Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

El chip ViroScan de Joe DeRisi resuelve misterios médicos

Traductor: Alexander Hristov Revisor: Alexis Jacobs

How can we investigate

¿Cómo podemos hacer, cómo podemos investigar

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

la flora de virus que nos rodean, y ayudar a la ciencia médica?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

¿Cómo podemos convertir nuestro conocimiento acumulado sobre la virología

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

en un ensayo químico para el diagnóstico sencillo, único y manejable?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Quiero convertir todo lo que sabemos ahora mismo sobre la detección de virus

and the spectrum of viruses that are out there

y el espectro de virus que están ahí fuera

into, let's say, a small chip.

en, pongamos, un pequeño chip.

When we started thinking about this project --

Cuando comenzamos a pensar en este proyecto --

how we would make a single diagnostic assay

cómo podríamos hacer un único ensayo químico de diagnóstico

to screen for all pathogens simultaneously --

para buscar de forma simultánea todos los patógenos --

well, there's some problems with this idea.

bueno, resultó que había algunos problemas con la idea...

First of all, viruses are pretty complex,

Para empezar, los virus son bastante complejos.

but they're also evolving very fast.

Pero además, estan evolucionando con mucha rapidez.

This is a picornavirus.

Este es un picornavirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Los picornavirus - estos son los virus que incluyen

the common cold and polio, things like this.

cosas como el resfriado común y la polio, entre otras.

You're looking at the outside shell of the virus,

Esto que vemos aquí es el cápside del virus,

and the yellow color here are those parts of the virus

y el color amarillo aquí indica aquellas partes del virus

that are evolving very, very fast,

que evolucionan con mucha, mucha rapidez.

and the blue parts are not evolving very fast.

y las partes azules en cambio no evolucionan tan rápidamente.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Cuando la gente piensa en hacer reactivos de detección pan-virales

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

habitualmente el problema está en las partes que evolucionan rápidamente.

because how can we detect things if they're always changing?

Porque...¿cómo podemos detectar cosas si están cambiando continuamente?

But evolution is a balance:

Pero la evolución es un equilibrio

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

donde tienes cambios muy rápidos, también tienes ultra conservación --

things that almost never change.

cosas que casi nunca cambian.

And so we looked into this a little more carefully,

Así que decidimos mirar en esto un poco más cuidadosamente

and I'm going to show you data now.

y os voy a mostrar ahora unos datos...

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Esto son simplemente cosas que se pueden hacer con un ordenador de escritorio

I took a bunch of these small picornaviruses,

Cogí un puñado de estos pequeños picornavirus

like the common cold, like polio and so on,

como el resfriado común, la polio, etc.,

and I just broke them down into small segments.

y los partí en pequeños segmentos

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

así que cogí este primer ejemplo, que se llama Coxsackievirus,

and just break it into small windows.

lo parto en pequeñas ventanas

And I'm coloring these small windows blue

y coloreo estas pequeñas ventanas en azul

if another virus shares an identical sequence in its genome

si algún otro virus comparte una secuencia genética idéntica

to that virus.

al primer virus.

These sequences right up here --

Estas secuencias aquí arriba --

which don't even code for protein, by the way --

que, por cierto, ni siquiera codifican proteínas --

are almost absolutely identical across all of these,

son casi completamente idénticas en todos estos

so I could use this sequence as a marker

de forma que podía usar esta secuencia como marcador

to detect a wide spectrum of viruses,

para detectar un amplio conjunto de virus

without having to make something individual.

sin tener que hacer algo individual.

