Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Tradutor: João Mestre Costa Revisora: Jeff Caponero

How can we investigate

Como é que podemos investigar

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

esta diversidade de vírus que nos rodeiam e ajudar a medicina?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Como podemos transformar o nosso conhecimento acumulado de virologia

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

num instrumento de diagnóstico simples que caiba numa mão?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Quero transformar tudo o que sabemos neste momento sobre detetar vírus

and the spectrum of viruses that are out there

e sobre o espetro de vírus que por aí andam

into, let's say, a small chip.

num pequeno chip.

When we started thinking about this project --

Quando começámos a pensar neste projeto,

how we would make a single diagnostic assay

como construir um instrumento simples de diagnóstico

to screen for all pathogens simultaneously --

para analisar em simultâneo todos os agentes patogénicos,

well, there's some problems with this idea.

surgiram alguns problemas com esta ideia.

First of all, viruses are pretty complex,

Em primeiro lugar, os vírus são bastante complexos,

but they're also evolving very fast.

e também evoluem bastante depressa.

This is a picornavirus.

Isto é um picornavírus.

Picornaviruses -- these are things that include

Os picornavírus incluem a constipação comum e a poliomielite, coisas como estas.

the common cold and polio, things like this.

You're looking at the outside shell of the virus,

Estamos a observar a cápsula exterior do vírus.

and the yellow color here are those parts of the virus

Esta cor amarela aqui são regiões do vírus

that are evolving very, very fast,

que evoluem muito rapidamente,

and the blue parts are not evolving very fast.

e as regiões azuis não evoluem muito depressa.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Quando se tentam fazer reagentes de deteção pan-viral,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

geralmente o maior problema decorre da evolução rápida,

porque como podemos detetar estruturas se elas estão sempre a mudar?

because how can we detect things if they're always changing?

But evolution is a balance:

Mas a evolução é um equilíbrio:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

onde ocorrem mudanças rápidas, também existe ultraconservação,

things that almost never change.

coisas que quase nunca mudam.

And so we looked into this a little more carefully,

Então olhámos para isto um pouco mais atentamente,

and I'm going to show you data now.

e vou mostrar-vos alguns dados.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Isto são coisas que podemos fazer no computador.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Peguei nuns quantos destes pequenos picornavírus,

like the common cold, like polio and so on,

como a constipação comum, a pólio, etc.,

and I just broke them down into small segments.

e quebrei-os em pequenos segmentos.

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

Peguei neste primeiro exemplo, que é chamado de coxsackievírus,

and just break it into small windows.

e parti-o em pequenas aberturas.

And I'm coloring these small windows blue

Estou a colorir essas pequenas aberturas de azul

if another virus shares an identical sequence in its genome

se outro vírus partilhar uma sequência idêntica no seu genoma com a desse vírus.

to that virus.

These sequences right up here --

Estas sequências aqui,

which don't even code for protein, by the way --

que, aliás, nem sequer codificam proteínas,

are almost absolutely identical across all of these,

são praticamente idêntica entre todos estes,

so I could use this sequence as a marker

então posso utilizar esta sequência como um marcador

to detect a wide spectrum of viruses,

para detetar um vasto espetro de vírus,

without having to make something individual.

sem ter que construir algo específico.

Ora bem, aqui existe grande diversidade:

Now, over here there's great diversity:

that's where things are evolving fast.

é onde tudo evolui rapidamente.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Aqui em baixo, observamos uma evolução mais lenta: menor diversidade.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Quando nós aqui chegarmos,

acute bee paralysis virus --

ao vírus da paralisia aguda das abelhas,

probably a bad one to have if you're a bee ---

provavelmente um mau vírus para as abelhas,

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

este vírus não partilha praticamente nenhuma semelhança com o coxsackievírus,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

mas posso garantir-vos que as sequências que são mais conservadas

among these viruses on the right-hand of the screen

entre estes vírus no lado direito do ecrã

are in identical regions right up here.

encontram-se em regiões idênticas aqui.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Então nós podemos encapsular estas regiões de ultraconservação

through evolution -- how these viruses evolved --

através da evolução, como estes vírus evoluíram,

by just choosing DNA elements or RNA elements

escolhendo somente elementos de ADN ou de ARN

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

nestas regiões para representar no nosso chip como reagentes de deteção.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

Foi isso que fizemos, mas como fomos fazer isso?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Durante muito tempo, desde que eu andava na faculdade,

I've been messing around making DNA chips --

tenho andado entretido a construir chips de ADN,

that is, printing DNA on glass.

isto é, a imprimir ADN em vidro.

