Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Vertaald door: Rik Delaet Nagekeken door: Els De Keyser

How can we investigate

Hoe kunnen we deze flora van virussen

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

die ons omringt, onderzoeken en de geneeskunde vooruithelpen?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Hoe kunnen we onze cumulatieve kennis van de virologie

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

toepassen in een eenvoudige, draagbare diagnostische test?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Ik wil alle kennis over het detecteren van virussen

and the spectrum of viruses that are out there

en het spectrum van virussen die er zijn,

into, let's say, a small chip.

onderbrengen op één kleine chip.

When we started thinking about this project --

Toen we begonnen na te denken over dit project -

how we would make a single diagnostic assay

hoe we een diagnostische test

to screen for all pathogens simultaneously --

voor het screenen op alle pathogenen tegelijk zouden maken -

well, there's some problems with this idea.

kwamen er wat problemen bij kijken.

First of all, viruses are pretty complex,

In de eerste plaats zijn virussen vrij complex,

but they're also evolving very fast.

maar ze evolueren ook erg snel.

This is a picornavirus.

Dit is een picornavirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Bij de picornavirussen horen onder andere de virussen voor

the common cold and polio, things like this.

verkoudheid en polio thuis.

You're looking at the outside shell of the virus,

Je kijkt naar de buitenkant van het virus,

and the yellow color here are those parts of the virus

en de gele kleur hier zijn die delen van het virus

that are evolving very, very fast,

die heel, heel snel evolueren.

and the blue parts are not evolving very fast.

De blauwe delen evolueren niet zo snel.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Wanneer mensen denken over het maken van pan-virale detectiereagentia,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

geeft meestal dat snel evoluerende deel problemen,

because how can we detect things if they're always changing?

want hoe kunnen we dingen detecteren als ze altijd maar veranderen?

But evolution is a balance:

Maar de evolutie is een evenwicht:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

waar iets snel verandert, heb je ook ultra-behoud -

things that almost never change.

dingen die bijna nooit veranderen.

And so we looked into this a little more carefully,

Daarom zochten we een beetje zorgvuldiger in die richting.

and I'm going to show you data now.

Ik ga er nu wat data van laten zien.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Dit kan je al op de computer thuis doen.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Ik nam een aantal van deze kleine picornavirussen,

like the common cold, like polio and so on,

zoals de gewone verkoudheid, polio en ga zo maar door,

and I just broke them down into small segments.

en brak ze in kleine segmenten.

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

Dit eerste geval, het coxsackievirus,

and just break it into small windows.

deelde ik op in kleine vensters.

And I'm coloring these small windows blue

Ik kleurde die kleine vensters blauw

if another virus shares an identical sequence in its genome

als een ander virus in zijn genoom een identieke sequentie

to that virus.

met dat virus had.

These sequences right up here --

Deze sequenties hier -

which don't even code for protein, by the way --

die niet eens coderen voor eiwit, tussen haakjes -

are almost absolutely identical across all of these,

zijn vrijwel absoluut identiek bij al deze virussen.

so I could use this sequence as a marker

Zo kon ik deze sequentie als een marker gebruiken

to detect a wide spectrum of viruses,

om een breed spectrum van virussen op te sporen,

without having to make something individual.

zonder iets individueel te moeten maken.

Now, over here there's great diversity:

Hier zie je grote diversiteit:

that's where things are evolving fast.

dat is waar de dingen snel evolueren.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Hieronder zie je langzamer evolutie: minder diversiteit.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Als we bijvoorbeeld kijken naar

acute bee paralysis virus --

acute virusverlamming bij bijen -

probably a bad one to have if you're a bee ---

waarschijnlijk niet goed om hebben als je een bij bent ---

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

zien we dat dit virus bijna geen gelijkenis vertoont met het coxsackievirus,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

maar ik kan jullie verzekeren dat de sequenties die het meest behouden blijven

among these viruses on the right-hand of the screen

tussen deze virussen aan de rechterkant van het scherm

are in identical regions right up here.

zich in dezelfde regio's bevinden.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Zo kunnen we deze regio's van ultra-conservering

through evolution -- how these viruses evolved --

doorheen de evolutie inkapselen - hoe deze virussen evolueerden -

by just choosing DNA elements or RNA elements

door DNA-elementen of RNA-elementen uit deze regio's

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

op onze chip als detectiereagentia te kiezen.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

OK, dat is wat we deden, maar hoe gaat het in zijn werk?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Al sinds mijn doctoraalopleiding

I've been messing around making DNA chips --

heb ik DNA-chips zitten knutselen -

that is, printing DNA on glass.

dat komt neer op DNA afdrukken op glas.