Now, over here there's great diversity:

Aquí en cambio hay mucha diversidad,

that's where things are evolving fast.

aquí es donde las cosas evolucionan con rapidez.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Más abajo aquí podéis ver una evolución más lenta : menos diversidad.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Para cuando hayamos llegado a, pongamos por ejemplo,

acute bee paralysis virus --

el virus de la parálisis aguda de las abejas

probably a bad one to have if you're a bee ---

(probablemente un mal virus si uno es una abeja)

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

este virus practicametne no guarda similitud con el Coxsackievirus,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

pero puedo garantizaros que las secuencias que están más conservadas

among these viruses on the right-hand of the screen

entre estos virus en la parte derecha de la pantalla

are in identical regions right up here.

están en idénticas regiones aquí

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Así que podemos encapsular estas regiones de ultra-conservación

through evolution -- how these viruses evolved --

a través de la evolución - cómo estos virus evolucionaron -

by just choosing DNA elements or RNA elements

seleccionando bien elementos de ADN o ARN

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

en estas regiones para representar sobre nuestro chip como si fuesen reactivos detectores

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

Así que eso es lo que hicimos, pero ¿cómo conseguirlo?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Bueno, durante mucho tiempo, desde la facultad

I've been messing around making DNA chips --

siempre he estado jugando con chips de ADN.

that is, printing DNA on glass.

es decir, imprimiendo ADN sobre vidrio..

And that's what you see here:

y esto es precisamente lo que veis aquí...

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

Estas pequeñas motas de sal son fragmentos de ADN incrustados en vidrio.

and so I can put thousands of these on our glass chip

de forma que puedo poner miles de estas motas en nuestro chip de vidrio

and use them as a detection reagent.

y usarlas como reactivo de detección.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Llevamos nuestro chip a Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

y usamos su microscopio atómico sobre una de estas motas

and this is what you see:

y esto es lo que se puede ver:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

se pueden realmente apreciar los filamentos de ADN sobre el vidrio.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Así que lo que estamos haciendo es simplemente imprimir ADN sobre vidrio -

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

pequeñas cosas planas - y estas cosas van a ser nuestros marcadores para detectar patógenos

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Ok, Yo suelo hacer pequeños robots de laboratorio para fabricar estos chips.

and I'm really big on disseminating technology.

y realmente quiero diseminar la tecnología.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Si tenéis suficiente dinero para comprar un Camry,

you can build one of these too,

podéis construir uno de estos.

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

Así que publicamos en la Web una guía exhaustiva, totalmente gratuita,

with basically order-off-the-shelf parts.

mediante la cual básicamente con piezas estándar

You can build a DNA array machine in your garage.

podéis construir una máquina de chips ADN en vuestro garaje.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Esta es la sección sobre el importantísimo botón de parada de emergencia.

(Laughter)

(Risas)

Every important machine's got to have a big red button.

Toda máquina importante debe tener un gran botón rojo.

But really, it's pretty robust.

No, en serio, es bastante robusta.

You can actually be making DNA chips in your garage

Realmente podríais estar fabricando chips de ADN en vuestro garaje.

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

y decodificando algunos programas genéticos con bastante rapidez. Es muy divertido.

(Laughter)

(Risas)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Y esto es precisamente lo que hicimos - y es un proyecto muy interesante -

we just started by making a respiratory virus chip.

comenzamos simplemente haciendo un chip para los virus respiratorios.

I talked about that --

Por ejemplo, hablé de

you know, that situation where you go into the clinic

la situación en la que uno va a la clínica

and you don't get diagnosed?

y no se le diagnostica.

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Bueno, nosotros básicamente pusimos todos los virus respiratorios humanos

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

en un único chip, y añadimos el herpes como "extra".

I mean, why not?

¿Y por qué no?

The first thing you do as a scientist is,

Lo primero que uno hace como científico es

you make sure stuff works.

asegurarse de que la cosa funciona.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Así que cogimos tejidos cultivados

and infect them with various viruses,

y los infectamos con diferentes virus

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

y cogemos y etiquetamos de forma fluorescente el ácido nucléico,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

el material genético que procede de estas células cultivadas -

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

principalmente viral - y lo pegamos sobre el chip para ver dónde se queda encajado.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Ahora bien, si las secuencias de ADN cuadran, se quedarán pegadas juntas

and so we can look at spots.

y así podemos mirar en determinados sitios.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Si estos sitios brillan, sabemos que hay un determinado tipo de virus allí.

That's what one of these chips really looks like,

Este es el aspecto que uno de estos chips tiene realmente.

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

y todas estas zonas rojas son realmente señales provenientes del virus.