And that's what you see here:

E é isso que veem aqui, estas pequenas manchas são apenas ADN impresso em vidro,

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

and so I can put thousands of these on our glass chip

e eu posso colocar milhares nos chips de vidro

e utilizá-las como reagentes de deteção.

and use them as a detection reagent.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Levámos o nosso chip à Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

e usámos o microscópio de força atómica num destes pontos,

and this is what you see:

e isto é o que é visível:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

vemos as cadeias de ADN estendidas sobre o vidro.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Então, estamos a imprimir ADN em vidro,

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

pequenas coisas achatadas, que vai servir de marcador para patogénios.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Assim, construí pequenos robôs no laboratório para montar os chips,

and I'm really big on disseminating technology.

e sou um adepto da disseminação da tecnologia.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Se têm dinheiro suficiente para comprar uma Camry,

you can build one of these too,

também podem construir isto.

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

Disponibilizamos um manual de instruções completo na web, gratuitamente,

with basically order-off-the-shelf parts.

basicamente com a indicação das peças a encomendar.

You can build a DNA array machine in your garage.

Podem construir uma máquina de microarranjo de ADN na garagem.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Esta é a secção dos imprescindíveis botões stop de emergência.

(Laughter)

(Risos)

Every important machine's got to have a big red button.

Qualquer máquina importante tem de ter um grande botão vermelho.

But really, it's pretty robust.

Agora a sério, é bastante resistente.

You can actually be making DNA chips in your garage

Podem fazer chips de ADN na garagem,

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

e descodificar alguns programas genéticos rapidamente.

É bastante divertido.

(Laughter)

(Risos)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Este é um projeto muito interessante,

começámos por fazer um chip de vírus respiratórios.

we just started by making a respiratory virus chip.

I talked about that --

Já falei disto?

Uma situação em que se dirigem a uma clínica

you know, that situation where you go into the clinic

and you don't get diagnosed?

e não são diagnosticados?

Pusemos todos os vírus respiratórios humanos num chip

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

e pusemos também o vírus do herpes, por precaução, porque não?

I mean, why not?

The first thing you do as a scientist is,

A primeira coisa a fazer como cientistas é: têm de se certificar que o teste funciona.

you make sure stuff works.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Então fizemos uma cultura de células, infetámo-la com vários vírus,

and infect them with various viruses,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

pegámos na preparação e marcámos por fluorescência o ácido nucleico,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

o material genético que obtivemos dessa cultura celular

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

— sobretudo material viral — e colocámo-lo sobre o chip para ver onde hibridava.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Se as sequências de ADN corresponderem, ficam unidas,

and so we can look at spots.

e depois podemos ir ver os pontos.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Se houver pontos fluorescentes, existe ali um certo vírus.

That's what one of these chips really looks like,

Este é o aspeto de um desses chips.

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

Os pontos vermelhos são um sinal proveniente do vírus.

And each spot represents a different family of virus

Cada ponto representa uma família ou uma espécie diferente de vírus.

or species of virus.

And so, that's a hard way to look at things,

Esta é uma forma complicada de ver o resultado.

so I'm just going to encode things as a little barcode,

Vou codificar a informação como um código de barras,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

agrupado por famílias, para podermos ver o resultado de forma mais intuitiva.

What we did is, we took tissue culture cells

Pegámos em culturas de células de tecido e infetámo-las com adenovírus.

and infected them with adenovirus,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

Vemos este código de barras amarelo próximo do adenovírus.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Do mesmo modo, infetámos com parainfluenza-3 — um paramyxovírus.

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

Vemos um código de barras aqui.

And then we did respiratory syncytial virus.

Depois fizemos o vírus sincicial respiratório.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

É o flagelo dos centros de dia por todo o lado

it's like boogeremia, basically.

— é o "bicho papão".

(Laughter)

(Risos)

You can see that this barcode is the same family,

Vemos que este código de barras é da mesma família,

but it's distinct from parainfluenza-3,

mas é distinto do parainfluenza-3, que vos dá uma má constipação.

which gives you a very bad cold.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Assim obtemos assinaturas únicas, uma impressão digital para cada vírus.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

O pólio e o rino estão ambas na mesma família, perto uma da outra.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rino é a constipação comum.

and you can see that these signatures are distinct.