And that's what you see here:

Dat is wat je hier ziet:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

deze kleine zoutvlekjes zijn gewoon DNA op glas geplakt,

and so I can put thousands of these on our glass chip

en zo ik kan er duizenden op onze glazen chip zetten

and use them as a detection reagent.

en gebruiken als een detectie-reagens.

We took our chip over to Hewlett-Packard

We namen onze chip mee naar Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

en gebruikten hun atoomkrachtmicroscoop op een van deze vlekken.

and this is what you see:

Dan krijg je dit te zien:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

je kan de strengen DNA hier plat op het glas zien liggen.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Eigenlijk printen we DNA op glas -

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

kleine platte dingetjes - dat worden markers voor ziekteverwekkers.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Ik maak in het lab kleine robots om deze chips te maken,

and I'm really big on disseminating technology.

en ik ben weg van het toepassen van technologie op nieuwe gebieden.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Als je genoeg geld hebt om een Camry te kopen,

you can build one of these too,

kan je ook zo een bouwen.

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

We hebben geheel gratis een grondige doe-het-zelfgids op het net geplaatst

with basically order-off-the-shelf parts.

met in principe courante onderdelen -

You can build a DNA array machine in your garage.

je kan nu in je garage een DNA-arraymachine bouwen.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Hier de paragraaf over de zeer belangrijke noodstopschakelaar.

(Laughter)

(Gelach)

Every important machine's got to have a big red button.

Elke belangrijke machine moet een grote rode knop hebben.

But really, it's pretty robust.

Maar echt, het is vrij robuust.

You can actually be making DNA chips in your garage

Je kan nu echt DNA-chips maken in je garage

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

en behoorlijk snel een aantal genetische programma's decoderen. Heel leuk.

(Laughter)

(Gelach)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Dit is een echt cool project:

we just started by making a respiratory virus chip.

we zijn nog maar net begonnen met het maken van een respiratoire-viruschip.

I talked about that --

Ik had het daar al over -

you know, that situation where you go into the clinic

ik bedoel de situatie waar ze in de kliniek

and you don't get diagnosed?

niet kunnen vinden wat je mankeert.

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

We hebben gewoon alle menselijke respiratoire virussen

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

op één chip gezet. We deden er voor de goede orde ook nog het herpesvirus bij -

I mean, why not?

Ik bedoel, waarom niet?

The first thing you do as a scientist is,

Het eerste wat je als wetenschapper moet doen,

you make sure stuff works.

is zorgen dat het spul werkt.

And so what we did is, we take tissue culture cells

We namen wat weefselcultuurcellen

and infect them with various viruses,

en infecteerden ze met verschillende virussen,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

en labelden het nucleïnezuur fluorescent.

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

We brengen het genetisch materiaal dat voortkomt uit deze weefselcultuurcellen -

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

meestal viraal materiaal - op de array om te zien waar het blijft plakken.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Als de DNA-sequenties overeenkomen, zullen ze aan elkaar blijven plakken.

and so we can look at spots.

Dat zien we aan de gevormde kleurvlekken.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Als ze oplichten, weten we dat er een zeker virus aanwezig is.

That's what one of these chips really looks like,

Zo ziet een van deze chips eruit.

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

Deze rode vlekken zijn in feite het signaal afkomstig van het virus.

And each spot represents a different family of virus

Elke vlek staat voor een andere virusfamilie

or species of virus.

of soorten van virussen.

