Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Joe DeRisi'nin ViroScan'ı tıbbi gizemleri çözüyor

Çeviri: Nazım Coşkun Gözden geçirme: Sancak Gülgen

How can we investigate

Nasıl oluyor, etrafımızı saran bu virüs florasını

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

ve tıbbi tedavisini nasıl araştırabiliriz?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Virolojideki bütün bilgi birikimimizi nasıl

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

basit, elde yapılabilen, tek bir tanısal teste dönüştürebiliriz?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Şimdi virüsleri tanımakla ilgili

and the spectrum of viruses that are out there

ve dışarıdaki virüslerin spektrumuyla ilgili bildiğimiz herşeyi

into, let's say, a small chip.

küçük bir çipe dönüştürmek istiyorum diyelim.

When we started thinking about this project --

Bu proje hakkında konuşmaya başladığımızda --

how we would make a single diagnostic assay

tek bir tanısal testin, rastgele olarak

to screen for all pathogens simultaneously --

bütün patojenleri göstermesini nasıl sağlarız --

well, there's some problems with this idea.

pekala, bu fikirde bazı sorunlar var.

First of all, viruses are pretty complex,

En başta, virüsler biraz karmaşıktır,

but they're also evolving very fast.

ama ayrıca çok hızlı evrimleşirler.

This is a picornavirus.

Bu bir pikornavirüs.

Picornaviruses -- these are things that include

Pikornavirüsler -- bunlar nezle, çocuk felci

the common cold and polio, things like this.

ve buna benzer hastalıklar yapan şeyler.

You're looking at the outside shell of the virus,

Virüsün dış kabuğuna bakıyorsunuz,

and the yellow color here are those parts of the virus

buradaki sarı renk virüsün çok çok hızlı

that are evolving very, very fast,

evrimleşen bölümleri,

and the blue parts are not evolving very fast.

mavi bölümler ise pek hızlı evrimleşmiyor.

When people think about making pan-viral detection reagents,

İnsanlar virüs tanıma ajanları yapmak istediğinde

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

genelde söz konusu olan bu hızlı evrimleşen bölgedir,

because how can we detect things if they're always changing?

çünkü eğer bir şeyler sürekli değişiyorsa nasıl tanıyabiliriz ki?

But evolution is a balance:

Ama evrim bir dengedir:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

hızlı değişimin olduğu yerde, ayrıca ultra-koruma da vardır --

things that almost never change.

neredeyse hiç değişmeyen şeyler --

And so we looked into this a little more carefully,

Biz bu meseleye biraz daha dikkatli eğildik,

and I'm going to show you data now.

ve şimdi size verileri göstereceğim.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Bu kendi bilgisayarınızda yapabileceğiniz türden bir şey.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Bu küçük pikornavirüslerden bir demet aldım,

like the common cold, like polio and so on,

nezle, çocuk felci, bu tarz etkenler,

and I just broke them down into small segments.

ve onları küçük bölümlere ayırdım,

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

koksaki virüsü denen bu ilk örneği aldım

and just break it into small windows.

onu da küçük parçalara ayırdım.

And I'm coloring these small windows blue

Ve eğer farklı bir virüsün genomunda

if another virus shares an identical sequence in its genome

tamamen aynı olan sekanslar varsa

to that virus.

onları maviyle boyuyorum.

These sequences right up here --

Buradaki bu sekanslar

which don't even code for protein, by the way --

-- hiç protein kodlamadıklarını belirteyim --

are almost absolutely identical across all of these,

bütün buradakilerle neredeyse tamamen aynılar,

so I could use this sequence as a marker

yani bu sekansı, geniş bir virüs spektrumunu

to detect a wide spectrum of viruses,

tespit etmek için kullanabilirim,

without having to make something individual.

hem de özel bir şeyler yapmama gerek kalmadan.

