Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Translator: Marko Marcevski Reviewer: Zdravko Smilevski

How can we investigate

Како тоа, како можеме да ја истражуваме

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

флората на вирусите кои не опкружуваат и да и помогнеме на медицината ?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Како можеме да го претвориме нашето кумулативно знаење од вирусологијата во едноставна,

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

прирачна, единствена дијагностичка алатка?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Сакам да претворам се што знаеме во моментов за откривање вируси

and the spectrum of viruses that are out there

и спектарот вируси кои постојат

into, let's say, a small chip.

во, да речеме, мал чип.

When we started thinking about this project --

Кога почнавме да размислуваме за овој проект --

how we would make a single diagnostic assay

како би направиле единствена дијагностичка алатка

to screen for all pathogens simultaneously --

да бараме секакви патогени истовремено --

well, there's some problems with this idea.

да речеме има некои проблеми со оваа идеја.

First of all, viruses are pretty complex,

прво, вирусите се доста комплексни,

but they're also evolving very fast.

но тие исто така еволуираат многу брзо.

This is a picornavirus.

Ова е Picornavirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Picornavirus-ите -- се оние кои ги вклучуваат

the common cold and polio, things like this.

настинката и полиото, ваквиот тип работи.

You're looking at the outside shell of the virus,

Ја гледате надворешната обвивка на вирусот,

and the yellow color here are those parts of the virus

и жолтата боја тука се деловите на вирусот

that are evolving very, very fast,

кои еволуираат многу, многу брзо,

and the blue parts are not evolving very fast.

а сините делови не еволуираат многу брзо.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Кога размислуваме да правиме пан вирусни реагенси,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

обично деловите кои брзо еволуираат се проблем,

because how can we detect things if they're always changing?

бидејќи како да откриеме нешто ако цело време се менува?

But evolution is a balance:

Но еволуцијата е баланс:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

онаму каде има брза промена, имате и ултра-конзервација --

things that almost never change.

работи кои скоро не се менуваат.

And so we looked into this a little more carefully,

и така го разгледавме ова малку повнимателно,

and I'm going to show you data now.

и ќе ви ги покажам овие податоци.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

ова се работи кои може да ги направите на компјутер.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Земавме купче мали Picornavirus-и,

like the common cold, like polio and so on,

како настинката, полио итн.,

and I just broke them down into small segments.

и ги разделивме во мали сегменти

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

и земете го овој прв пример, кој се вика Coxsackievirus,

and just break it into small windows.

и разделете го во мали прозорчиња.

And I'm coloring these small windows blue

и ги обоивме овие мали прозорчиња сино

if another virus shares an identical sequence in its genome

ако друг вирус има исто така идентична секвенца од неговиот геном

to that virus.

со овој вирус.

These sequences right up here --

Овие секвенци овде горе --

which don't even code for protein, by the way --

кои, патем, не ни содржат протеини --

are almost absolutely identical across all of these,

се речиси апсолутно идентични со сите овие,

so I could use this sequence as a marker

па така можам да ја користам секвенцата како маркер

to detect a wide spectrum of viruses,

да детектирам широк спектар на вируси,

without having to make something individual.

без да морам да правам нешто индивудално.

Now, over here there's great diversity:

Е сега, тука има поголем диверзитет:

that's where things are evolving fast.

туке работите еволуираат брзо.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Овде долу гледате поспора еволуција: помалку диверзитет.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Е сега, додека да стигнеме од овде до, да речеме,

acute bee paralysis virus --

акутен вирус на парализирање на пчели --

probably a bad one to have if you're a bee ---

веројатно е лош ако сте пчела --

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

овој вирус нема речиси никаква сличност со Coxsackievirus,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

но можам да ви гарантирам дека секвенците кои се најзачувани

among these viruses on the right-hand of the screen

кај вирусите од десната страна на екранот

are in identical regions right up here.

се во идентични региони овдека.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Така може да ги опфатиме регионите на ултра-конзервација

through evolution -- how these viruses evolved --

низ еволуцијата -- како овие вируси еволуирале --

by just choosing DNA elements or RNA elements

само со бирање на ДНК елементите или РНК елементите

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

во овие региони да ги претставиме на чипот како детекциски реагенси.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

ОК, тоа го направивме но како ќе го изведеме ?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Па, долго време, уште од факултет,

I've been messing around making DNA chips --

се занимавав со правење ДНК чипови --

that is, printing DNA on glass.