And so, that's a hard way to look at things,

Maar dat is een moeilijke manier om naar die dingen te kijken,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

dus ga ik ze coderen als een kleine barcode,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

gegroepeerd per familie, zodat je de resultaten op een meer intuïtieve manier kan zien.

What we did is, we took tissue culture cells

We hebben weefselcultuurcellen

and infected them with adenovirus,

geïnfecteerd met het adenovirus.

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

Je ziet deze kleine gele barcode naast het adenovirus.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

En met para-influenza-3 -

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

dat is een paramyxovirus - hier de kleine barcode.

And then we did respiratory syncytial virus.

Ook nog het respiratoir syncytieel virus.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

Dat is de gesel van de kinderdagverblijven -

it's like boogeremia, basically.

gesnotter alom.

(Laughter)

(Gelach)

You can see that this barcode is the same family,

Je kan zien dat deze barcode van dezelfde familie is,

but it's distinct from parainfluenza-3,

maar onderscheiden van para-influenza-3,

which gives you a very bad cold.

die je een heel zware verkoudheid geeft.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Zo krijgen we unieke signalen, een vingerafdruk voor elk virus.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Polio en rhino: ze zijn van dezelfde familie, heel dicht bij elkaar.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rhino is de verkoudheid en jullie weten allemaal wat polio is.

and you can see that these signatures are distinct.

Je kunt zien dat deze signalen te onderscheiden zijn.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

Kaposi-sarcoom-geassocieerd herpes virus

gives a nice signature down here.

geeft een mooi signaal hier beneden.

And so it is not any one stripe or something

Het is geen streepje of iets dergelijks

that tells me I have a virus of a particular type here;

dat wijst op een virus van een bepaald type.

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

Het is de barcode in haar geheel die de hele zaak vertegenwoordigt.

All right, I can see a rhinovirus --

Ik zie een rhinovirus -

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

en hier is de vergroting van de kleine barcode van het rhinovirus -

but what about different rhinoviruses?

maar hoe zit het met verschillende rhinovirussen?

How do I know which rhinovirus I have?

Hoe weet ik welk rhinovirus ik heb?

There're 102 known variants of the common cold,

Er bestaan 102 bekende varianten van de verkoudheid,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

en er zijn er slechts 102, omdat het mensen begon te vervelen ze te verzamelen,

there are just new ones every year.

want er komen er elk jaar nieuwe bij.

And so, here are four different rhinoviruses,

Hier zijn vier verschillende rhinovirussen.

and you can see, even with your eye,

Je kan ze

without any fancy computer pattern-matching

zonder gesofistikeerde computer

recognition software algorithms,

met patroonherkenningsoftware

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

van elkaar onderscheiden door deze barcodes.

Now, this is kind of a cheap shot,

Nu is dit wel niet erg moeilijk

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

want ik ken de genetische sequenties van al deze rhinovirussen.

and I in fact designed the chip

In feite ontwierp ik de chip

expressly to be able to tell them apart,

precies om ze uit elkaar te kunnen houden,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

maar hoe zit het met rhinovirussen die nog nooit een genetische sequencer hebben gezien?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

We kennen de sequentie niet. We hebben ze nog maar net verzameld.

So, here are four rhinoviruses

Hier zijn dus vier rhinovirussen

we never knew anything about --

tot nogtoe onbekend -

no one's ever sequenced them -- and you can also see

de sequentie is nog niet bepaald - en je kunt zien

that you get unique and distinguishable patterns.

dat de patronen uniek en te onderscheiden zijn.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Je zou een bibliotheek, hetzij reëel of virtueel,

of fingerprints of essentially every virus.

van vingerafdrukken van in wezen elk virus kunnen opbouwen.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Maar daar is weer niks aan, toch?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Je hebt weefselcultuurcellen en een hoop virusmateriaal.

What about real people?

Hoe zit het met echte mensen?

You can't control real people, as you probably know.

Je hebt geen controle over echte mensen, zoals je waarschijnlijk weet.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Je hebt geen idee wat iemand in een beker gaat uithoesten.

and it's probably really complex, right?