Now, over here there's great diversity:

Şimdi, burada büyük bir çeşitlilik var:

that's where things are evolving fast.

burası hızlı evrimleşmenin olduğu yer.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Aşağıda ise yavaş evrimi görebilirsiniz: daha az çeşitlilik.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Şimdi, zamanla buraya geldik, diyelim ki

acute bee paralysis virus --

akut arı felci virüsü --

probably a bad one to have if you're a bee ---

eğer bir arıysanız muhtemelen buna sahip olmak kötüdür --

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

bu virüsün koksaki virüsü ile neredeyse hiç benzerliği yok,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

ama size şunu garanti edebilirim ki,

among these viruses on the right-hand of the screen

ekranın sağındaki bu en korunmuş sekanslar

are in identical regions right up here.

buradaki bölgelerle tamamen aynı.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

O zaman biz evrimden yola çıkarak,

through evolution -- how these viruses evolved --

"nasıl evrimleştiler" sorusundan yola çıkarak,

by just choosing DNA elements or RNA elements

bu bölgelerdeki DNA ve RNA elemanlarını seçip,

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

bu ultra-koruma alanlarını tespit edip, çipimizde tanı ajanı olarak kullanabiliriz.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

Tamam, yani yaptığımız şey bu, ama bunu nasıl yapacağız?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Pekala, uzunca bir zamandır, yüksek lisans yıllarımdan beri,

I've been messing around making DNA chips --

DNA çipleri yapmakla uğraşıyordum --

that is, printing DNA on glass.

bu, DNA'nın cam üzerindeki baskısı.

And that's what you see here:

Ve burada gördüğünüz şey:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

bu küçük tuz noktaları, cama yapışan DNA'lar,

and so I can put thousands of these on our glass chip

yani bunlardan binlercesini cam çipimize koyup

and use them as a detection reagent.

tanıma ajanı olarak kullanabilirim.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Çipimizi Hewlett-Packard'a götürdük

and used their atomic force microscope on one of these spots,

ve atomik kuvvet mikroskoplarını bu noktalardan birinin üzerinde kullandık,

and this is what you see:

ve işte gördüğünüz şey:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

camın üzerinde dümdüz uzanan DNA iplikçiklerini görebilirsiniz.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Yani, yaptığımız tek şey cam üzerine DNA baskısı yapmak --

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

küçük düz şeyler -- bunlar da patojen işaretleciyileri olacak.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Pekala, laboratuvarda bu çipleri hazırlamaları için küçük robotlar yapıyorum,

and I'm really big on disseminating technology.

ve teknolojinin yayılmasında oldukça etkiliyimdir.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Eğer bir Camry almaya yetecek kadar paranız varsa,

you can build one of these too,

siz de bunlardan birini yapabilirsiniz.

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

sitemize tamamen ücretsiz olarak geniş bir kılavuz koyduk

with basically order-off-the-shelf parts.

dolabınızı monte eder gibi

You can build a DNA array machine in your garage.

garajınızda büyük bir DNA dizisi makinesi yapabilirsiniz.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Bu kısım bütün acil kapatma düğmelerinde bulunur.

(Laughter)

(Kahkahalar)

Every important machine's got to have a big red button.

Her önemli makinenin büyük kırmızı bir düğmesi olmalıdır.

But really, it's pretty robust.

Ama gerçekten, çok güçlü bir şey.

You can actually be making DNA chips in your garage

Gerçekten garajınızda DNA çipleri yapabilirsiniz

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

ve bazı genetik programları hızla çözebilirsiniz. Çok eğlencelidir.

(Laughter)

(Kahkahalar)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Yani biz ne yaptık -- bu gerçekten hoş bir proje --

we just started by making a respiratory virus chip.

bir solunum virüsü çipi yaparak başladık.

I talked about that --

Bundan bahsetmiştim --

you know, that situation where you go into the clinic

bilirsiniz, şu hastaneye gidip de

and you don't get diagnosed?

tanı alamadığınız durumlar?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Pekala, basitçe bütün insan solunum virüslerini

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

bir çipe yerleştiriyoruz, ve ölçüm yapmak için uçuk virüsü fırlatıyoruz.