т.е., печатење ДНК на стакло.

And that's what you see here:

И тоа е она што го гледате овде:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

Овие мали точки се ДНК закачена на стакло,

and so I can put thousands of these on our glass chip

и можам да ставам илјадници на нашиот стаклен чип

and use them as a detection reagent.

и да ги користам како реагенс за детекција.

We took our chip over to Hewlett-Packard

го однесовме нашиот чип кај Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

и ги користевме нивните атомски микроскопи на една од овие точки,

and this is what you see:

и ова може да се види:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

Можете да ги видите нишките на ДНК како се исправени на стаклото.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Така, она што правиме е едноставно печатење на ДНК на стакло --

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

мали исправени линии -- и овие ќе бидат маркери за разни патогени(болести).

OK, I make little robots in lab to make these chips,

ОК, направив мали роботи во лабораторија за да ги правам чиповите,

and I'm really big on disseminating technology.

но многу сакам да ја споделувам технологијата.

If you've got enough money to buy just a Camry,

ако имате доволно пари да купите Тојота Камри,

you can build one of these too,

Можете да направите и еден од овие,

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

и поставивме детален направи сам опис на интернет, бесплатно,

with basically order-off-the-shelf parts.

со во основа делови од продавница --

You can build a DNA array machine in your garage.

можете да си изградите ДНК печатар во вашата гаража.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Ова е најбитнот дел со познатото Стоп копче.

(Laughter)

( Смеа )

Every important machine's got to have a big red button.

Секоја битна машина мора да има вакво црвено копче.

But really, it's pretty robust.

Но, навистина е многу робусна.

You can actually be making DNA chips in your garage

Можете навистина да правите ДНК чипови во гаражата,

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

и да декодирате некој генетски програм многу брзо. Tоа е многу забавно.

(Laughter)

(Смеа)

And so what we did -- and this is a really cool project --

и така што направивме -- и ова е многу кул проект --

we just started by making a respiratory virus chip.

почнавме да правиме чип за респираторни вируси.

I talked about that --

Зборував околу тоа --

you know, that situation where you go into the clinic

знаете, ситуацијата кога одите на доктор

and you don't get diagnosed?

и не успеваат да ве дијагностицираат?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

е па, ние во основа ги ставивме сите човечки респираторни вируси

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

на еден чип, и додадовме и херпес вирус --

I mean, why not?

мислам , зошто не?

The first thing you do as a scientist is,

Првото нешто што го правите како научник е,

you make sure stuff works.

мора да се погрижите работите да функционираат.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Така земавме разни култури на ќелии

and infect them with various viruses,

и ги инфициравме со различни вируси,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

и флуоресцентно ги обележавме во нуклеидната киселина,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

генетскиот материја кој припаѓа на овие ткивни култури --

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

најповеќе вирусни работи -- и ги ставивме во на чипот да видиме каде ќе се задржат.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Сега, ако ДНК секвенцата одговара, тие ќе останат заедно,

and so we can look at spots.

а ние може да ги погледнеме точките.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

и ако точките се осветлат, знаеме дека има некаков вирус тука.

That's what one of these chips really looks like,

Овака изгледа еден од овие чипови,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

и овие црвени точки се всушност сигнал кој доаѓа од вирусот.

And each spot represents a different family of virus

и секоја точка претставува различно семејство вируси

or species of virus.

или видови на вируси.

And so, that's a hard way to look at things,

и така, тоа е тежок начин на гледање на работите,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

па ќе ги енкодирам работите , колку овој мал баркод,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

групирани по семејства, за да може да ги видите резултатите на интуитивен начин.

What we did is, we took tissue culture cells

Што направивме, земавме култури на ткиво

and infected them with adenovirus,

и ги инфициравме со adenovirus,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

и може да ја видите жолтата баркод линија веднаш до adenovirus-от.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Истотака, го инфициравме со parainfluenza-3 --

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

тоа е парамуксиовирус -- и го гледате малиот баркод овде.

And then we did respiratory syncytial virus.

и тогаш го зедовме и респираторниот syncytial вирус.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

ова е проблемот на амбулантите насекаде --

it's like boogeremia, basically.

тоа е како мрсулавост, во основа...??????

(Laughter)

(смеа)

You can see that this barcode is the same family,

Може да видите -- се гледа дека овој баркод е истата фамилија,

but it's distinct from parainfluenza-3,

но се разликува од parainfluenza-3,

which gives you a very bad cold.