And each spot represents a different family of virus

Y cada zona representa una familia diferente de virus

or species of virus.

o especie de virus.

And so, that's a hard way to look at things,

Pero esto es una forma difícil de analizar las cosas,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

de forma que simplemente voy a codificar las cosas en forma de un pequeño código de barras

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

agrupados por familia, de forma que se puedan ver los resultados de una forma muy intuitiva.

What we did is, we took tissue culture cells

Lo que hicimos es, coger células cultivadas,

and infected them with adenovirus,

infectarlas con adenovirus

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

y podéis ver este pequeño código de barras amarillo cerca de adenovirus.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

De la misma forma, las infectamos con parainfluenza-3

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

- esto es un paramyxovirus - y podéis ver el código de barras aquí.

And then we did respiratory syncytial virus.

Y también lo hicimos con el virus sincicial respiratorio

That's the scourge of daycare centers everywhere --

Que es la peste de los centros materno-infantiles en todas partes.

it's like boogeremia, basically.

Es como una epidemia de mocos, realmente

(Laughter)

(Risas)

You can see that this barcode is the same family,

Se puede ver - podéis ver que este código de barras está en la misma familia.

but it's distinct from parainfluenza-3,

pero es distinto de la parainfluenza-3

which gives you a very bad cold.

que te causa un resfriado muy fuerte

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Así que estamos obteniendo diferentes firmas - una "huella dactilar" de cada virus

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Polio y Rhino - están en la misma familia, muy próximos el uno al otro

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

El Rhinovirus es la causa del resfriado común, y todos sabéis lo que es la polio

and you can see that these signatures are distinct.

y podéis ver que las firmas son diferentes.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

Y el virus del sarcoma de Kaposi

gives a nice signature down here.

da una bonita firma aquí abajo

And so it is not any one stripe or something

De forma que no es una única banda o algo

that tells me I have a virus of a particular type here;

lo que dice que tengo un virus de un tipo particular;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

es el código de barras en completo el que representa al virus en su totalidad.

All right, I can see a rhinovirus --

Bien, puedo ver un rhinovirus

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

y aquí está el pequeño código de barras del rhinovirus expandido...

but what about different rhinoviruses?

pero, ¿qué pasa con los diferentes rhinovirus?

How do I know which rhinovirus I have?

¿Cómo sé qué tipo de rhinovirus tengo?

There're 102 known variants of the common cold,

Hay 102 variantes conocidas del resfriado común,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

y sólo hay 102 porque la gente se aburrió de recolectarlas:

there are just new ones every year.

hay simplemente nuevas todos los años

And so, here are four different rhinoviruses,

Así que, aquí tenemos cuatro rhinovirus diferentes

and you can see, even with your eye,

y como podéis ver, incluso simplemente mirando,

without any fancy computer pattern-matching

sin ninguna clase de software de reconocimiento de patrones

recognition software algorithms,

o algoritmos complejos

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

que los códigos de barras se diferencian entre sí.

Now, this is kind of a cheap shot,

Bueno, esto es probablemente algo fácil de decir

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

porque yo sé cuál es la secuencia genética de todos estos rhinovirus,

and I in fact designed the chip

y de hecho yo diseñé el chip

expressly to be able to tell them apart,

específicamente para ser capaz de diferenciarlos,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

pero ¿qué pasa con los rhinovirus que nunca han visto un secuenciador genético?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

No sabemos cuál es la secuencia: simplemente los recogemos del ambiente.

So, here are four rhinoviruses

Así que - aquí hay cuatro rhinovirus

we never knew anything about --

de los cuales nunca hemos sabido nada anteriormente -

no one's ever sequenced them -- and you can also see

de hecho nunca nadie los había secuenciado previamente; podéis ver

that you get unique and distinguishable patterns.

que se obtienen patrones únicos y diferenciados para cada uno de ellos.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Os podéis imaginar construyendo una especie de librería - real o virtual

of fingerprints of essentially every virus.

de "huellas dactilares" de todos los virus

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Pero, de todas formas, eso es pan comido ...