I mean, why not?

Neden olmasın?

The first thing you do as a scientist is,

Bir biliminsanı olarak yapacağınız ilk şey,

you make sure stuff works.

işlerin yolunda gittiğinden emin olmaktır.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Yaptığımız şey; doku kültürü hücrelerini aldık

and infect them with various viruses,

bu hücreleri farklı virüslerle enfekte ettik

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

oluşan şeyleri aldık ve bu hücrelerden çıkan

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

nükledik asidi, genetik materyali florasan işaretlemeyle işaretledik.

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

çoğu viral şeyler -- ve birleştikleri yerleri görmek için dizi ile birleştirdik.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Şimdi, eğer DNA sekansları uyuşuyorsa birleşecekler,

and so we can look at spots.

ve noktaları gözlemleyebileceğiz.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Eğer nokta parlarsa, orada belli bir virüs var demek.

That's what one of these chips really looks like,

Bu çipler işte böyle görünüyor,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

ve bu kırmızı noktalar da aslında virüsten gelen sinyaller.

And each spot represents a different family of virus

Her nokta farklı bir virüs ailesini

or species of virus.

ya da virüs türünü temsil ediyor.

And so, that's a hard way to look at things,

Aslında bakarsınız bu zor bir yöntem,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

o yüzden buradaki şeyleri küçük barkodlar olarak şifreleyeceğim,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

ailesel olarak ayrılmış şekilde, böylece sonuçları sezgisel olarak göreceksiniz.

What we did is, we took tissue culture cells

Yaptığımız şey; doku kültürü hücrelerini aldık

and infected them with adenovirus,

ve adenovirüs ile enfekte ettik,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

ve işte, adenovirüs'ün yanındaki küçük sarı barkodu görebilirsiniz.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Sonra benzer bir şekilde, parainfluenza-3 ile enfekte ettik

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

bu bir paramiksovirüs'tür -- ve burada küçük barkodu görüyorsunuz.

And then we did respiratory syncytial virus.

Sonra solunum yolunun sinsityal virüsünü denedik.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

Bu her yerde günlük bakım merkezlerinin baş belasıdır,

it's like boogeremia, basically.

karabasan gibidir.

(Laughter)

(Kahkahalar)

You can see that this barcode is the same family,

Bu barkodun aynı aile olduğunu görebilirsiniz,

but it's distinct from parainfluenza-3,

ama parainfluenza-3'ten farklıdır,

which gives you a very bad cold.

ciddi bir nezle kaparsınız.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

O zaman her virüs için bir imza, bir parmak izi elde ediyoruz.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Çocuk felci ve rino: aynı ailedeler, birbirlerine çok yakınlar.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rino nezle yapar, çocuk felcinin ne olduğunu zaten biliyorsunuz,

and you can see that these signatures are distinct.

bu imzaların farklı olduğunu görebilirsiniz.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

Ve kaposi sarkomu yapan herpes virüsü

gives a nice signature down here.

aşağıya hoş bir imza atıyor.

And so it is not any one stripe or something

Yani burada, bende hangi türden virüs olduğunu söyleyen

that tells me I have a virus of a particular type here;

tek bir şerit tarzı bir şey değil;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

eksetiyetle her şeyi temsil eden bir barkod.

All right, I can see a rhinovirus --

Pekala, bir rinovirüs görebiliyorum

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

ve bu da rinovirüs'ün küçük barkodunun gösterisi,

but what about different rhinoviruses?

peki ya farklı rinovirüsler?

How do I know which rhinovirus I have?

Bende hangi rinovirüs olduğunu nasıl bilebilirim?