кој може многу да ве настине.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Така добиваме уникатен потпис, отпечаток за секој вирус.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Полио и Rhino: тие се истото семејство, многу се блиску еден до друг.¼

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rhino e обичната настинка, а сите знаете што е полио,

and you can see that these signatures are distinct.

и може да видите дека двата потписи се различни.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

и Капосиевиот, саркома поврзан херпес вирус

gives a nice signature down here.

дава доста добар отпечаток.

And so it is not any one stripe or something

И не е една лента или слично

that tells me I have a virus of a particular type here;

која вели дека има вирус од одреден тип;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

Тоа е баркод кој во главно ја преставува целата работа.

All right, I can see a rhinovirus --

Ок, може да го видиме rhinovirus-от --

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

а ова е зголемен rhinovirus-овиот баркод --

but what about different rhinoviruses?

но што со различните rhinovirus-и?

How do I know which rhinovirus I have?

Како да знам кој rhinovirus го имам ?

There're 102 known variants of the common cold,

Потојат 102 познати варијанти на обичната настинка,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

а само толку се бидејќи на луѓето им здосадило да ги собираат:

there are just new ones every year.

има нови секоја година.

And so, here are four different rhinoviruses,

Така еве 4 различни rhinovirus-и,

and you can see, even with your eye,

и може да видите дури со голо око,

without any fancy computer pattern-matching

без некакви специјална компјутерска обработка

recognition software algorithms,

алгоритми за препознавање обрасци

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

дека може да ги разликувате баркодовите еден од друг.

Now, this is kind of a cheap shot,

Сега, ова е на некој начин евтин аргумент,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

бидејќи ја знам генетската секвенца на сите овие rhinovirus-и ,

and I in fact designed the chip

и всушност го дизајнирав чипот

expressly to be able to tell them apart,

кој експлицитно ќе може да ги разликува,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

но што со rhinovirus-и кои никогаш не биле секвенцирани ?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Нив не им ја знаеме секвенцата, само ги лоциравме на терен.

So, here are four rhinoviruses

Еве 4 rhinovirus-и

we never knew anything about --

за кои никогаш ништо не сме знаеле --

no one's ever sequenced them -- and you can also see

никој не ги секвенцирал-- и може да видите исто така

that you get unique and distinguishable patterns.

дека добивате уникатни и различни карактеристики.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Можете да си претставите да изградите библиотека, било вистинска или виртуелна,

of fingerprints of essentially every virus.

со отпечаток на секој вирус.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Но тоа е повторно, ловење риба во буре, нели?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Ги имате културите на ќелиите, има многу вируси.

What about real people?

Што со вистински луѓе?

You can't control real people, as you probably know.

Не можете да ги контролирате вистинските луѓе , како што знаете.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Немате поим што некој ќе искашла во чашата,

and it's probably really complex, right?

и веројатно ќе биде комплексно, нели ?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

може да содржи многу бактерии, повеќе вируси,

and it certainly has host genetic material.

и секако генетски материјал од човекот,

So how do we deal with this?

и како да се справиме со ова?

And how do we do the positive control here?

и како да примениме позитивна контрола овде ?

Well, it's pretty simple.

Па, доста е едноставно.

That's me, getting a nasal lavage.

Ова сум јас , ми прават назално миење.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

И идејата е , ајде експериментално да внесеме вирус во луѓе

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

за ние -- ова е се одобрено ,патем; им плативме на луѓето.

And basically we experimentally inoculate people

И во основа ние експериментално заразивме луѓе

with the common cold virus.

со вирусот но обичната настинка.

Or, even better, let's just take people

Или, уште подобро, ајде да земеме луѓе од

right out of the emergency room --

итна помош --

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

со недефинирани, прибрани од средината респираторни инфекции.

You have no idea what walks in through the door.

Немате поим што се влегува низ тие врати.

So, let's start off with the positive control first,

Да почнеме прво со позитивната контрола,

where we know the person was healthy.

каде знаеме дека личноста била здрава.

They got a shot of virus up the nose,

добиваат вирус во носот,

let's see what happens.

да видиме што ќе се случи.

Day zero: nothing happening.

Ден нула: ништо не се случува.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

тие се здрави; -- тоа е вчудовидувачки.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Всушност, мислевме дека носната шуплина може да е полна вируси

even when you're walking around healthy.