Waarschijnlijk iets heel complex, toch?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Er kunnen veel bacteriën in zitten, of meerdere virussen

and it certainly has host genetic material.

en het bevat zeker ook genetisch materiaal van de gastheer.

So how do we deal with this?

Hoe behandelen we dat?

And how do we do the positive control here?

Hoe doen we hier de positieve controle?

Well, it's pretty simple.

Nou, het is vrij simpel.

That's me, getting a nasal lavage.

Dat ben ik bij het ondergaan van een nasale spoeling.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Het idee is om mensen experimenteel met een virus in te enten

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

zodat we - dit is tussen haakjes door het IRB goedgekeurd, ze worden ervoor betaald.

And basically we experimentally inoculate people

Eigenlijk besmetten we mensen experimenteel

with the common cold virus.

met het verkoudheidsvirus.

Or, even better, let's just take people

Of, nog beter, we nemen gewoon mensen

right out of the emergency room --

direct uit de spoedafdeling -

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

met ongedefinieerde, in de gemeenschap opgelopen luchtweginfecties.

You have no idea what walks in through the door.

Je hebt geen idee wat er door de deur binnenkomt.

So, let's start off with the positive control first,

Laten we eerst beginnen met de positieve controle,

where we know the person was healthy.

waarvan we weten dat de persoon gezond was.

They got a shot of virus up the nose,

Ze werden via de neus besmet met virussen.

let's see what happens.

Laten we eens kijken wat er gebeurt.

Day zero: nothing happening.

Dag nul: er gebeurt niets.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Ze zijn gezond, ze zijn schoon - het is verbazingwekkend.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Eigenlijk verwachten we nasale luchtwegen vol met virussen

even when you're walking around healthy.

zelfs wanneer je er gezond bij loopt.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Het is vrij schoon. Als je gezond bent, ben je behoorlijk gezond.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Dag twee: we krijgen een zeer robuust rhinoviruspatroon,

and it's very similar to what we get in the lab

en het is zeer vergelijkbaar met wat we krijgen in het lab

doing our tissue culture experiment.

met ons weefselkweekexperiment.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Dat is geweldig maar toch weer niet bijster speciaal, niet?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

We hebben een hoop virussen door de neus van deze kerel gejaagd. Dus -

(Laughter)

(Gelach)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

- ik bedoel, we wilden dat het werkte. Ik bedoel dat hij echt een verkoudheid kreeg.

So, how about the people who walk in off the street?

Maar hoe zit het met mensen die je van de straat plukt?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Hier twee personen vertegenwoordigd door hun anonieme ID-codes.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Ze hebben allebei rhinovirussen. We hebben dit patroon in het lab nooit gezien.

We sequenced part of their viruses;

We bepaalden de sequentie van een deel van hun virussen.

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

Het zijn nieuwe rhinovirussen, nog nooit door iemand gezien.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Vergeet niet dat onze evolutionair geconserveerde sequenties

we're using on this array allow us to detect

die we op deze array gebruiken, ons zelfs toelaten om

even novel or uncharacterized viruses,

nieuwe of niet gekarakteriseerde virussen te detecteren.

because we pick what is conserved throughout evolution.

Omdat we opteerden voor wat doorheen de evolutie behouden bleef.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Hier iemand anders. Je kan hier het diagnosespel zelf spelen.

These different blocks represent

Deze verschillende blokken vertegenwoordigen

the different viruses in this paramyxovirus family,

de verschillende virussen in deze paramyxovirusfamilie.

so you can kind of go down the blocks

Je kan dus de blokken overlopen

and see where the signal is.

om te zien waar het signaal is.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Hij heeft geen hondenziekte, dat is waarschijnlijk al goed.

(Laughter)

(Gelach)

But by the time you get to block nine,

Maar als je aan blok negen komt,

you see that respiratory syncytial virus.

zie je dat respiratoir syncytieel virus.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Misschien hebben ze kinderen. Dan zie je ook nog

the family member that's related: RSVB is showing up here.

het verwante virusfamilielid: RSVB is hier weergegeven.