There're 102 known variants of the common cold,

Soğuk algınlığının bilinen 102 tane varyantı var,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

sadece 102 tane çünkü insanlar onları toplamaya üşenir:

there are just new ones every year.

her sene sadece bir iki tane yeni virüs çıkıyor.

And so, here are four different rhinoviruses,

Burada dört farklı rhinovirüs var,

and you can see, even with your eye,

ve gözünüzle bile görebilirsiniz ki,

without any fancy computer pattern-matching

hiç bilgisayarlı numune eşleştirme, tanımlama

recognition software algorithms,

programlama fantazileri olmadan,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

buradaki barkodları diğerlerinden rahatlıkla ayırt edebilirsiniz.

Now, this is kind of a cheap shot,

Şimdi, burada işi ucuza kapatma şansımız var,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

çünkü bütün bu rinovirüslerin genetik sekanslarını biliyorum,

and I in fact designed the chip

hatta daha iyi ayırabilmek için

expressly to be able to tell them apart,

bir de çip tasarladım,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

ama daha önce hiç bir genetik sekansçı görmeyen rinovirüsler ne olacak?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Sekanslarının ne olduğunu bilmiyoruz, sadece çevreden topluyoruz.

So, here are four rhinoviruses

İşte haklarında hiçbir şey bilmediğimiz

we never knew anything about --

dört tane rinovirüs --

no one's ever sequenced them -- and you can also see

henüz kimse sekanslamamış

that you get unique and distinguishable patterns.

benzersiz ve fark edilebilir örnekler olduklarını görebilirsiniz.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Gerçekten veya hayalen, her virüsün parmak izini içeren

of fingerprints of essentially every virus.

bir kütüphane kurduğunuzu hayal edebilirsiniz.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Ama bu yine, kovadan balık yakalamak olur, anlıyorsunuz değil mi?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Doku kültürü hücreleriniz var: bir sürü virüs.

What about real people?

Peki ya gerçek insanlar?

You can't control real people, as you probably know.

Bildiğiniz gibi, gerçek insanları kontrol edemezsiniz.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Biri öksürdüğünde bardağa neler saçacağı hakkında fikriniz yok,

and it's probably really complex, right?

ve muhtemelen çok karmaşıktır, değil mi?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Birçok bakteri olabilir, birden çok virüs olabilir,

and it certainly has host genetic material.

ve kesinlikle bulaştıranın genetik materyalini içeriyordur,

So how do we deal with this?

o zaman bununla nasıl başa çıkabiliriz?

And how do we do the positive control here?

Buradaki pozitif kontrolü nasıl yapalım?

Well, it's pretty simple.

Aslında oldukça basit.

That's me, getting a nasal lavage.

Bu benim, burun lavajı alırken.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Fikir ise şu; deneysel olarak insanları virüsle enfekte edelim

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

-- bu tamamen IRB onaylıdır, bunun için ödeme alıyorlar --

And basically we experimentally inoculate people

biz deneysel olarak insanlara

with the common cold virus.

soğuk algınlığı virüsünü veriyoruz.

Or, even better, let's just take people

Veya, daha da iyisi,

right out of the emergency room --

insanları acil odalarının önüne çıkarın --

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

tanımlanmayan, toplumdan kazanılmış solunum yolu enfeksiyonları.

You have no idea what walks in through the door.

Kapından içeri neler gireceğini bilemeyiz.

So, let's start off with the positive control first,

Peki, o zaman önce pozitif kontrol ile başlayalım,

where we know the person was healthy.

biliyoruz ki bu insan bir zamanlar sağlıklıydı.

They got a shot of virus up the nose,

Burunlarından içeri virüs saldırısı oldu,

let's see what happens.

neler oluyor görelim.

Day zero: nothing happening.