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

tenemos células cultivadas, hay una multitud de virus.

What about real people?

¿Qué pasa con las personas reales?

You can't control real people, as you probably know.

No se puede controlar a las personas reales, como probablemente sepáis

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

No tenéis ni idea de lo que alguien puede echar al estornudar en una taza

and it's probably really complex, right?

y probablemente sea bastante complejo, ¿verdad?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Podría tener muchas bacterias, podría tener más de un virus

and it certainly has host genetic material.

y ciertamente tiene un montón de material genético de la propia persona

So how do we deal with this?

así que .. ¿cómo nos las apañamos con esto?

And how do we do the positive control here?

¿Y cómo ejercemos algún tipo de control positivo aquí?

Well, it's pretty simple.

Bueno, es bastante sencillo

That's me, getting a nasal lavage.

Este soy yo, sufriendo una lavativa nasal.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

La idea es - vamos a inocular a la gente experimentalmente con algunos virus

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

así que - esto todo está aprobado, por cierto, todos ellos cobraron por esto -

And basically we experimentally inoculate people

así que básicamente inoculamos experimentalmente a gente

with the common cold virus.

con el virus del resfriado común

Or, even better, let's just take people

o incluso mejor, cojamos gente

right out of the emergency room --

directamente de las urgencias

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

con infecciones indefinidas del tracto respiratorio.

You have no idea what walks in through the door.

No tenemos ni idea de lo que entra por la puerta.

So, let's start off with the positive control first,

De forma que comencemos primero con un control positivo -

where we know the person was healthy.

donde conocemos que la persona estaba sana

They got a shot of virus up the nose,

Inoculamos a la persona a través de la nariz con el virus

let's see what happens.

y veamos qué pasa.

Day zero: nothing happening.

En el día cero : nada especial

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Están sanos, están limpios - es increíble.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

nosotros realmente pensábamos que el tracto nasal estaría lleno de virus

even when you're walking around healthy.

incluso cuando uno está sano.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Pero está bastante limpio: Si estás sano, estás realmente sano.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Día dos : obtenemos un patrón muy fuerte típico de un rhinovirus

and it's very similar to what we get in the lab

y muy similar a lo que obtuvimos en el laboratorio

doing our tissue culture experiment.

durante nuestro experimento con las células cultivadas.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Así que eso está genial, pero fue fácil.

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Metimos una tonelada de virus por la nariz de este chico, así que

(Laughter)

(Risas)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

- quiero decir, queríamos que funcionara.. El realmente tuvo un buen resfriado.

So, how about the people who walk in off the street?

Pero, ¿qué pasa con la gente que viene directamente de la calle?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Aquí tenemos a dos individuos representados por sus códigos de identificación anónimos

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Ambos tienen rhinovirus; nunca hemos visto este patrón en el laboratorio.

We sequenced part of their viruses;

Hemos secuenciado parte de su virus;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

son rhinovirus nuevos que nunca nadie ha visto anteriormente.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Recordemos que nuestras secuencias estables evolutivamente

we're using on this array allow us to detect

son las que estamos utilizando en este chip para detectar

even novel or uncharacterized viruses,

incluso virus nuevos o no caracterizados

because we pick what is conserved throughout evolution.

porque nos fijamos en aquello que se conserva a través de su evolución.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Aquí tenemos a otra persona. Vosotros mismos podéis jugar al juego del diagnóstico.

These different blocks represent

Cada uno de estos bloques diferentes representan

the different viruses in this paramyxovirus family,

diferentes virus de la familia de los paramyxovirus

so you can kind of go down the blocks

de forma que podemos ir a lo largo de la lista

and see where the signal is.

y ver dónde está la señal.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Bien, no tiene moquillo canino, lo cual probablemente sea bueno

(Laughter)

(Risas)

But by the time you get to block nine,

para cuando hayamos llegado al bloque nuevo

you see that respiratory syncytial virus.

veremos que tiene un virus sincicial respiratorio

Maybe they have kids. And then you can see, also,

A lo mejor tienen hijos. Y podemos ver también

the family member that's related: RSVB is showing up here.

el miembro de la familia que está relacionado. El RSVB (Virus Sincicial Respiratorio B) aparece aquí también...

