Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Джо ДеРизи и его «Вироскан» раскрывают тайны медицины

Переводчик: Elena Leyko Редактор: Tatyana Balashova

How can we investigate

Как мы можем исследовать

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

окружающую нас вирусную флору и помочь медицине?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Как мы можем превратить накопленные нами знания по вирусологии

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

в один простой портативный диагностический прибор?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Я хочу превратить всё, что мы знаем на данный момент о диагностике вирусов

and the spectrum of viruses that are out there

и диапазоне вирусов, окружающих нас,

into, let's say, a small chip.

в, с позволения сказать, маленький чип.

When we started thinking about this project --

Когда мы начали думать об этом проекте —

how we would make a single diagnostic assay

о том, как сделать единый диагностический прибор,

to screen for all pathogens simultaneously --

чтобы выявить все болезнетворные факторы одновременно —

well, there's some problems with this idea.

с воплощением этой идеи в жизнь возникли некоторые проблемы.

First of all, viruses are pretty complex,

Прежде всего, вирусы весьма сложны,

but they're also evolving very fast.

и к тому же они эволюционируют очень быстро.

This is a picornavirus.

Это пикорнавирус.

Picornaviruses -- these are things that include

Пикорнавирусы включают вирусы

the common cold and polio, things like this.

банальной простуды, полиомиелита и других подобных заболеваний.

You're looking at the outside shell of the virus,

Вы видите внешнюю оболочку вируса,

and the yellow color here are those parts of the virus

и жёлтым цветом здесь выделены те его части,

that are evolving very, very fast,

которые развиваются очень быстро,

and the blue parts are not evolving very fast.

а синим — те, которые развиваются медленней.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Когда люди задумываются о создании выявляющих поливирусы реагентов,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

главным препятствием становится стремительное развитие вирусов,

because how can we detect things if they're always changing?

ибо как можно обнаружить то, что постоянно меняется?

But evolution is a balance:

Но развитие основано на равновесии:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

когда что-то одно быстро меняется, что-то другое сохраняется неизменным,

things that almost never change.

почти никогда не меняясь.

And so we looked into this a little more carefully,

Таким образом, мы решили исследовать этот вопрос более подробно,

and I'm going to show you data now.

и сейчас я покажу вам результаты.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Эту работу можно проделать на обычном компьютере.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Я взял несколько пикорнавирусов,

like the common cold, like polio and so on,

таких как возбудители простуды, полиомиелита и другие,

and I just broke them down into small segments.

и разделил их на крошечные сегменты.

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

В качестве первого экземпляра был взят вирус Коксаки,

and just break it into small windows.

который был разбит на маленькие ячейки.

And I'm coloring these small windows blue

И я закрашиваю эти маленькие ячейки синим цветом,

if another virus shares an identical sequence in its genome

если в геноме другого вируса есть последовательности, идентичные

to that virus.

вирусу Коксаки.

These sequences right up here --

Их можно увидеть здесь —

which don't even code for protein, by the way --

и к слову, они даже не несут информацию о белке —

are almost absolutely identical across all of these,

они почти полностью одинаковы во всём этом ряде вирусов,

so I could use this sequence as a marker

поэтому я смог использовать эту последовательность как маркер

to detect a wide spectrum of viruses,

для выявления широкого спектра вирусов,

without having to make something individual.

не работая с каждым из них отдельно.

Now, over here there's great diversity:

Здесь видно большое разнообразие:

that's where things are evolving fast.

эти части вирусов быстро развиваются.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

А здесь заметно менее стремительное развитие: разнообразия уже меньше.

Now, by the time we get out here to, let's say,

А теперь, если, предположим, взять

acute bee paralysis virus --

вирус острого паралича пчёл —

probably a bad one to have if you're a bee ---

вероятно, весьма опасный, если вы пчела —

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

у этого вируса почти нет сходства с вирусом Коксаки,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

но я ручаюсь, что наиболее стабильные цепочки генов

among these viruses on the right-hand of the screen

у этих вирусов с правой стороны экрана

are in identical regions right up here.