Sıfırıncı gün: hiçbir şey olmadı.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Sağlıklılar, temizler -- bu harika.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Açıkçası, etrafta gayet sağlıklı bir şekilde yürürken bile

even when you're walking around healthy.

burun yolunun virüslerle dolu olacağını düşünmüştük.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Oldukça temiz. Eğer sağlıklıysanız, oldukça sağlıklısınızdır.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

İkinci gün: çok sağlam bir rinovirüs numunemiz oldu,

and it's very similar to what we get in the lab

ve laboratuvarda yaptığımız doku kültürü deneyinde

doing our tissue culture experiment.

elde ettiğimiz virüslere çok benziyor.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Bu harika, ama hatırlayın, ucuza kapatmalıyız değil mi?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Bu adamın burnuna tonlarca virüs yerleştiriyoruz. Böylece --

(Laughter)

(Kahkahalar)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

-- Yani, işe yaramasını istedik. Demek istediğim, gerçekten soğuk aldınlığı vardı.

So, how about the people who walk in off the street?

Peki, sokakta yürüyen insanlardan ne haber?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Burada gizli ID kodları ile temsil edilen iki birey var.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

İkisinin de rinovirüsü var; bu örneği laboratuvarda hiç görmemiştik.

We sequenced part of their viruses;

Virüslerinin bir kısmını sekansladık;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

kimsenin görmediği yeni rinovirüsler.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Hatırlayın, bu dizide kullandığımız

we're using on this array allow us to detect

evrimsel olarak korunan sekanslarımız

even novel or uncharacterized viruses,

yeni veya tanımlanmamış virüsleri bile tespit etmemizi sağlıyor,

because we pick what is conserved throughout evolution.

çünkü evrime bakıp neyin korunmuş olduğunu anlıyoruz.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Bir başka adam. Burada tanı koymaca oyununu kendiniz oynayabilirsiniz.

These different blocks represent

Buradaki farklı bloklar

the different viruses in this paramyxovirus family,

bu paramikso virüs ailesindeki farklı virüsleri temsil ediyor,

so you can kind of go down the blocks

yani şöyle bir göz gezdirip

and see where the signal is.

sinyalin nerede olduğunu görebilirsiniz.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Pekala, en azından gençlik hastalığı yok, bu muhtemelen iyidir.

(Laughter)

(Kahkahalar)

But by the time you get to block nine,

Ama zamanda dokuzunca bloğa geldiğinizde,

you see that respiratory syncytial virus.

şu solunum yolunun sinsityal virüsünü görüyorsunuz.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Belki çocukları vardır. Ve siz de görebilirsiniz,

the family member that's related: RSVB is showing up here.

kan bağı olan bir aile üyesi: RSVB burada da var.

So, that's great.

Bu harika.

Here's another individual, sampled on two separate days --

İşte farklı iki günde numune alınan başka bir birey,

repeat visits to the clinic.

hastaneye pek çok gez gelmiş.

This individual has parainfluenza-1,

Bu bireyde parainfluenza-1 var,

and you can see that there's a little stripe over here

burada Sendai virüsü'nü gösteren küçük bir şerit

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

olduğunu görebilirsiniz: bu fare parainfluenza'sı.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

Aralarındaki genetik ilişki oldukça yakın. Bu çok eğlenceli.

So, we built out the chip.

O halde, çipimizi yaptık.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Üzerinde şu ana kadar kaşfedilen bütün virüsleri barındıran bir çip yaptık.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Neden olmasın? Her bitki virüsü, her böcek virüsü, her deniz virüsü.

Everything that we could get out of GenBank --

GenBank'ta bulabildiğimiz her şey

that is, the national repository of sequences.

-- bu ulusan sekans deposudur --

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Şimdi bu çipi kullanalım. Niye kullanıyoruz?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Pekala, her şeyden önce, bunun gibi büyük bir çipiniz olduğunda,

you need a little bit more informatics,

birazcık daha fazla bilişime ihtiyacınız olur,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

o yüzden otomatik tanı koyan bir sistem tasarladık.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

Fikir şöyle; sanal numunelerimiz var

because we're never going to get samples of every virus --

çünkü asla her virüsten örnek alamayız;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

bu imkansız olurdu. Ama sanal numuneler elde edebiliriz,

and compare them to our observed result --

ve gözlemlediğimiz sonuçla karşılaştırırız,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

bu çok karmaşık bir karışım olur ve bunu bir rinovirüs olup olmadığını

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

gösteren bir tür puanlama ile birlikte gelir.