Verificarmos que estas assinaturas são diferentes.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

O vírus do herpes associado ao sarcoma de Kaposi

gives a nice signature down here.

dá-nos aqui uma bela assinatura.

And so it is not any one stripe or something

Não é uma risca qualquer ou assim

that tells me I have a virus of a particular type here;

que me diz que tenho aqui um vírus de um determinado tipo,

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

é o código de barras que, no seu todo, representa essa informação.

All right, I can see a rhinovirus --

Ok, eu posso ver um rinovírus

— e aqui está ampliado do código de barras do rinovírus —

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

but what about different rhinoviruses?

mas então e diferentes rinovírus?

How do I know which rhinovirus I have?

Como sei que rinovírus tenho?

There're 102 known variants of the common cold,

Há 102 variantes conhecidas da constipação comum,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

e são apenas 102 porque as pessoas fartaram-se de os catalogar:

there are just new ones every year.

surgem novos todos os anos.

And so, here are four different rhinoviruses,

Aqui estão quatro rinovírus diferentes,

and you can see, even with your eye,

e vemos, até a olho nu,

sem qualquer programa especial de reconhecimento

without any fancy computer pattern-matching

recognition software algorithms,

de padrões semelhantes através de algoritmos,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

que é possível distinguir estes códigos de barras uns dos outros.

Now, this is kind of a cheap shot,

Este é uma espécie de exemplo base,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

porque eu sei qual é a sequência genética de todos estes rinovírus,

and I in fact designed the chip

e desenhei o chip, propositadamente, para poder diferenciá-los.

expressly to be able to tell them apart,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

Mas então os rinovírus que nunca viram um sequenciador genético?

Não sabemos qual é a sequência, apenas os obtivemos.

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

So, here are four rhinoviruses

Temos então quatro rinovírus dos quais nunca soubemos nada,

we never knew anything about --

no one's ever sequenced them -- and you can also see

nunca ninguém os sequenciou.

E vemos que obtêm padrões únicos e distinguíveis.

that you get unique and distinguishable patterns.

Podemos imaginar a construção de uma biblioteca, real ou virtual,

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

of fingerprints of essentially every virus.

de impressões digitais de todos os vírus.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Mas isso é, de novo, caçar galinhas na capoeira, percebem?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Temos tecidos em cultura celular: há centenas de vírus.

What about real people?

E então com pessoas a sério?

You can't control real people, as you probably know.

Não podemos controlar pessoas a sério, como devem saber.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Não fazemos ideia do que uma pessoa vai tossir para um copo,

and it's probably really complex, right?

e é decerto muito complexo, não é?

Pode ter inúmeras bactérias, mais do que um vírus,

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

and it certainly has host genetic material.

certamente tem material genético do hospedeiro,

So how do we deal with this?

como lidar com isso?

And how do we do the positive control here?

Como fazemos o controlo positivo nesta situação?

Well, it's pretty simple.

É simples.

That's me, getting a nasal lavage.

Aqui, estou a fazer uma lavagem nasal.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

A ideia é, experimentalmente, inocular pessoas com vírus.

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

A propósito tudo isto é aprovado pelo comité de ética IRB, foram pagos.

And basically we experimentally inoculate people

E basicamente, experimentalmente inoculámos pessoas

com o vírus da constipação comum.

with the common cold virus.

Or, even better, let's just take people

Ou, melhor ainda, fomos diretamente às urgências buscar pessoas

right out of the emergency room --

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

com infeções do trato respiratório, adquiridas na comunidade e indefinidas.

You have no idea what walks in through the door.

Não fazemos ideia do que aparece.

So, let's start off with the positive control first,

Então, vamos começar primeiro pelo controlo positivo,

where we know the person was healthy.

onde sabemos que a pessoa estava saudável.

They got a shot of virus up the nose,

Elas recebem uma dose de vírus pelo nariz, vamos ver o que acontece.

let's see what happens.

Day zero: nothing happening.