находятся в тех же областях, что и у остальных.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Таким образом, мы можем выделить участки с максимальной стабильностью

through evolution -- how these viruses evolved --

в ходе эволюции вируса -

by just choosing DNA elements or RNA elements

выбрав всего лишь фрагменты ДНК или РНК

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

в данных участках в качестве выявляющих реагентов для нашего чипа.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

Итак, это наша задача, но как её выполнить?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Долгие годы, с того момента, как я начал изучать эту проблему в университете,

I've been messing around making DNA chips --

я бился над созданием ДНК-чипов -

that is, printing DNA on glass.

как например,отпечатывание ДНК на стекле.

And that's what you see here:

И вот что вы здесь видите:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

Эти крошечные солевые пятна - всего лишь прикрепленная к стеклу ДНК,

and so I can put thousands of these on our glass chip

и я могу поместить тысячи таких ДНК на такой стеклянный чип

and use them as a detection reagent.

и использовать их в качестве выявляющих реагентов.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Мы передали свой чип компании Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

и использовали их мощный атомарный микроскоп для исследования одного из таких пятен,

and this is what you see:

И вот что там видно:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

на этом стекле вы можете увидеть нити ДНК.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

И мы всего лишь отпечатываем ДНК на стекле -

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

на маленьких стеклышках - и эти отпечатки становятся маркерами для патогенов.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Для создания этих чипов в лаборатории я использую крошечных роботов,

and I'm really big on disseminating technology.

я увлекся внедрением этой технологии в повседневную жизнь.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Если ваших средств достаточно на покупку Камри,

you can build one of these too,

вы тоже можете построить одного из таких роботов,

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

и для этого мы разместили в Интернете абсолютно бесплатное руководство к действию

with basically order-off-the-shelf parts.

с основной последовательностью действий по сборке.

You can build a DNA array machine in your garage.

Вы можете построить прибор для отпечатки набора фрагментов ДНК в своём собственном гараже.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

А этот раздел посвящен остановке в случае аварийной ситуации.

(Laughter)

(Смех)

Every important machine's got to have a big red button.

У каждого значительного механизма должна быть большая красная кнопка.

But really, it's pretty robust.

Но честно говоря, он редко выходит из строя.

You can actually be making DNA chips in your garage

Вы в самом деле можете создавать ДНК-чипы у себя в гараже

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

и достаточно быстро расшифровывать генетические программы. Это весело.

(Laughter)

(Смех)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Итак, что же мы сделали - и это весьма интересный проект-

we just started by making a respiratory virus chip.

мы начали создавать ДНК-чип респираторного вируса.

I talked about that --

Я рассказывал об этом -

you know, that situation where you go into the clinic

вам известна ситуация, когда вы приходите в клинику,

and you don't get diagnosed?

а причину вашего заболевания не могут выявить?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Мы поместили ДНК основных респираторных вирусов человека

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

на один чип, добавив туда же для ровного счета вирус герпеса -

I mean, why not?

а почему бы нет?

The first thing you do as a scientist is,

В первую очередь ученый

you make sure stuff works.

должен убедиться, что материал работает.

And so what we did is, we take tissue culture cells

И вот что мы сделали: взяли культивируемую клеточную среду

and infect them with various viruses,

и инфицировали клетки разными вирусами,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

затем взяли этот материал и флюоресцентно маркировали полинуклеотид,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

генетический материал, выделенный из этих культивируемых клеток,

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

вирусный материал - и поместили его на чип, чтобы определить, к какому участку он приклеится.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Итак, если последовательности ДНК соответствуют друг другу, они склеиваются,

and so we can look at spots.

и тогда мы можем обратить внимание на пятна.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Если они светятся, мы понимаем, что в данном месте точно находится вирус.