And this is what this looks like.

İşte böyle görünüyor.

If, for example, you used a cell culture

Eğer, mesela, bir hücre kültürü kullandıysanız

that's chronically infected with papilloma,

bu kronik olarak papilloma ile enfekte olmuştur,

you get a little computer readout here,

burada küçük bir bilgisayar çıktısı alırsınız,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

ve algoritmamız bize bunun muhtemelen papilloma tip 18 olduğunu söyler.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

Bu, buradaki herbir hücre kültürünün

are chronically infected with.

kronik olarak enfekte olduğu ajan.

So let's do something a little bit harder.

O zaman daha zor bir şeyler yapalım.

We put the beeper in the clinic.

Çağrı cihazını kliniğe koyuyoruz.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Biri çıkageldiği zaman ve hastane tanı koyamadığı için

because they can't diagnose it, they call us.

ne yapacağını bilmediği zaman, bizi arıyorlar.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

fikir bu, bu sistemi körfez bölgesine kuruyoruz.

And so, this case report happened three weeks ago.

Bu vaka raporu 3 hafta önce oldu.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

28 yaşında sağlıklı bir kadın, seyahat hikayesi yok,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

sigare içmiyor, alkol kullanmıyor.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

10 gündür ateşi var, gece terlemeleri, kanlı balgam,

she's coughing up blood -- muscle pain.

öksürdüğünde kan geliyor, kas ağrıları var.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Hastaneye gitti ve ona bazı antibiyotikler verdiler, doğru,

and then sent her home.

ve sonra eve gönderdiler.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

On gün boyunca ateşi düşmedi ve tekrar geldi -- hala ateşi vardı --

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

ve hipoksik durumdaydı -- akciğerlerinde yeteri kadar oksijen yoktu.

They did a CT scan.

Bir BT taraması yaptılar.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Buradaki karanlık siyah şeyler normal akciğer.

All this white stuff -- it's not good.

Beyaz şeyler ise -- iyi değil.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Bu tarz bir ağaç-tomurcuk yapısı iltihap olduğunu gösterir;

there's likely to be infection.

bir enfeksiyon olması muhtemel.

OK. So, the patient was treated then

Tamam. Hastaya daha sonra

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

üçüncü nesil bir sefalosporin antibiyotik ve doksisilin verildi,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

ve üçüncü gün, işe yaramadı; akut yetmezliğe ilerledi.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Onu intübe etmeleri gerekti, boğazından bir tüp geçirdiler

and they began to mechanically ventilate her.

ve mekanik olarak hava vermeye başladılar.

She could no longer breathe for herself.

Artık yardım olmadan nefes alamıyordu.

What to do next? Don't know.

Şimdi ne yapalım? Bilmiyoruz.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Antibiyotikleri değiştirelim, başka bir antibiyotiğe geçtiler,

Tamiflu.

Tamiflu verdiler,

It's not clear why they thought she had the flu,

-- neden grip olduğunu düşündükleri pek açık değil --

but they switched to Tamiflu.

ama Tamiflu'ya geçtiler.

And on day six, they basically threw in the towel.

Altıncı gün, artık havlu attılar.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Başka seçeneğiniz yoksa açık akciğer biyopsisi yaparsınız.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Sadece bu işlemde yüzde sekiz ölüm oranı var,

and so basically -- and what do they learn from it?

bu kadar açık -- peki bundan ne öğreniyorlar?

You're looking at her open lung biopsy.