Dia 0: nada acontece.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Estão saudáveis, estão limpas, é fantástico.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Pensámos que o trato nasal tivesse vírus, mesmo quando saudáveis.

even when you're walking around healthy.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Está bastante limpo.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Dia 2: surge um padrão consistente com rinovírus,

muito semelhante ao obtido em laboratório

and it's very similar to what we get in the lab

na experiência com tecidos em cultura celular.

doing our tissue culture experiment.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Fantástico, mas de novo, um tiro fácil, não é?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Pusemos uma data de vírus no nariz dele, queríamos que funcionasse.

(Laughter)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

(Risos)

Ele teve mesmo uma constipação.

E então com as pessoas apanhadas na rua?

So, how about the people who walk in off the street?

Temos aqui dois indivíduos anónimos representados por códigos.

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Ambos têm rinovírus. Nunca vimos este padrão no laboratório.

We sequenced part of their viruses;

Sequenciámos partes dos seus vírus.

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

São rinovírus novos que nunca víramos.

As nossas sequências evolucionárias conservadas

Remember, our evolutionary-conserved sequences

we're using on this array allow us to detect

que usamos neste teste permitem-nos detetar

even novel or uncharacterized viruses,

vírus novos e não classificados,

because we pick what is conserved throughout evolution.

porque escolhemos o que é conservado durante a evolução.

Aqui está outro indivíduo. Podem tentar aqui o vosso diagnóstico.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

These different blocks represent

Estes diferentes blocos representam os diferentes vírus

the different viruses in this paramyxovirus family,

na família do paramixovírus.

so you can kind of go down the blocks

Podem percorrer os blocos e ver onde está o sinal.

and see where the signal is.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Não tem cinomose canina, o que é bom sinal.

(Laughter)

(Risos)

But by the time you get to block nine,

Mas quando chegarem ao bloco nove, encontram o vírus sincicial respiratório.

you see that respiratory syncytial virus.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Talvez tenham filhos.

Vemos também o membro familiar relacionado:

the family member that's related: RSVB is showing up here.

o vírus sincicial respiratório aparece aqui.

So, that's great.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Este é outro indivíduo. Recolhemos amostras em dois dias distintos

repeat visits to the clinic.

— visitas repetidas à clínica.

This individual has parainfluenza-1,

Este indivíduo tem parainfluenza-1,

and you can see that there's a little stripe over here

e verificamos que há aqui uma pequena risca

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

para o vírus Sendai: a parainfluenza dos ratos.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

As relações genéticas são muito próximas. É muito interessante.

Então, nós construímos o chip.

So, we built out the chip.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Criámos um chip com todos os vírus conhecidos.

Porque não? Todos os vírus das plantas, dos insetos, os vírus marinhos.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Everything that we could get out of GenBank --

Tudo o que conseguimos descobrir no GenBank,

that is, the national repository of sequences.

ou seja, no repositório nacional de sequências.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Atualmente estamos a utilizar este chip. E para quê?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Primeiro, quando há um grande chip como este,

you need a little bit more informatics,

é preciso mais informática.

so we designed the system to do automatic diagnosis.

Desenhámos um sistema para automatizar o diagnóstico.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

A ideia é termos padrões virtuais,

porque nunca vamos conseguir arranjar amostras de todos os vírus.

because we're never going to get samples of every virus --

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

Seria impossível, mas podemos ter padrões virtuais,

e compará-los com o resultado observado,

and compare them to our observed result --

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

que é uma mistura complexa e nos fornece uma espécie de pontuação

sobre quão provável é isto ser um rinovírus ou algo do género.

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

And this is what this looks like.

E é com isto que se parece.

Se, por exemplo, usámos uma cultura celular

If, for example, you used a cell culture

that's chronically infected with papilloma,

que está cronicamente infetada com papiloma

you get a little computer readout here,

recebemos uma notificação do computador,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

e o nosso algoritmo diz que é provavelmente papiloma tipo 18.

De facto, é com o que estas culturas celulares, em particular,

And that is, in fact, what these particular cell cultures

are chronically infected with.

estão cronicamente infetadas.

So let's do something a little bit harder.

Vamos fazer algo um pouco mais complicado.

We put the beeper in the clinic.

Pusemos o beeper na clínica.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Quando alguém surge e o hospital não sabe o que fazer

because they can't diagnose it, they call us.

não o conseguem diagnosticar, contactam-nos.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Estamos a implementar isto na Bay Area.

And so, this case report happened three weeks ago.