That's what one of these chips really looks like,

Вот как выглядит один из таких чипов,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

и эти красные пятна представляют собой поступающие от вирусов сигналы.

And each spot represents a different family of virus

Каждое пятно соответствует определенному семейству вирусов

or species of virus.

или виду вируса.

And so, that's a hard way to look at things,

Это изображение достаточно трудно для восприятия,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

поэтому я хочу представить данные в виде определенного штрих-кода,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

сформированного по семействам для более наглядного отображения результатов.

What we did is, we took tissue culture cells

Мы взяли культивируемую клеточную среду

and infected them with adenovirus,

и инфицировали клетки аденовирусом,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

и вы можете рассмотреть этот желтый штрих-код около аденовируса.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

И подобным образом мы инфицировали эти клетки вирусом парагриппа 3-ого типа -

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

это парамиксовирус - и вы можете увидеть здесь этот штрих-код.

And then we did respiratory syncytial virus.

Затем последовал респираторный синтициальный вирус.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

Это повсеместный бич всех детских садов -

it's like boogeremia, basically.

сопли, проще говоря.

(Laughter)

(Смех)

You can see that this barcode is the same family,

Как вы видите, этот штрих-код обозначает одно и то же семейство,

but it's distinct from parainfluenza-3,

но он отличен от вируса парагриппа 3-ого типа,

which gives you a very bad cold.

вызывающего тяжелейшую простуду.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Так у нас появляются уникальные показатели, отпечатки пальцев для каждого вируса.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Полио и риновирусы принадлежат одному семейству и очень похожи друг на друга.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Риновирусы вызывают банальную простуду, а что такое полиовирус вам прекрасно известно,

and you can see that these signatures are distinct.

и вы видите, что показатели этих вирусов различны.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

А ассоциированный с саркомой Капоши вирус герпеса

gives a nice signature down here.

демонстрирует здесь весьма яркие показатели.

And so it is not any one stripe or something

И это не любая полоска или что-либо,

that tells me I have a virus of a particular type here;

сообщающая мне о наличии в образце вируса определенной разновидности;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

это штрих-код, который дает представление о ситуации в целом.

All right, I can see a rhinovirus --

Отлично, я вижу один риновирус -

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

а это увеличенный снимок риновирусного штрих-кода -

but what about different rhinoviruses?

но как быть с другими риновирусами?

How do I know which rhinovirus I have?

Откуда я узнаю, какой именно это риновирус?

There're 102 known variants of the common cold,

Существует 102 известных варианта вирусов простуды,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

и их всего лишь 102 просто потому, что люди устали их считать:

there are just new ones every year.

новые разновидности появляются ежегодно.

And so, here are four different rhinoviruses,

Существует четыре разных риновируса,

and you can see, even with your eye,

и можно увидеть даже невооруженным взглядом,

without any fancy computer pattern-matching

без затейливых компьютерных сопоставлений образцов

recognition software algorithms,

алгоритмов програмного обеспечения для распознавания,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

для того, чтобы отличить один штрих-код от любого другого.

Now, this is kind of a cheap shot,

Итак это что-то вроде удара по больному месту,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

так как мне известно, какова генетическая последовательность всех этих риновирусов,

and I in fact designed the chip

и я даже спроектировал чип

expressly to be able to tell them apart,

чтобы отличать их друг от друга,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

но как быть с риновирусами, которые никогда не видел ни один генетик?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Нам неизвестна их генетическая последовательность, и мы просто закрываем на них глаза.

So, here are four rhinoviruses

Итак, вот четыре риновируса,

we never knew anything about --

о которых нам на было ничего известно -

no one's ever sequenced them -- and you can also see

никто никогда не исследовал их генетически - и как видите,

that you get unique and distinguishable patterns.

эти образцы уникальны и различимы.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Представьте, что вы построили реальную или виртуальную библиотеку

of fingerprints of essentially every virus.