So, that's great.

Zo, dat is geweldig.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Hier nog iemand, bemonsterd op twee afzonderlijke dagen -

repeat visits to the clinic.

herhaalde bezoeken aan de kliniek.

This individual has parainfluenza-1,

Deze persoon heeft para-influenza-1,

and you can see that there's a little stripe over here

en je kunt hier een kleine streep zien

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

voor het Sendai-virus: dat is muis-para-influenza.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

De genetische relaties liggen zeer dicht bij elkaar. Dat valt mee.

So, we built out the chip.

Dus hebben we de chip uitgewerkt.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

We maakten een chip met alle bekende virussen erop.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Waarom niet? Elk plantvirus, elk insectvirus, elk mariene virus.

Everything that we could get out of GenBank --

Alles wat we uit de GenBank konden krijgen -

that is, the national repository of sequences.

dat is de nationale bewaarplaats van sequenties.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Nu hebben we deze chip. Waar gebruiken we hem voor?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Wel, eerst en vooral, wanneer je met zo een grote chip als deze werkt,

you need a little bit more informatics,

heb je een beetje meer informatica nodig.

so we designed the system to do automatic diagnosis.

Daarom hebben we een systeem voor automatische diagnose ontworpen.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

Het idee is dat we gewoon uitgaan van virtuele patronen -

because we're never going to get samples of every virus --

omdat we nooit monsters van ieder virus zullen krijgen.

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

Dat zou vrijwel onmogelijk zijn. Maar we kunnen wel virtuele patronen verkrijgen

and compare them to our observed result --

en vergelijken met ons waargenomen resultaat.

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

Dat is een zeer complex mengsel. Daaruit kunnen we dan een soort score opstellen

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

van hoe waarschijnlijk het is dat dit een rhinovirus of zoiets is.

And this is what this looks like.

Zo ziet het eruit.

If, for example, you used a cell culture

Als je bijvoorbeeld gebruik maakt van een celkweek

that's chronically infected with papilloma,

die chronisch geïnfecteerd is met papilloma,

you get a little computer readout here,

dan krijg je hier een kleine computeruitlezing,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

en ons algoritme zegt dat het waarschijnlijk papilloma type 18 is.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

Dat is waar deze specifieke celkweken

are chronically infected with.

chronisch mee geïnfecteerd zijn.

So let's do something a little bit harder.

Laten we iets moeilijkers doen.

We put the beeper in the clinic.

We zetten de pieper op in de kliniek.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Als iemand opduikt, en het ziekenhuis niet weet wat te doen

because they can't diagnose it, they call us.

omdat ze niet kunnen diagnosticeren, bellen ze ons.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Dat is het idee en we zijn dat aan het oprichten in de Bay Area.

And so, this case report happened three weeks ago.

Dit geval gebeurde drie weken geleden.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

We hebben een 28-jarige gezonde vrouw, zonder reisgeschiedenis,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

[Onduidelijk], rookt niet, drinkt niet.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

10 dagen lang koorts, nachtelijk zweten, bloederig sputum -

she's coughing up blood -- muscle pain.

ze hoest bloed op, spierpijn.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Ze ging naar de kliniek, ze gaven haar antibiotica

and then sent her home.

en stuurden haar naar huis.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Na nog eens tien dagen koorts kwam ze terug, nog steeds met koorts -

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

en ze is hypoxisch - ze had niet veel zuurstof in haar longen.

They did a CT scan.

Ze deden een CT-scan.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Bij een normale long zie je hier alle soorten grijs en zwart.

All this white stuff -- it's not good.

Al dit witte spul hier is niet goed.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Dit soort boom-en-knopformatie wijst op een ontsteking.

there's likely to be infection.

Er is waarschijnlijk infectie.

OK. So, the patient was treated then

Dus werd de patiënt vervolgens behandeld

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

met een cefalosporine-antibioticum van de derde generatie en doxycycline.

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

Na drie dagen geen verbetering: ze evolueerde naar acuut falen.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Ze moesten haar intuberen, dus staken ze een buisje in haar keel

and they began to mechanically ventilate her.

en begonnen haar mechanisch te ventileren.