So, that's great.

Esto está muy bien.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Aquí tenemos a otra persona, con muestras tomadas en dos días diferentes

repeat visits to the clinic.

en visitas diferentes a la clínica

This individual has parainfluenza-1,

Esta persona tiene virus paragripal 1

and you can see that there's a little stripe over here

y podéis ver que hay una pequeña banda aquí

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

para el virus Sendai - este es el virus Sendai - el virus paragripal de los ratones

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

sus relaciones genéticas son muy próximas. Esto es verdaderamente divertido.

So, we built out the chip.

Así que, construimos el chip.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Construimos un chip que tiene sobre él todos los virus que han sido descubiertos.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

¿Por qué no? Cada virus de planta, cada virus de insecto, cada virus marino.

Everything that we could get out of GenBank --

Todo lo que pudimos extraer de GenBank -

that is, the national repository of sequences.

es decir, el almacén nacional de secuencias.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Y ahora estamos utilizando este chip. ¿Para qué lo utilizamos?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Bueno, en primer lugar, cuando tenemos un chip tan grande como este

you need a little bit more informatics,

necesitamos un poco más de informática,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

así que diseñamos al sistema para hacer diagnósticos automáticos.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

La idea es - simplemente tenemos patrones virtuales -

because we're never going to get samples of every virus --

porque nunca vamos a ser capaces de obtener muestras de cada virus;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

sería virtualmente imposible. Pero podemos obtener patrones virtuales

and compare them to our observed result --

y compararlos con el resultado observado,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

que es una mezcla muy compleja, y llegar a un cierto tipo de "puntuación"

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

sobre cómo de probable es que se trate de un rinovirus o algo similar.

And this is what this looks like.

Y este es el aspecto que tiene.

If, for example, you used a cell culture

Por ejemplo, si hemos utilizado un cultivo de células

that's chronically infected with papilloma,

con una infección crónica de papiloma

you get a little computer readout here,

se obtiene una pequeña lectura computerizada

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

y nuestro algoritmo indica que probablemente se trate de papiloma del tipo 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

Y, de hecho, esto es precisamente el tipo de papiloma con el cual este cultivo en particular

are chronically infected with.

estaba crónicamente infectado.

So let's do something a little bit harder.

Así que vamos a hacer algo un poco más difícil.

We put the beeper in the clinic.

Vamos a colocar nuestro sistema en la clínica.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

De forma que cuando alguien aparece y el hospital no sabe lo que hacer

because they can't diagnose it, they call us.

porque no pueden diagnosticarlo, nos pueden llamar.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Esa es la idea, y estamos implantándola en el Área de la Bahía de San Francisco.

And so, this case report happened three weeks ago.

Por ejemplo, este caso ocurrió hace tres semanas.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Tenemos una mujer de 28 años, sana, sin historial de viajes

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

no fuma, no bebe

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

una historia de fiebres durante 10 días, sudores nocturnos, expectoración con sangre

she's coughing up blood -- muscle pain.

está literalmente tosiendo sangre - dolores musculares.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Fue a la clínica y le dieron antibióticos. Bien,

and then sent her home.

y la mandaron a casa.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Volvió diez días más tarde, todavía con fiebre

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

y además hipóxica - no tiene mucho oxígeno en sus pulmones.

They did a CT scan.

Le hicieron una tomografía

A normal lung is all sort of dark and black here.

Un pulmón normal es generalmente negro y oscuro

All this white stuff -- it's not good.

y todas estas cosas blancas - no son buena señal.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Este tipo de formación semejante a un árbol indica que hay inflamación

there's likely to be infection.

que es probablemente una infección.

OK. So, the patient was treated then

OK, así que al paciente se le administra entonces

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

un antibiótico de tercera generación basado en la cefalosporina, y doxiciclina

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

pero no ayudó. Al tercer día, la paciente llegó al fallo respiratorio agudo.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Tuvo que ser intubada, así que le pusieron un tubo en la garganta

and they began to mechanically ventilate her.

y comenzaron a ventilarla mecánicamente.