"отпечатков пальцев" всех значимых вирусов.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Вы ведь знаете, что это проще простого, так?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

У вас есть культивируемая клеточная среда. И тонна вирусов.

What about real people?

А что насчет живых людей?

You can't control real people, as you probably know.

Как вам и самим, наверное, известно, вы не можете их контролировать.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Вы даже представить себе не можете, что именно попадет в чашку человека при кашле,

and it's probably really complex, right?

а ведь состав может быть очень сложным , не правда ли?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

В слюне может быть множество бактерий и вирусов,

and it certainly has host genetic material.

и безусловно, генетический материал хозяина.

So how do we deal with this?

Так как же со всем этим разобраться?

And how do we do the positive control here?

И как в данном случае осуществлять положительный контроль?

Well, it's pretty simple.

Что ж, довольно просто.

That's me, getting a nasal lavage.

На этой фотографии я делаю назальный смыв.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Идея заключается в вакцинировании людей в условиях эксперимента.

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

Кстати, с одобрения международного экспертного совета; и участие в эксперименте оплачивается.

And basically we experimentally inoculate people

Мы прививали людей экспериментальной вакциной

with the common cold virus.

против ОРВИ.

Or, even better, let's just take people

Или, даже лучше, давайте возьмем людей

right out of the emergency room --

непосредственно в приемном покое -

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

с неопределенным диагнозом, бытовой инфекцией дыхательных путей.

You have no idea what walks in through the door.

Вы не представляете, кто может зайти в дверь.

So, let's start off with the positive control first,

Что ж, давайте займемся сперва положительным контролем,

where we know the person was healthy.

зная, что человек здоров.

They got a shot of virus up the nose,

Вирусы попадают в его организм через нос,

let's see what happens.

и что же происходит?

Day zero: nothing happening.

День первый: ничего не происходит.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Человек здоров; он не заражен - это невероятно.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Фактически, мы считали, что носовые ходы могут быть забиты вирусами,

even when you're walking around healthy.

даже когда вы прогуливаетесь в полном здравии.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Это относительная незараженность. Если вы здоровы, вы относительно здоровы.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

День второй: мы получаем полноценный образец риновируса,

and it's very similar to what we get in the lab

который весьма схож с тем, что мы получаем в лаборатории

doing our tissue culture experiment.

во время экспериментов с клеточными культурами.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Здорово, но это опять удар по больному месту, не так ли?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Мы поселили тонну вирусов в нос этого мужчины. Итак -

(Laughter)

(Смех)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

Я имею в виду, мы хотели, чтобы это сработало. Он и правда подхватил простуду.

So, how about the people who walk in off the street?

А как насчет людей, прогуливающихся по улице?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Вот безликие идентификационные коды двух человек.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Они оба заражены риновирусами; мы никогда не видели такие образцы в лаборатории.

We sequenced part of their viruses;

Мы исследовали генетические последовательности части этих вирусов;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

они абсолютно новые и ранее никем не замеченные.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Помните, те застывшие в развитии последовательности генов,

we're using on this array allow us to detect

которые мы используем на чипе, позволяют нам выявлять

even novel or uncharacterized viruses,

даже ранее неизвестные или неохарактеризованные вирусы,

because we pick what is conserved throughout evolution.

так как мы отбираем то, что сохранилось в ходе эволюции.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Это другой человек. И здесь вы можете сами поиграть в диагностов.

These different blocks represent

Отдельные участки представляют здесь

the different viruses in this paramyxovirus family,

разные вирусы семейства паравирусов,

so you can kind of go down the blocks

и вы можете исследовать эти участки

and see where the signal is.

и увидеть, где заметен импульс.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Ну, собачьего бешенства нет, и это уже неплохо.

(Laughter)

(Смех)

But by the time you get to block nine,

Но достигнув девятого участка,

you see that respiratory syncytial virus.

вы увидите этот синцитиальный респираторный вирус.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Может быть, у этого человека есть дети. И вы можете также наблюдать

the family member that's related: RSVB is showing up here.