Açık akciğer biyopsisini görüyorsunuz.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Ben patolog değilim, ama bundan fazlasını söyleyemezsiniz.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Tek söyleyebileceğiniz birçok şişliğin olduğu: bronşiolit.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Bu sonuç vermiyordu: işte patoloji raporu.

And so, what did they test her for?

O zaman ne diye test yaptılar?

They have their own tests, of course,

Elbette kendi testleri var,

and so they tested her for over 70 different assays,

ve her yerde bulunabilen her türlü bakteriyi,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

mantarı, virüsü test etmek için

you can buy off the shelf:

70 tane farklı test yaptılar.

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, metapnömo virüs, HIV, RSV -- bunların hepsi.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Hepsi negatif çıktı. Testlerin maliyeti 100,000 dolardan fazla.

I mean, they went to the max for this woman.

Demek istediğim, bu kadın için sınırları zorladılar.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

Ve hastanedeki sekizinci gün, bizi aradılar.

They gave us endotracheal aspirate --

Bize endotrakeal aspirat örneği verdiler --

you know, a little fluid from the throat,

bilirsiniz, boğazdan alınan bir miktar sıvı,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

işte aldıkları bu tüpün içinde -- ve bize verdiler.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Biz bunu çipe koyduk; ne görüyoruz? İşte, parainfluenza-4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

İyi güzel de, parainfluenza-4 de neyin nesi?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Kimse parainfluenza-4 için test yapmaz. Kimse onu kaale almaz.

In fact, it's not even really sequenced that much.

Hatta, pek sekanslama da yapılmamıştır.

There's just a little bit of it sequenced.

Sadece bir kısmı sekanslandı.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Neredeyse hiç epidemiyoloji ya da çalışma yok.

No one would even consider it,

Kimse dikkate bile almamış,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

çünkü kimsede solunum yetmezliği yapabileceğine dair bir ipucu yok.

And why is that? Just lore. There's no data --

Peki neden? Sadece ilim. Hiç veri yok --

no data to support whether it causes severe or mild disease.

Ağır ya da hafif hastalığa sebep olduğunu destekleyecek hiç veri yok.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Ama şurası açık ki, elimizde sağlığı dibe vuran bir insan vakası var.

OK, that's one case report.

Tamam, bu sadece bir vaka.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Son iki dakikada size son bir şey söyleyeceğim.

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

bu henüz yayınlanmadı -- yarın çıkacak --

and it's an interesting case of how you might use this chip

yeni bir şey bulmak veya bir kapı açmak için

to find something new and open a new door.

bu çipi nasıl kullanabileceğinize dair bir vaka.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Prostat kanseri. Prostat kanseriyle ilgili

about prostate cancer. Most of you already know it:

pek istatistik vermeme gerek yok. Çoğunuz zaten biliyorsunuz:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

ABD'deki kanser ölümlerinin üçüncü sıradaki sebebi.

Lots of risk factors,

Bir sürü risk faktörü var,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

ama ayrıca genetik yatkınlık da söz konusu.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

Prostat kanseri hastalarının belki de yüzde 10'u,

there are folks that are predisposed to it.

genetik olarak yatkın insanlardır.

And the first gene that was mapped in association studies

Ve ilişki çalışmalarında bu erken prostat kanseri

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

konusuyla ilgili haritalanan ilk gen, adına RNASEL dediğimiz bu gendi.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Ne bu? Bir antiviral savunma enzimi mi?

So, we're sitting around and thinking,

Oturup biraz düşünelim.

"Why would men who have the mutation --

Antiviral savunma sisteminde mutasyon olan,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

hasar olan erkekler neden prostat kanseri oluyor?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Pek mantıklı görünmüyor -- tabi eğer bir virüs yoksa.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Tümörleri testimize ekledik -- şimdi 100'den fazla tümör var --

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

Kimin RNASEL geninde hasar olduğunu, kimde olmadığını biliyoruz.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Burada size çipten gelen sinyali gösteriyorum,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

ve retroviral oligo bloklarını gösteriyorum.

