Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Traducător: Madalina Dinita Corector: Magda Marcu

How can we investigate

Cum putem investiga

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

flora de virusuri care ne înconjoară și să ajutăm medicina?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Cum putem transforma cunoștințele noastre de virusologie

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

într-un singur test simplu, portabil pentru stabilirea diagnosticului ?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Vreau să transform tot ce știm despre detectarea virusurilor

and the spectrum of viruses that are out there

și despre spectrul de virusuri care există

into, let's say, a small chip.

într-un mic cip.

When we started thinking about this project --

Când am început să ne gândim la acest proiect -

how we would make a single diagnostic assay

cum să facem un test unic de diagnosticare

to screen for all pathogens simultaneously --

pentru a analiza toți agenții patogeni simultan -

well, there's some problems with this idea.

am văzut că există niște probleme.

First of all, viruses are pretty complex,

În primul rând, virusurile sunt destul de complexe,

but they're also evolving very fast.

și evoluează foarte repede.

This is a picornavirus.

Acesta este un picornavirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Picornavirusurile provoacă

the common cold and polio, things like this.

gripa comună și poliomielita, boli precum acestea.

You're looking at the outside shell of the virus,

Acum priviți partea exterioară a virusului,

and the yellow color here are those parts of the virus

unde culoarea galbenă constituie acele părți ale virusului

that are evolving very, very fast,

care se dezvoltă foarte, foarte repede,

and the blue parts are not evolving very fast.

iar părțile albastre nu se dezvoltă foarte rapid.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Când oamenii creează reactivi care să detecteze toate virusurile,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

de obicei, capacitatea lor de a se dezvolta rapid e o problemă,

because how can we detect things if they're always changing?

cum putem detecta lucruri care se schimbă mereu?

But evolution is a balance:

Dar evoluția înseamnă echilibru:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

unde există schimbări rapide, există și ultra-conservare -

things that almost never change.

lucruri care nu se schimbă aproape niciodată.

And so we looked into this a little more carefully,

Am analizat acest lucru cu mai multă atenție,

and I'm going to show you data now.

și o să vă arăt concluziile.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Poți face asta de acasă, cu ajutorul unui computer.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Am luat câteva picornavirusuri,

like the common cold, like polio and so on,

care provoacă gripa comună, poliomielita etc.

and I just broke them down into small segments.

și le-am separat în segmente mici;

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

am luat primul virus, virusul Coxsackie

and just break it into small windows.

și l-am separat în mici segmente.

And I'm coloring these small windows blue

Colorez aceste segmente mici în albastru

if another virus shares an identical sequence in its genome

dacă alt virus are o secvența din genom identică

to that virus.

cu virusul respectiv.

These sequences right up here --

Aceste secvențe de sus -

which don't even code for protein, by the way --

care nici nu codifică proteine -

are almost absolutely identical across all of these,

sunt aproape identice la toate aceste virusuri,

so I could use this sequence as a marker

deci aș putea folosi această secvență ca un marker

to detect a wide spectrum of viruses,

pentru a detecta un spectru larg de virusuri,

without having to make something individual.

fără să fie nevoie să creez un marker pentru fiecare virus.

Now, over here there's great diversity:

În partea asta, diversitatea e mare:

that's where things are evolving fast.

lucrurile evoluează rapid aici.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

În partea de jos, evoluția e mai lentă, diversitatea mai redusă.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Până ajungem aici,

acute bee paralysis virus --

la virusul paraliziei acute la albine -

probably a bad one to have if you're a bee ---

probabil că nu te simți bine, ca albină, dacă îl ai -

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

nu e aproape nicio asemănare între acest virus și virusul Coxsackie,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

dar vă garantez că secvențele conservate cel mai bine

among these viruses on the right-hand of the screen

printre aceste virusuri din partea dreaptă a ecranului

are in identical regions right up here.

se află în regiunile identice de aici, de sus.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Putem încapsula aceste regiuni de ultraconservare

through evolution -- how these viruses evolved --

de-a lungul evoluției

by just choosing DNA elements or RNA elements

alegând elementele de ADN sau ARN

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

din aceste regiuni pentru a crea reactivi de detecție pe cipurile noastre.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

Asta am făcut, dar cum punem acest lucru în practică?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Multă vreme, când eram doctorand,

I've been messing around making DNA chips --

m-am jucat încercând să creez cipuri ADN -

that is, printing DNA on glass.

prin imprimarea ADN-ului pe sticlă.