члена его семьи: данный вирус обозначен и здесь.

So, that's great.

Что ж, замечательно.

Here's another individual, sampled on two separate days --

А это другой человек, наблюдаемый в течение двух дней -

repeat visits to the clinic.

при повторных посещениях клиники.

This individual has parainfluenza-1,

У него парагрипп 1 типа,

and you can see that there's a little stripe over here

и прямо здесь мы можем видеть крошечную маркировочную линию

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

вируса Сендай: это мышиный парагрипп.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

Генетическая связь между ними очень тесна. И это очень весело.

So, we built out the chip.

Итак, мы создали чип.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Мы создали чип, на котором есть генетическая информация о любом известном нам вирусе.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

А почему бы нет? Любой растительный вирус, любой вирус насекомых, любой морской вирус.

Everything that we could get out of GenBank --

Всё, что мы можем достать из генетического банка -

that is, the national repository of sequences.

так называемый, всенародный склад генетических последовательностей.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

И теперь мы используем такой чип. Но зачем мы это делаем?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Что ж, прежде всего когда у вас есть такой большой чип,

you need a little bit more informatics,

вам нужна большая информативная поодержка,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

поэтому мы спроектировали систему, способную к автоматической диагностике.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

И план заключается в наличии у нас виртуальных образцов,

because we're never going to get samples of every virus --

так как мы никогда не заполучим образцы всех вирусов -

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

это было бы просто невозможно. Но мы можем использовать виртуальные образцы,

and compare them to our observed result --

и сравнивать их с результатами экспериментов -

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

весьма запутанными - и вести что-то вроде счета,

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

какова вероятность, что это именно риновирус.

And this is what this looks like.

И вот на что это похоже.

If, for example, you used a cell culture

Если, например, вы использовали клеточную культуру,

that's chronically infected with papilloma,

постоянно инфицируемую папилломовирусом,

you get a little computer readout here,

вы получаете компьютерную выборку показателей,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

и согласно нашему алгоритму это папилломовирус 18 типа.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

И именно им на самом деле клеточная культура

are chronically infected with.

постоянно инфицируется.

So let's do something a little bit harder.

А теперь кое-что потруднее.

We put the beeper in the clinic.

В клинике мы установили звуковой сигнализатор.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Каждый раз, когда в клинику попадал человек

because they can't diagnose it, they call us.

с неизвестным диагнозом, они звонили нам.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Вот это идея, и мы воплотили её в жизнь в Сан-Франциско.

And so, this case report happened three weeks ago.

И эта история болезни имела место быть три недели назад.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

У нас есть 28-летняя здоровая женщина, никогда не выезжавшая за пределы родных мест,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

(неразборчиво), некурящая, не пьющая алкогольные напитки,

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

с десятидневной лихорадкой, ночными потоотделениями, кровянистой мокротой

she's coughing up blood -- muscle pain.

она кашляет кровью - и мышечной болью.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Когда она попала в клинику,ей назначили антибиотики

and then sent her home.

и отправили домой.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Она вернулась после десяти дней лихорадки, так? По-прежнему, с лихорадкой,

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

и с гипоксией - за счет недостатка кислорода в легких.

They did a CT scan.

Ей провели компьютерную томографию.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Все, что здесь темное и черное, - это нормальная легочная ткань.

All this white stuff -- it's not good.

А вот всё, что белого цвета, - в этом уже нет ничего хорошего.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Такая легочная структура в виде разветвленной структуры с завязями показывает, что ткань воспалена;

there's likely to be infection.

и воспаление, скорее всего, инфекционное.

OK. So, the patient was treated then

Пациентку лечили

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

цефалоспоринами третьего поколения и доксициклином,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

и на третий день это не помогло: болезнь спрогрессировала в острую легочную недостаточность.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Им пришлось заинтубировать пациентку, поместив интубационную трубку в её горло

and they began to mechanically ventilate her.