She could no longer breathe for herself.

Ya no era capaz de respirar por sí misma.

What to do next? Don't know.

¿Qué hacer a continuación? Ni idea.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Cambiar de antibióticos, así que le administraron otro antibiótico,

Tamiflu.

así como Tamiflu, aunque

It's not clear why they thought she had the flu,

no está claro por qué pensaban que ella tenía la gripe,

but they switched to Tamiflu.

pero el caso es que cambiaron a Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

Y al sexto día, básicamente tiraron la toalla.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Se hace una biopsia a pulmón abierto cuando ya no quedan más opciones.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Hay un índice de mortandad del 8% simplemente por hacer este procedimiento.

and so basically -- and what do they learn from it?

así que básicamente - ¿qué obtuvieron de la biopsia?

You're looking at her open lung biopsy.

Aquí podéis ver el resultado de su biopsia.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Yo no soy ningún patólogo, pero no se puede decir mucho a partir de este resultado.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Lo único que se puede decir, es que hay mucha inflamación - bronquiolitis

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Resultado indeterminado, este fue el informe del patólogo.

And so, what did they test her for?

Así que, ¿qué tests le hicieron?

They have their own tests, of course,

Ellos tenían sus propias pruebas, por supuesto

and so they tested her for over 70 different assays,

así que probaron más de 70 ensayos diferentes½

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

para cada tipo de bacteria, hongo o virus

you can buy off the shelf:

para el que se pudiera comprar un ensayo

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, metapneumovirus, VIH, RSV - todos estos

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Todo salió negativo. Más de 100.000 dólares de pruebas.

I mean, they went to the max for this woman.

Quiero decir, ellos realmente lo intentaron todo con esta mujer.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

Y al octavo día, nos llamaron.

They gave us endotracheal aspirate --

Nos dieron un aspirado endotraqueal

you know, a little fluid from the throat,

esto es, el pequeño fluido del interior de la garganta

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

a partir de este tubo aquí abajo, y nos lo dieron

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Lo colocamos sobre el chip y ¿que vemos? - El virus paragripal 4

Well, what the hell's parainfluenza-4?

¿Qué diablos es el virus paragripal 4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Nadie nunca hace pruebas para el virus paragripal 4. A nadie le importa.

In fact, it's not even really sequenced that much.

De hecho, ni siquiera está muy secuenciado genéticamente

There's just a little bit of it sequenced.

Hay solo una pequeña parte de él secuenciada.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Apenas hay estudios epidemiológicos sobre él.

No one would even consider it,

Nadie nunca lo hubiese considerado,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

porque nadie sabía que podía causar un fallo respiratorio agudo.

And why is that? Just lore. There's no data --

¿Y por qué? Simplemente folklore. No hay datos -

no data to support whether it causes severe or mild disease.

no hay ningún tipo de datos para decir si causa enfermedades agudas o suaves.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Claramente, tenemos un caso de una persona sana que se está yendo.

OK, that's one case report.

Bien, este es un ejemplo.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Os voy a decir una última cosa en estos dos últimos minutos,

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

algo que todavía no está publicado - aparecerá mañana

and it's an interesting case of how you might use this chip

y es un caso interesante sobre cómo se puede utilizar este chip

to find something new and open a new door.

para encontrar algo nuevo y abrir una nueva puerta.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Cáncer de próstata. No necesito daros muchas estadísticas

about prostate cancer. Most of you already know it:

sobre el cáncer de próstata. Muchos de vosotros ya las conocéis:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

es la tercera causa de muerte por cáncer en los EEUU

Lots of risk factors,

Muchos factores de riesgo,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

pero hay una predisposición genética al cáncer de próstata.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

Para aproximadamente 10% de los casos de cáncer de próstata

there are folks that are predisposed to it.

hay personas que están predispuestas a él.

And the first gene that was mapped in association studies

Y el primer gen que fue mapeado en los estudios

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

para este cáncer de próstata de aparición temprana, fue un gen llamado RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

¿Qué es esto? Es una enzima defensiva antiviral.