дури и кога се шетате здрави.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Доста е чиста. Ако сте здрави, доста сте чисти.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Ден 2: Добиваме доста робусна rhinovirus-на карактеристика,

and it's very similar to what we get in the lab

и е доста слична на она што го добивавме во лабораторијата

doing our tissue culture experiment.

правејќи ги нашите експерименти на ткивните култури.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Тоа е супер, но повторно, евтин аргумент , нели?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Напикавме тон вирус во носот на човекот. така --

(Laughter)

(Смеа)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

-- мислам , сакавме да работи. Тој навистина имаше настинка.

So, how about the people who walk in off the street?

Значи, што со луѓето што влегоа од улицата ?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

еве две индивидуи претставени со нивните анонимни ID кодови.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Двајцата имаат rhinovirus-и; а ние никогаш не сме ја виделе оваа карактеристика во лабораторијата.

We sequenced part of their viruses;

Ги секвенциравме деловите од нивните вируси;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

тие се нови rhinovirus-и никој што досега не ги видел.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

запомнете, нашите еволутивно-конзервирани секвенци

we're using on this array allow us to detect

ги користиме на оваа сонда и ни помагаат да откриеме

even novel or uncharacterized viruses,

дури и необични и неоткриени вируси,

because we pick what is conserved throughout evolution.

затоа што бараме она што е конзервирано низ еволуцијата.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

еве уште еден човек. овде можете сами да ја откриете дијагнозата.

These different blocks represent

Различните блокови ги претставуваат

the different viruses in this paramyxovirus family,

различните вируси во парамиксовирус фамилијата,

so you can kind of go down the blocks

па така можете да одите надолу по блоковите

and see where the signal is.

и да видите каде е сигналот.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

аха, значи нема canine distemper; што веројатно е добро.

(Laughter)

(Смеа)

But by the time you get to block nine,

Но кога ќе стигнете до блок 9,

you see that respiratory syncytial virus.

гледате дека има респираторен syncytial вирус.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

можеби имаат деца. и тогаш исто така гледате,

the family member that's related: RSVB is showing up here.

на кое семејство припаѓа: RSVB се појавува овде.

So, that's great.

тоа е одлично.

Here's another individual, sampled on two separate days --

еве уште еден човек , испитан на два ралични дена --

repeat visits to the clinic.

повторна посета на клиниката.

This individual has parainfluenza-1,

Оваа личност има parainfluenza-1,

and you can see that there's a little stripe over here

и може да ја забележите оваа мала лента овде

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

за Sendai вирус: тоа е глувчешка parainfluenza.♫

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

Генетските врски се многу блиски таму. Тоа е многу интересно.

So, we built out the chip.

Така го изградивме чипот.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Направивме чип кој го има секој познат вирус што досега сме го откриле.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

зошто не? секој растителен вирус, секој инсектов вирус, секој морски вирус.

Everything that we could get out of GenBank --

Се што можевме да добиеме од GenBank --

that is, the national repository of sequences.

тоа е, националната база на секвенци.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Сега го користиме чипот. и за што го користиме ?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Најпрво, кога имате голем чип како овој,

you need a little bit more informatics,

ви треба малку повеќе информатика,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

па дизајниравме систем за автоматска дијагноза.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

и идејата е, да имаме виртуелни секвенци --

because we're never going to get samples of every virus --

бидејќи никогаш нема да успееме да ги прибереме сите вируси;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

тоа би било буквално невозможно. Но можеме да ги прибереме виртуелните каратеристики,

and compare them to our observed result --

и да ги споредиме и со нашиот претходен резултат,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

које е комплексна мешавина, и да дадеме некој вид на бодови

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

за колку нешто личи на rhinovirus или слично.

And this is what this looks like.

и еве како таа машина изгледа.

If, for example, you used a cell culture

Ако, на пр., сте користеле култура на ќелии

that's chronically infected with papilloma,

која е хронично инфицирана од папилома,

you get a little computer readout here,

добивате отчитување овде,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

и нашиот алгоритам вели дека е најверојатно папилома тип 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

и тоа Е , всушност, она со кое што овие култури на ќелии се

are chronically infected with.

хронично инфицирани.

So let's do something a little bit harder.

ајде да направиме нешто потешко.

We put the beeper in the clinic.

да го ставиме автоматот во клиниката.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Кога некој ќе се појави, и болницата не знае што да прави

because they can't diagnose it, they call us.

затоа што не можат да го дијагностицираат, ни се јавуваат нам.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Тоа е идејата, и ние ова го правиме во Заливската област.