и подключить её к аппарату искусственной вентиляции легких.

She could no longer breathe for herself.

Она не могла больше дышать самостоятельно.

What to do next? Don't know.

А что делать дальше? Неизвестно.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Поменять антибиотики: они перешли на другой антибиотик,

Tamiflu.

Тамифлю.

It's not clear why they thought she had the flu,

Непонятно, почему они решили, что у пациентки грипп,

but they switched to Tamiflu.

но перешли на Темифлю.

And on day six, they basically threw in the towel.

И на шестой день, они, наконец, сдались.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

За неимением другого выбора, была проведена открытая биопсия легких.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

А уровень смертности при такой операции составляет восемь процентов,

and so basically -- and what do they learn from it?

и что же - что они узнали таким способом?

You're looking at her open lung biopsy.

Вы смотрите на открытую биопсию легких этой пациентки.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Я не патологоанатом, но что можно сказать, глядя на это?

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Единственное - здесь есть признаки значительного отека - бронхиолита.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Болезнь недиагносцируема: это заключение патологоанатома.

And so, what did they test her for?

Так для чего же они её обследовали?

They have their own tests, of course,

Безусловно, они делали анализы,

and so they tested her for over 70 different assays,

и проводили анализы по более, чем семидесяти показателям,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

анализы на все виды бактерий, грибов и вирусов,

you can buy off the shelf:

существующих в природе:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

ОРВИ, метапневмовирус, ВИЧ, РСВ - на все.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Все анализы стоимостью более 100000 долларов за анализ были отрицательны.

I mean, they went to the max for this woman.

Я имею в виду, что они сделали для этой женщины всё, что могли.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

И наконец, на восьмой день позвонили нам.

They gave us endotracheal aspirate --

Они дали нам эндотрахиальный аспират -

you know, a little fluid from the throat,

знаете, жидкость из горла,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

из трубки, поставленной ими - отдали её нам.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Мы поместили его на чип, и что же мы увидели? Увидели мы вирус парагриппа 4-ого типа.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

И что же, ради всего святого, это за вирус?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Не существует анализов на парагрипп 4-ого типа. Никто не воспринимает его всерьез.

In fact, it's not even really sequenced that much.

Его генетические последовательности выделены не полностью.

There's just a little bit of it sequenced.

Выделена лишь малая их часть.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Эпидемиологических научных трудов об этом вирусе не существует.

No one would even consider it,

Никто даже не мог предположить именно этот вирус,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

так как ни у кого не было подозрений, что он может вызывать дыхательную недостаточность.

And why is that? Just lore. There's no data --

Отчего так? Обычная практика.У нас нет данных -

no data to support whether it causes severe or mild disease.

нет данных, что этот вирус может вызывать заболевания разной степени сложности.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Очевидно, разговор идет о единичном случае заболевания.

OK, that's one case report.

Ладно, это всего лишь одна история болезни.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Но в последние две минуты я хочу вам рассказать ещё кое-что

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

неопубликованное - о чем станет известно только завтра -

and it's an interesting case of how you might use this chip

и это интересная информация о том, как вы можете использовать этот чип

to find something new and open a new door.

для открытия новых горизонтов.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Рак предстательной железы. Нет нужды приводить здесь статистические данные

about prostate cancer. Most of you already know it:

о раке предстательной железы. Почти каждый их знает:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

третье место среди причин смерти раковых больных в США.

Lots of risk factors,

Множество факторов риска,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

но существует генетическая предрасположенность к этому виду рака.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

Где-то 10% больных раком предстательной железы -

there are folks that are predisposed to it.

это люди, имеющие к нему предрасположенность.

And the first gene that was mapped in association studies

И первым геном, выявленным в совместных исследованиях

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

рака предстательной железы на ранней стадии, стал ген, названный рибонуклеаза L.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Что это такое? Это защитный антивирусный фермент.