Este caso foi-nos reportado há três semanas.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Temos uma mulher de 28 anos saudável, sem historial de viagens,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

não fuma, não bebe.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

Com febre há 10 dias, suores noturnos, sangue na expetoração

— tem tossido sangue — dores musculares.

she's coughing up blood -- muscle pain.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Dirigiu-se à clínica, deram-lhe antibióticos

e mandaram-na para casa.

and then sent her home.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Voltou após 10 dias de febre, ainda tem febre e está hipóxica

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

— não tem muito oxigénio nos pulmões.

They did a CT scan.

Fizeram uma TAC.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Um pulmão normal é, por regra, escuro e preto aqui.

Esta coloração branca, não é boa.

All this white stuff -- it's not good.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Esta espécie de árvore e vesículas indica que existe inflamação,

there's likely to be infection.

é provável que exista uma infeção.

OK. So, the patient was treated then

Então, a doente foi depois tratada

com um antibiótico cefalosporina de terceira geração e doxiciclina.

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

No terceiro dia, sem se resolver: ela progrediu para falha aguda.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Tiveram que entubá-la, colocaram-lhe um tubo na garganta

e começaram a ventilá-la mecanicamente.

and they began to mechanically ventilate her.

She could no longer breathe for herself.

Não conseguia respirar autonomamente.

What to do next? Don't know.

O que fazer a seguir? Não se sabe.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Mudaram-lhe os antibióticos. Tamiflu.

Tamiflu.

Não é claro porque é que pensaram que ela tinha gripe

It's not clear why they thought she had the flu,

but they switched to Tamiflu.

mas administraram-lhe Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

Ao sexto dia, desistiram.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Só se faz uma biópsia de pulmões abertos quando não há alternativa.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Há uma mortalidade de 8% associada a este procedimento,

and so basically -- and what do they learn from it?

e o que é que se aprende com isso?

You're looking at her open lung biopsy.

Estão a olhar para a biópsia de pulmão aberto.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Não se pode dizer muito a partir disto.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Só podemos dizer que há uma grande inflamação: bronquiolite.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Inconclusivo. Foi o relatório do patologista.

And so, what did they test her for?

Então, a que é que a testaram?

They have their own tests, of course,

Eles tinham os seus testes, claro.

and so they tested her for over 70 different assays,

Testaram-na para mais de 70 ensaios diferentes,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

para todos os tipos de bactérias e fungos e vírus

you can buy off the shelf:

cujos ensaios se podem encomendar:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, metapneumovírus, VIH, RSV — isso tudo.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Todos deram negativos. Testes no valor de mais de 100 000 dólares.

I mean, they went to the max for this woman.

Isto é, foram aos limites por esta mulher.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

Só ao oitavo dia de internamento é que nos contactaram.

They gave us endotracheal aspirate --

Forneceram-nos um aspirado endotraqueal

you know, a little fluid from the throat,

ou seja, um pouco de fluido da garganta,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

do tubo que lá inseriram.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Pusemo-lo no chip; o que vemos? Vemos parainfluenza-4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Mas, que diabo é parainfluenza-4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Ninguém faz testes para parainfluenza-4. Ninguém lhe liga nenhuma.

In fact, it's not even really sequenced that much.

Nem sequer é sequenciada frequentemente.

There's just a little bit of it sequenced.

Só há uma porção sequenciada.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Quase não existe epidemiologia ou estudos sobre ela.

No one would even consider it,

Ninguém ia sequer considerá-la,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

porque ninguém sabia que ela podia causar falha respiratória.

And why is that? Just lore. There's no data --

Porquê? Apenas senso comum.

Não há informação que indique se ela causa doenças moderadas ou graves.

no data to support whether it causes severe or mild disease.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Temos o caso de uma pessoa saudável que está a desfalecer.

OK, that's one case report.

É um caso de estudo.

Vou contar uma última coisa nos últimos dois minutos

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

que ainda não foi publicada — vai ser divulgada amanhã.

É um caso interessante de uma aplicação para este chip

and it's an interesting case of how you might use this chip

to find something new and open a new door.

para encontrar algo novo e abrir uma nova porta.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Cancro da próstata.

Não necessito de dar muitas estatísticas sobre o cancro da próstata.

about prostate cancer. Most of you already know it:

São conhecidas: terceira causa de morte por cancro nos EUA.