She could no longer breathe for herself.

Ze kon zelf niet meer ademen.

What to do next? Don't know.

Wat nu te doen? Weet ik niet.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Verander van antibiotica. Ze stapten over naar een ander antibioticum

Tamiflu.

en Tamiflu, dat -

It's not clear why they thought she had the flu,

Het is niet duidelijk waarom ze dachten dat ze de griep had -

but they switched to Tamiflu.

maar ze zijn overgestapt op Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

Na zes dagen gaven ze het eigenlijk op.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Als je hebt geen andere opties meer hebt, doe je een open-longbiopsie.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Er is acht procent sterftekans bij deze procedure,

and so basically -- and what do they learn from it?

en wat leerden ze hieruit?

You're looking at her open lung biopsy.

Je kijkt naar haar geopende-longbiopsie.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Ik ben geen patholoog-anatoom maar hier is niet veel aan te zien.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Het enige wat je kan zien is dat er veel zwellingen zijn: bronchiolitis.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Het rapport van de patholoog: er is niet veel uit op te maken.

And so, what did they test her for?

Wat werd bij haar getest?

They have their own tests, of course,

Ze hebben hun eigen tests, natuurlijk,

and so they tested her for over 70 different assays,

testten haar voor meer dan 70 verschillende toetsen,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

voor elke soort van bacteriën, schimmels en virussen

you can buy off the shelf:

die je kan vinden:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV ...

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Allemaal negatief. Meer dan 100.000 dollar aan tests.

I mean, they went to the max for this woman.

Ze gingen tot het uiterste voor deze vrouw.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

Na acht dagen in het ziekenhuis, riepen ze ons erbij.

They gave us endotracheal aspirate --

Ze gaven ons wat endotracheaal aspiraat -

you know, a little fluid from the throat,

je weet wel, een beetje vocht uit haar keel,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

uit deze buis in haar keel.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

We zetten het op de chip en wat zagen we? Para-influenza-4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Wat is para-influenza-4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Niemand test voor para-influenza-4. Niemand kan dat wat schelen.

In fact, it's not even really sequenced that much.

In feite is er zelfs niet veel van de sequentie bepaald.

There's just a little bit of it sequenced.

Maar een stukje van de sequentie is bepaald.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Er bestaan bijna geen epidemiologie of studies van.

No one would even consider it,

Niemand zou het zelfs maar hebben overwogen,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

want niemand had een idee dat het ademhalingsproblemen zou kunnen veroorzaken.

And why is that? Just lore. There's no data --

Waarom is dat? Gewoon traditionele kennis. Geen data

no data to support whether it causes severe or mild disease.

ter ondersteuning van of het nu een ernstige of een milde ziekte veroorzaakt.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Het is duidelijk een geval van een gezond persoon die achteruit gaat.

OK, that's one case report.

Dat is één geval.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Ik ga je in de laatste twee minuten een nog laatste ongepubliceerd iets vertellen

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

- de publicatie gebeurt morgen -

and it's an interesting case of how you might use this chip

en het is een interessant geval van hoe je deze chip kan gebruiken

to find something new and open a new door.

om iets nieuws te zoeken en een nieuwe deur te openen.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Prostaatkanker. Ik hoef jullie niet veel statistieken

about prostate cancer. Most of you already know it:

over prostaatkanker te geven. De meeste van jullie weten het al:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

derde belangrijke oorzaak van sterfgevallen door kanker in de VS.

Lots of risk factors,

Veel risicofactoren

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

maar er is ook een genetische aanleg voor prostaatkanker.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

In misschien wel ongeveer 10 procent gevallen van prostaatkanker

there are folks that are predisposed to it.

hebben mensen er aanleg voor.

And the first gene that was mapped in association studies

Het eerste gen dat in kaart werd gebracht in associatiestudies

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

voor deze vroeg beginnende prostaatkanker, was het RNASEL-gen.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Wat is dat? Het is een antiviraal verdedigingsenzym.