And so, this case report happened three weeks ago.

Така, овој случај се појави пред 3 недели.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Имавме 28 годишна здрава жена, што не патувала,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

(нејасно), не пуши, не пие.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

10 дневна историја на треска, ноќно потење, крвава плунка --

she's coughing up blood -- muscle pain.

искашлува крв -- болки во мускулите.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Отишла во клиниката, и тие и дале антибиотици, нели,

and then sent her home.

и ја пратиле дома.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

таа се вратила после 10 дена трески, нели -- сеуште имала треска --

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

и сега е хипоксична -- нема доволно кислород во дробовите.

They did a CT scan.

и направиле КТ снимка.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Нормално дробнокрило е целото темно и црно овде.

All this white stuff -- it's not good.

сета оваа бела материја -- не е на добро.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Оваа разгранета структура значи дека има воспаление;

there's likely to be infection.

многу веројатно има инфекција.

OK. So, the patient was treated then

Ок. Тогаш пациентот е третиран

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

со трета генерација на цефалоспорин антибиотик, и доксицилин,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

и на третиот ден, тоа не помогна, таа прогресираше во акутно откажување на дробовите.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

мораа да ја интубираат, и ставија цевка во грлото

and they began to mechanically ventilate her.

и почнаа механички да ја вентилираат.

She could no longer breathe for herself.

веќе не можеше да дише самата.

What to do next? Don't know.

Што да се прави следно? Не знам.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

сменија антибиотици, па се префрлија на уште еден антибиотик,

Tamiflu.

и тамифлу, кое --

It's not clear why they thought she had the flu,

не е јасно зошто мислеле дека има грип --

but they switched to Tamiflu.

ама се префрлиле на тамифлу.

And on day six, they basically threw in the towel.

и 6тиот ден, во основа докторите се откажале.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Правите биопсија на белодробно крило кога немате други опции.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

има 8 процентна смртност само од процедурата.

and so basically -- and what do they learn from it?

и во основа -- и што научија од тоа ?

You're looking at her open lung biopsy.

ја гледате нејзината биопсија.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Не сум патолог, ама не можете многу да заклучите од ова.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

се што може да заклучите е дека има отекување: бронхиолитис.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

недоволно јасно: тоа е извештајот од патологот.

And so, what did they test her for?

и така, што ја тестирале ?

They have their own tests, of course,

Имале нивни тестови , се разбира,

and so they tested her for over 70 different assays,

и ја тестирале на преку 70 видови серии,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

за секоја бактерија и габа и вирусна серија

you can buy off the shelf:

која можете да ја купите:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

САРС, метапнеумовирус, ХИВ, РСВ -- сите овие.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

и се беше негативно, преку 100,000 долари скапи тестови.

I mean, they went to the max for this woman.

Мислам, отишле до максимум со оваа жена.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

и на 8-иот ден во болницата, ни се јавија нам.

They gave us endotracheal aspirate --

ни дадоа ендотрактен аспират --

you know, a little fluid from the throat,

знаете, малку течност од грлото,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

од цевката што одеше долу -- тоа ни го дадоа.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

го ставивме на чипот; и што гледаме? Па , видовме parainfluenza-4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Што е поѓаволите parainfluenza-4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Никој не тестира за parainfluenza-4. Никому не му е гајле за неа.

In fact, it's not even really sequenced that much.

всушност , не е ни секвенцирана многу.

There's just a little bit of it sequenced.

само мал дел е секвенциран.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Речиси нема епидемиолошки истражувања за неа.

No one would even consider it,

Никоје не би ја ни разгледувал,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

бидејќи никој не мислеше дека може да предизвика респираторно откажување.

And why is that? Just lore. There's no data --

А зошто е така ? поради незнаење. Нема податоци --

no data to support whether it causes severe or mild disease.

да подржат дали предизвикува сериозни или благи болести.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

јасно , имаме случај на здрава жена која не може да се илечи.

OK, that's one case report.

Ок, тоа е еден случај.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Ќе ви кажам уште една работа во последните 2 минути.

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

која е необјавена -- ќе се објави утре --

and it's an interesting case of how you might use this chip

и е интересен случај како може да го користите чипот

to find something new and open a new door.

за да најдете нешто ново и да отворите нова врата.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Рак на простата. Не мора да ви дадам статистики

about prostate cancer. Most of you already know it:

за рак на простата. Повеќето ги знете:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

3-та водечка причина за смрт од рак во САД.