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

Lots of risk factors,

Inúmeros fatores de risco,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

mas há uma predisposição genética para o cancro da próstata.

Em cerca de 10% dos cancros da próstata,

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

há indivíduos que apresentam uma predisposição genética.

there are folks that are predisposed to it.

And the first gene that was mapped in association studies

E o primeiro gene que foi mapeado em estudos de associação,

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

para cancro da próstata de ocorrência prematura, foi um gene designado RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

O que é? É uma enzima de defesa antivírica.

So, we're sitting around and thinking,

Então podemos pensar:

porque é que os indivíduos que têm a mutação,

"Why would men who have the mutation --

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

uma deficiência no sistema de defesa antiviral, vão contrair este cancro?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Não faz sentido, a não ser que talvez haja um vírus.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Então, colocámos tumores no nosso chip — e temos agora mais de 100 tumores.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

Sabemos quem tem deficiências em RNASEL e quem não tem.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Estou a mostrar aqui o sinal proveniente do chip,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

e estou a mostrá-lo para o bloco de oligorretrovirais.

O que vos posso dizer sobre o sinal é que

And what I'm telling you here from the signal, is

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

homens com mutações neste sistema de defesa antiviral,

e que têm um tumor, frequentemente têm — 40% das vezes —

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

a signature which reveals a new retrovirus.

uma assinatura que revela um novo retrovírus.

OK, that's pretty wild. What is it?

Isto é bastante misterioso. O que é?

Clonámos o vírus inteiro.

So, we clone the whole virus.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Antes de mais, informo que uma previsão automática avisou-nos

que era bastante semelhante a um vírus de rato.

it was very similar to a mouse virus.

But that doesn't tell us too much,

Mas isso não nos diz muito, por isso acabámos por o clonar todo.

so we actually clone the whole thing.

And the viral genome I'm showing you right here?

O genoma viral que eu estou a mostrar aqui

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

é um clássico gama retrovírus, mas é totalmente novo;

no one's ever seen it before.

nunca ninguém o tinha observado.

Its closest relative is, in fact, from mice,

O seu parente mais próximo é, de facto, de um rato.

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

Por isso podemos designá-lo como um retrovírus xenotrópico,

porque está a infetar outras espécies que não os ratos.

because it's infecting a species other than mice.

And this is a little phylogenetic tree

Isto é uma pequena árvore filogenética

to see how it's related to other viruses.

para vermos como está relacionado com outros vírus.

We've done it for many patients now,

Já o fizemos para muitos doentes

and we can say that they're all independent infections.

e podemos afirmar que são todos infeções independentes.

Todos eles têm o mesmo vírus,

They all have the same virus,

but they're different enough that there's reason to believe

mas são suficientemente distintos para acreditarmos

that they've been independently acquired.

que foram adquiridos de forma independente.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Estará realmente no tecido? Sim.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Tirámos amostras destas biópsias de tecido tumoral

and use material to actually locate the virus,

e usámos material para detetar a localização do vírus,

and we find cells here with viral particles in them.

e encontrámos aqui células com partículas virais.

These guys really do have this virus.

Estas pessoas têm de facto este vírus.

Does this virus cause prostate cancer?

Causará este vírus cancro da próstata?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Nada do que eu disse aqui o implica enquanto causa. Não sei.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Será um fator que condicione oncogénese? Não sei.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Dar-se-á o caso de estes indivíduos serem mais suscetíveis ao vírus?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Pode ser. E até pode não ter nada a ver com o cancro.

But now it's a door.

Mas agora é uma porta.

We have a strong association between the presence of this virus

Temos uma forte associação entre a presença deste vírus

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

e a mutação genética que tem estado associada ao cancro.

That's where we're at.

É onde nós estamos.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Tudo isto levanta mais perguntas do que respostas.

Mas, como sabem, é nisso que a ciência é boa.

but that's what, you know, science is really good at.

This was all done by folks in the lab --

Foi tudo feito por colegas no laboratório,

I cannot take credit for most of this.

não é mérito só meu, é fruto da colaboração entre mim e o Don.

This is a collaboration between myself and Don.

This is the guy who started the project in my lab,

Este iniciou o projeto no meu laboratório,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

e este tem andado a investigar a próstata.

Thank you very much. (Applause)

Muito obrigado a todos.