So, we're sitting around and thinking,

Итак мы сидим и думаем:

"Why would men who have the mutation --

"Почему мужчины с генной мутацией -

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

повреждением антивирусной защитной системы - заболевают раком предстательной железы?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Это бессмысленно - разве что, может, там есть вирус?"

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

И так мы помещаем опухоли - а сейчас у нас их более ста - на свой чип.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

И мы знаем, у кого есть дефект рибонуклеазы L, а у кого нет.

And I'm showing you the signal from the chip here,

И я покажу вам импульс на чипе,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

покажу вам комплекс ретровирусных олигопептидов.

And what I'm telling you here from the signal, is

И по вирусу можно заключить,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

что мужчины с генной мутацией в этом антивирусном защитном ферменте

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

и с опухолью, в 40 процентах обладают

a signature which reveals a new retrovirus.

признаками, свидетельствующими о новом ретровирусе.

OK, that's pretty wild. What is it?

Звучит дико. Что же это?

So, we clone the whole virus.

Итак, мы клонируем целый вирус.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Прежде всего, автоматизированное прогнозирование показало нам,

it was very similar to a mouse virus.

что он очень похож на мышиный вирус.

But that doesn't tell us too much,

Но это ни о чем нам не говорит,

so we actually clone the whole thing.

и поэтому мы клонировали вирус целиком.

And the viral genome I'm showing you right here?

И вирусный геном я покажу вам прямо сейчас.

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

Это классический гамма ретровирус, но он абсолютно новый;

no one's ever seen it before.

никто раньше его не видел.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Он, действительно, очень близок к мышиному вирусу,

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

и поэтому мы могли бы назвать этот вирус ксенотропным,

because it's infecting a species other than mice.

так как он инфицирует виды организмов, не только мышей.

And this is a little phylogenetic tree

А это маленькое филогенетическое дерево

to see how it's related to other viruses.

показывает его соотношение с другими вирусами.

We've done it for many patients now,

Мы уже сделали это для многих пациентов,

and we can say that they're all independent infections.

и можно сказать, все они инфицированы независимо друг от друга.

They all have the same virus,

У них у всех вирус один и тот же,

but they're different enough that there's reason to believe

но различный настолько, становится очевидным, что

that they've been independently acquired.

они попали в организм пациентов независимо друг от друга.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

И все это есть в ткани? Я окончательно отвечу: да.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Мы взяли срезы биопсийных тканей опухоли

and use material to actually locate the virus,

и использовали этот материал для локализации вируса,

and we find cells here with viral particles in them.

обнаружив в нем клетки с вирусными частицами.

These guys really do have this virus.

У этих людей на самом деле есть данный вирус.

Does this virus cause prostate cancer?

Вызывает ли он рак предстательной железы?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Ничто из мною сказанного не отвечает на этот вопрос. Я не знаю.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Есть ли связь у вируса с онкогенезом? Не знаю.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Может, дело в том, что эти люди более восприимчивы к вирусам?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Может быть. А может, связи между вирусом и раком нет вовсе.

But now it's a door.

Но ведь это зацепка.

We have a strong association between the presence of this virus

Нами доказана сильная связь между присутствием вируса

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

и генетической мутацией, ведущей к раку.

That's where we're at.

Вот к чему мы пришли.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

И я боюсь, наши исследования принесли больше вопросов, чем ответов,

but that's what, you know, science is really good at.

но наука на то и наука, чтобы спрашивать.

This was all done by folks in the lab --

Все эти открытия были сделаны в лаборатории -

I cannot take credit for most of this.

Я не могу вменять большинство из них себе в заслугу.

This is a collaboration between myself and Don.

Это результат моего сотрудничества с Доном.

This is the guy who started the project in my lab,

Этот человек запустил данный проект в моей лаборатории,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

а этот занимался исследованиями предстательной железы.

Thank you very much. (Applause)

Спасибо большое. (Апплодисменты)