So, we're sitting around and thinking,

De forma que, estamos sentados aquí pensando :

"Why would men who have the mutation --

¿Por qué hombres que tienen esta mutación,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

un defecto en una enzima antiviral, desarrollan cáncer de próstata?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

No tiene mucho sentido - salvo que, posiblemente, haya un virus.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Así que pusimos tumores - ahora tenemos más de 100 tumores - en nuestro chip

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

Y podemos saber quién tiene defectos en el gen RNASEL y quién no.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Y aquí os muestro el señal del chip

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

y aquí tenemos el bloque de los oligos retrovirales

And what I'm telling you here from the signal, is

Y lo que quiero deciros aquí a partir de esta señal es,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

que los hombres que tienen una mutación en su enzima defensiva

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

y que además tienen un tumor, habitualmente tienen - en el 40% de los casos -

a signature which reveals a new retrovirus.

una señal que revela un nuevo tipo de retrovirus.

OK, that's pretty wild. What is it?

OK, esto es muy prometedor. ¿Qué podemos hacer?

So, we clone the whole virus.

Clonamos el virus completo.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

En primer lugar, quiero deciros que una predicción automatizada nos adelantó

it was very similar to a mouse virus.

que es muy similar a un virus de los ratones.

But that doesn't tell us too much,

Pero eso no nos dice realmente mucho,

so we actually clone the whole thing.

así que clonamos todo el virus

And the viral genome I'm showing you right here?

y este es el genoma viral que os muestro aquí.

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

Es un genoma clásico de un retrovirus, pero es completamente nuevo:

no one's ever seen it before.

nunca nadie lo ha visto antes.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Su pariente más cercano, de hecho, procede de los ratones

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

así que este sería un virus xenotrópico

because it's infecting a species other than mice.

porque está infectando a especies distintas de los ratones.

And this is a little phylogenetic tree

Y este es su pequeño árbol filogenético,

to see how it's related to other viruses.

donde podemos ver cómo está relacionado con otros viruses.

We've done it for many patients now,

Y lo hemos hecho para muchos pacientes

and we can say that they're all independent infections.

y podemos decir que son infecciones independientes.

They all have the same virus,

Todos tienen el mismo virus,

but they're different enough that there's reason to believe

pero son suficientemente diferentes, de forma que hay base para pensar

that they've been independently acquired.

que han sido adquiridos de forma independiente.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

¿Está realmente en los tejidos? Y finalizaré con esto. Sí.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Tomamos porciones de estas biopsias de tejido tumoral

and use material to actually locate the virus,

y utilizamos métodos para localizar realmente el virus,

and we find cells here with viral particles in them.

y encontramos células aquí con partículas virales en ellas.

These guys really do have this virus.

Estos chicos realmente tienen el virus.

Does this virus cause prostate cancer?

¿Causa este virus cáncer de próstata?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

No lo sé. Nada de lo que estoy diciendo aquí implica causalidad.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

¿Es un síntoma de oncogénesis? No lo sé.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

¿O puede ser que simplemente esta gente es más susceptible al virus?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Puede ser. Y puede ser que no tenga nada que ver con el cáncer.

But now it's a door.

Pero es una puerta.

We have a strong association between the presence of this virus

Tenemos una asociación fuerte entre la presencia de este virus

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

y una mutación genética vinculada al cáncer.

That's where we're at.

Así que aquí es donde estamos.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Me temo que eso nos da más preguntas que respuestas.

but that's what, you know, science is really good at.

pero esto es precisamente aquello en lo que la ciencia es realmente buena.

This was all done by folks in the lab --

Todo esto se ha hecho por los chicos del laboratorio;

I cannot take credit for most of this.

yo realmente no puedo atribuirme la mayor parte.

This is a collaboration between myself and Don.

Esta es una colaboración entre Don y yo

This is the guy who started the project in my lab,

Este es el chico que comenzó el proyecto en mi laboratorio

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

y este es el que realizaba las investigaciones sobre la próstata.

Thank you very much. (Applause)

Muchas gracias