And what I'm telling you here from the signal, is

Ve bu sinyale bakarak diyorum ki,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

bu antiviral savunma enziminde nutasyon olan bir adamın,

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

eğer tümörü de varsa, muhtemelen -- %40 ihtimalle --

a signature which reveals a new retrovirus.

yeni bir retrovirüs ortaya koyan bir imzası vardır.

OK, that's pretty wild. What is it?

Tamam, bu çok vahşice. Nedir peki?

So, we clone the whole virus.

Bütün virüsü klonladık.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Öncelikle şunu belirteyim, küçük bir otomatik tahmin

it was very similar to a mouse virus.

bize bu virüsün fare virüsüne çok benzediğini söyledi.

But that doesn't tell us too much,

Ama bu çok da anlam ifade etmiyor,

so we actually clone the whole thing.

o yüzden bütün yapıyı klonladık.

And the viral genome I'm showing you right here?

Şu anda size gösterdiğim viral genom nedir?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

Klasik bir gama retrovirüs, ama tamamen yeni;

no one's ever seen it before.

kimse daha önce görmemişti.

Its closest relative is, in fact, from mice,

En yakın akrabası bir farelerden geliyor,

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

o zaman buna "farklı çoğalan" anlamında xenotropik retrovirüs diyebiliriz

because it's infecting a species other than mice.

çünkü fareden farklı bir türü enfekte ediyor.

And this is a little phylogenetic tree

Bu, bizi diğer virüslerle olan ilişkisini gösteren

to see how it's related to other viruses.

küçük bir filogenetik ağaç.

We've done it for many patients now,

Şu ana kadar birçok hastaya uyguladık,

and we can say that they're all independent infections.

ve hepsinin birbirinden bağımsız enfeksiyonlar olduğunu söyleyebiliriz.

They all have the same virus,

Hepsinde aynı virüs var,

but they're different enough that there's reason to believe

ama bu virüsleri farklı yerlerden aldıklarını ispatlamaya

that they've been independently acquired.

yetecek kadar birbirlerinden farklılar.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Gerçekten dokuda mı? Bunu söyleyip bitiriyorum. Evet

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Bu tümör dokusu biyopsilerinden dilimler alıyoruz

and use material to actually locate the virus,

ve virüsü yerleştirmek için malzemeyi kullanıyoruz,

and we find cells here with viral particles in them.

ve içinde viral parçacıklar olan hücreler görüyoruz.

These guys really do have this virus.

Bu adamlarda gerçekten bu virüs var.

Does this virus cause prostate cancer?

Bu virüs prostat kanseri yapıyor mu?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Aslında burada söylediklerim nedensillik ima etmiyor. Bilmiyorum.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Kanserleşmeyle bağlantısı var mı? Bilmiyorum.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Vakayı oluşturan sadece bu adamların daha hassas olması mı?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Olabilir. Ve kanserle hiç ilişkisi olmayabilir.

But now it's a door.

Ama bu bir kapı.

We have a strong association between the presence of this virus

Virüsün varlığıyla kansere yol açan genetik mutasyon arasında

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

oldukça güçlü bir bağlantı var.

That's where we're at.

Bulunduğumuz nokta burası.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Korkarım bu cevaptan çok sorulara yol açıyor,

but that's what, you know, science is really good at.

ama bu tam da, bilirsiniz, bilimin gerçekten iyi olduğu şey.

This was all done by folks in the lab --

Bunların hepsi laboratuvar milleti tarafından yapıldı;

I cannot take credit for most of this.

Çoğunu kendi üzerime alamam.

This is a collaboration between myself and Don.

Bu, ben ve Don arasındaki bir işbirliği.

This is the guy who started the project in my lab,

Bu, laboratuvarımda projeyi başlatan adam,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

ve bu da işin prostat kısmını yapan adam.

Thank you very much. (Applause)

Çok teşekkür ederim.