Lots of risk factors,

Многу ризични фактори,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

но постои генетска предиспозиција за рак на простата.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

за можеби 10 проценти од раковите на простата,

there are folks that are predisposed to it.

има луѓе кои имаат предиспозиции за тоа.

And the first gene that was mapped in association studies

Првиот ген кој беше мапиран во вкупните студии

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

за овој, ран рак на простата, беше генот наречен RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Што е тоа ? тоа е ензим за одбрана од вируси.

So, we're sitting around and thinking,

Па седиме и си размислуваме,

"Why would men who have the mutation --

Зошто би ја имале луѓето оваа мутација,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

дефект на вирусниот одбранбен систем, кој предизвикува рак на простата?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

нема смисла -- освен можеби ако не е вирус.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

и така ставивме тумори -- сега имаме над 100 тумори -- на нашиот чип.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

и знаеме кој има RNASEL дефект и кој нема.

And I'm showing you the signal from the chip here,

ви го покажувам сигналот од чипот овде,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

и ви го покажувам блокот за ретровирусни олиго .

And what I'm telling you here from the signal, is

и она што ви го кажувам ове од сигналот е,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

дека луѓето што имаат мутација на овој антивирусен одбранбен ензим,

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

и кои што имаат тумор, често имаат -- 40% од случаите --

a signature which reveals a new retrovirus.

карактеристика која открива нов ретровирус.

OK, that's pretty wild. What is it?

Ок, тоа е доста лудо. Што е тоа ?

So, we clone the whole virus.

така го клонираме целиот вирус.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Најпрво, ќе ви кажам една автоматизирана предикција ни кажа

it was very similar to a mouse virus.

дека е многу сличен со глувчешки вирус.

But that doesn't tell us too much,

Но тоа не ни кажува многу,

so we actually clone the whole thing.

па така всушност ја клониравме целата работа.

And the viral genome I'm showing you right here?

и вирусниот геном што ви го покажувам тука ?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

тоа е класичен гама ретровирус, но е тотално нов;

no one's ever seen it before.

никој не го видел до сега.

Its closest relative is, in fact, from mice,

неговиот најблизок роднина е, всушност, од глувци,

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

и така може да го наречеме ксенотропски ретровирус,

because it's infecting a species other than mice.

бидејќи инфицира и други видови освен глувци.

And this is a little phylogenetic tree

и ова е филогенетско дрво

to see how it's related to other viruses.

за да видиме како е поврзан со другите вируси.

We've done it for many patients now,

и потоа го направивме на многу пациенти досега,

and we can say that they're all independent infections.

и може да речеме дека сите се независни инфекции.

They all have the same virus,

Сите го имаат истиот вирус,

but they're different enough that there's reason to believe

но доволно се ралични за да има причина да веруваме

that they've been independently acquired.

дека се независно добиени.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

дали е навистина во ткивото ? И ќе завршам со ова. Да.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

земавме пресеци од биопсија на ткиво од тумор

and use material to actually locate the virus,

и користевме материи за да го лоцираме вирусот,

and we find cells here with viral particles in them.

и најдовме клетки каде постоеја вирусни честички.

These guys really do have this virus.

овие луѓе навистина го имаат вирусот.

Does this virus cause prostate cancer?

Дали овој вирус предизвикува рак на простата ?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Ништо што кажувам не имплицира последователност. Не знам.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Дали е врска со онкогенеза ? Не знам.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Дали е случај каде овие луѓе се поосетливи на вируси ?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Можеби. И може да нема врска со ракот.

But now it's a door.

Но тоа е вратата .

We have a strong association between the presence of this virus

Имаме силна асоцијација меѓу присуството на овој вирус

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

и генетска мутација која е поврзана со рак.

That's where we're at.

Таму сме сега.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Така, се плашам, отвора повеќе прашања од одговори,

but that's what, you know, science is really good at.

но тоа е она, знаете, во што е добра науката.

This was all done by folks in the lab --

Сево ова е направено од луѓе во лабораторија;

I cannot take credit for most of this.

Не можам да превземам заслуга за овие работи.

This is a collaboration between myself and Don.

ова е соработка меѓу мене и Дон.

This is the guy who started the project in my lab,

Ова е човекот кој го почна проектот во мојата лабораторија,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

и ова е човекот кој ги работи опитите околу простатата.

Thank you very much. (Applause)

Ви благодарам многу.