So, we're sitting around and thinking,

We vroegen ons af:

"Why would men who have the mutation --

waarom krijgen mannen met die mutatie,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

een defect in een antiviraal afweersysteem, prostaatkanker?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Het is niet logisch - tenzij er misschien een virus is.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Dus plaatsten we tumoren - meer dan 100 tumoren - op onze array.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

We weten nu wie gebreken in zijn RNASEL had en wie niet.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Hier het signaal op de chip

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

en ik toon jullie het blok van retrovirale oligo's.

And what I'm telling you here from the signal, is

Hieruit blijkt

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

dat mannen die een mutatie hebben in dit enzym voor antivirale verdediging

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

en die een tumor hebben, vaak - in 40 procent van de gevallen -

a signature which reveals a new retrovirus.

een signaal geven dat wijst op een nieuw retrovirus.

OK, that's pretty wild. What is it?

Wat deden we daarmee?

So, we clone the whole virus.

We kloonden het hele virus.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Een beetje geautomatiseerd voorspellen, leerde ons

it was very similar to a mouse virus.

dat het erg leek op met een muisvirus.

But that doesn't tell us too much,

Maar dat zei ons niet veel,

so we actually clone the whole thing.

dus kloonden we het hele ding.

And the viral genome I'm showing you right here?

Hier het virale genoom.

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

Het is een klassiek gammaretrovirus, maar het is wel helemaal nieuw.

no one's ever seen it before.

Nooit eerder gezien.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Zijn naaste familielid vinden we bij muizen.

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

We kunnen dit een xenotroop retrovirus noemen,

because it's infecting a species other than mice.

omdat het een andere diersoort dan muizen infecteert.

And this is a little phylogenetic tree

Dit is een kleine fylogenetische boom

to see how it's related to other viruses.

om te zien hoe het met andere virussen is gerelateerd.

We've done it for many patients now,

Dat hebben we nu voor veel patiënten gedaan,

and we can say that they're all independent infections.

en we kunnen zeggen dat het allemaal onafhankelijke infecties zijn.

They all have the same virus,

Ze hebben allemaal hetzelfde virus

but they're different enough that there's reason to believe

maar ze zijn verschillend genoeg om te doen geloven

that they've been independently acquired.

dat ze onafhankelijk zijn opgelopen.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Zit het werkelijk in het weefsel? Ik zal hiermee eindigen. Ja.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Wij nemen plakjes van deze biopsieën van het tumorweefsel

and use material to actually locate the virus,

en gebruiken materiaal om het virus te lokaliseren,

and we find cells here with viral particles in them.

en we vinden cellen met virale deeltjes erin.

These guys really do have this virus.

Deze jongens hebben echt dit virus.

Does this virus cause prostate cancer?

Betekent dat dat dit virus prostaatkanker veroorzaakt?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Niets van wat ik hier zeg, impliceert causaliteit. Ik weet het niet.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Is er een verband met oncogenese? Ik weet het niet.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Is het zo dat deze jongens gewoon meer vatbaar zijn voor virussen?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Zou kunnen. Misschien heeft het niets te maken met kanker.

But now it's a door.

Maar nu is er een opening.

We have a strong association between the presence of this virus

We vonden een sterke associatie tussen de aanwezigheid van dit virus

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

en een genetische mutatie die in verband werd gebracht met kanker.

That's where we're at.

Zover staan we nu.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Het stelt meer vragen dan het beantwoordt, ben ik bang,

but that's what, you know, science is really good at.

maar dat is waar wetenschap nu eenmaal goed in is.

This was all done by folks in the lab --

Dit werd allemaal gedaan door mensen in het lab.

I cannot take credit for most of this.

Ik kan voor het meeste hiervan niet met de eer gaan strijken.

This is a collaboration between myself and Don.

Dit is een samenwerking tussen mijzelf en Don.

This is the guy who started the project in my lab,

Dit is de man die het project in mijn lab opstartte

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

en dit is de kerel die het prostaatgedeelte heeft gedaan.

Thank you very much. (Applause)

Heel hartelijk bedankt.