bir obezite, diabet ve birçok farklı

a number of these other diseases.

hastalık riskimiz var.

And this applies not just to people who have been living in the USA

Ve bu sadece Amerika'da nesillerce yaşayanlar için geçerli değil,

for many generations,

ama aynı zamanda Amerika'ya çoğunlukla

but also to immigrants and refugees,

başlangıçta metabolik bakımdan sağlıklı gelmiş

who, for most immigrant and refugee groups,

ve sonraki birkaç yıl içerisinde her bir diğer Amerikalı gibi

arrive in the USA metabolically healthy,

yüksek obezite ve diabet

and then within a few years,

riski oluşmuş

they become just as high-risk for obesity and diabetes

göçmen ve mülteciler için

as other Americans.

de geçerlidir.

And we discussed this issue with two groups

Bu sorunu da Amerika'ya Güneydoğu Asya'dan

that have been coming to the USA from Southeast Asia:

gelen iki grupla tartıştık:

the Hmong, who started coming in the mid-1970s

1970'lerin ortasında Vietnam Savaşı ve ABD'nin gizli Laos savaşından

as refugees from the Vietnam War and the US secret war in Laos;

göçmen olarak gelmeye başlamış Hmong'lar

and the Karen, who have been coming more recently as refugees from Myanmar.

ve bu aralar daha sıkça Myanmar'dan göçmen olarak gelen Karen'ler.

So we've been working for a few years

Biz yerli topluluk

with these local communities and clinicians

ve kliniklerle beraber yıllarca

to study what happens to the Hmong and Karen microbiomes

Tayland'daki göçmen kamplarından ve köylerden Amerika'ya giden insanların

when people move from refugee camps and villages in Thailand to the USA.

Hmong ve Karen mikrobiyomlarında ortaya çıkan değişimi inceliyorduk.

And what we found

Ve bulduğumuza göre,

is that when people come to the USA from these groups,

bu gruplardaki insanlar Amerika'ya gelince

they lose a large fraction of their microbiome,

mikrobiyomlarının büyük bir parçasını,

somewhere around 20 percent,

yaklaşık yüzde 20'sini,

and those who come to the USA and become obese

Amerika'ya gelip de obez olanlar ise üçte birini

lose about a third of their microbes.

kaybediyorlar.

So we know that moving to the USA

Yani biliyoruz ki Amerika'ya yerleşmek

is sufficient to cause a dramatic change in your microbiome,

mikrobiyomunuzda büyük ihtimalle iyi sonuçlanmayacak

probably not for the better.

büyük değişikler yaratmaya yeter.

Are these microbes actually causing the obesity,

Bu mikroplar aslında obeziteye mi sebep oluyor, yoksa

or is the obesity causing a change in the microbes?

obezite mikroplarda değişime mi neden oluyor?

This is something that we're following up on,

Bu bizim takip ettiğimiz bir şey

and the evidence we have now in my lab

ve laboratuvarımda olan kanıtla dünyanın farklı yerlerindeki

combined with evidence from a number of labs around the world

başka laboratuvarlardaki kanıtların söylediğine göre

tells us that certain changes in the microbiome

mikrobiyomdaki belirli değişiklikler obeziteye

do lead to obesity,

ve birçok diğer modern,

and a number of other modern, kind of Westernized diseases.

bir şekilde Batılılaşmış hastalıklara sebep olabiliyor.

The good news is that your microbiome can actually change.

İyi haber şu ki mikrobiyomunuz aslında değişebilir.

Unlike your own genome,

Onun genomunuzdan farkı,

it's a living, breathing thing,

canlı, yaşayan bir şey olmasıdır

and there's a broad front of research happening right now

ve şu an diyet ve canlı mikroplar kullanarak

to better understand how we can restore our microbiomes

mikrobiyomunuzu nasıl düzeltebileceğimizi

when something goes wrong,

anlamaya doğru

using diet,

büyük kapsamlı

using live microbes.

araştırmalar yapılmaktadır.

And in fact, one of the next steps for us

Ve aslında, bir sonraki adımlarımızdan

is collecting and preserving microbes from healthy people around the world

biri de dünyadaki sağlıklı insanların mikroplarını,

so that they can be kept as cultural assets for those groups

o gruplar modern topluma adapte olurken onları koruyacak

to potentially protect them as they adapt to modern society,

kültürel varlıklar olarak saklamak ve her yeni kuşakla

and to protect future generations

bu hastalık riskleri artan

who are currently growing up to have increased risk of these diseases

gelecek nesilleri korumak için

with every generation.

muhafaza etmektir.

I'm looking forward to a future

Elimizde mikrobiyomumuzu

where we have the tools that we need to restore and replenish our microbiomes,

düzeltecek ve tazeleyecek aletlerin olacağı ve aynı zamanda

and in that world, the monkeys will live happier and healthier lives,

maymunların ve bizim daha mutlu ve sağlıklı yaşayabileceğimiz bir geleceği

and so will we.

dört gözle bekliyorum.

(Applause)

(Alkış)