And that's what you see here:

Asta e ce vedeți aici:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

aceste puncte mici constituie ADN lipit pe sticlă,

and so I can put thousands of these on our glass chip

pot să pun mii de astfel de puncte pe cipul nostru de sticlă

and use them as a detection reagent.

și să le folosesc drept reactivi de detecție.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Am dus cipul la Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

și am analizat un astfel de punct cu microscopul atomic

and this is what you see:

și asta e ce se vede:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

puteți vedea fragmentele de ADN de pe sticlă.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Deci, copiem ADN-ul pe sticlă -

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

firișoarele acelea - și ele vor fi markerii pentru agenții patogeni.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Creez roboți mici în laborator pentru a face aceste cipuri

and I'm really big on disseminating technology.

și chiar vreau să răspândesc tehnologia.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Dacă ai suficienți bani să cumperi un Camry,

you can build one of these too,

poți și tu să construiești un astfel de robot,

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

am pus un manual detaliat, gratuit pe internet,

with basically order-off-the-shelf parts.

cumperi componente gata făcute -

You can build a DNA array machine in your garage.

și îți construiești un aparat de detectare a ADN-ului în garaj.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Iată secțiunea despre importantul întrerupător de urgență.

(Laughter)

(Râsete)

Every important machine's got to have a big red button.

Fiecare mașină importantă are un buton mare, roșu.

But really, it's pretty robust.

De fapt, e destul de simplu.

You can actually be making DNA chips in your garage

Poți să faci cipuri ADN în garaj

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

și să decodezi câteva programe genetice destul de rapid. E distractiv.

(Laughter)

(Râsete)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Ce am făcut noi - chiar e un proiect interesant -

we just started by making a respiratory virus chip.

am început prin a face un cip cu virusurile sistemului respirator.

I talked about that --

Am vorbit despre asta -

you know, that situation where you go into the clinic

e acea situație în care te duci într-o clinică

and you don't get diagnosed?

și nu ești diagnosticat.

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Punem toate virusurile sistemului respirator

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

pe un cip și mai adăugăm virusul herpesului ca să fim siguri -

I mean, why not?

adică, de ce nu?

The first thing you do as a scientist is,

Primul lucru pe care îl faci ca om de știință

you make sure stuff works.

e să te asiguri că lucrurile funcționează.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Asta am făcut, am luat celule din culturile celulare

and infect them with various viruses,

și le-am infectat cu diverse virusuri,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

apoi am colorat acidul nucleic cu material fluorescent,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

materialul genetic care rezultă din aceste celule de cultură -

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

majoritatea material viral - și le-am pus pe lamelă să vedem unde se lipesc.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Dacă secvențele ADN se potrivesc, ele se vor lipi

and so we can look at spots.

și astfel ne putem uita la acele puncte.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Dacă punctele se luminează, știm că acolo e un virus.

That's what one of these chips really looks like,

Cam așa arată un astfel de cip

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

și punctele roșii sunt semnale care provin de la virus.

And each spot represents a different family of virus

Fiecare punct reprezintă o familie diferită de virusuri,

or species of virus.

de specii de virusuri.

And so, that's a hard way to look at things,

Informația se înțelege greu în acest mod,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

așa că o voi înregistra sub forma unui cod de bare,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

grupat pe familii, ca să vedeți rezultatul într-un mod foarte intuitiv.

What we did is, we took tissue culture cells

Am prelevat probe de culturi celulare

and infected them with adenovirus,

și le-am infectat cu un adenovirus

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

și puteți vedea acest mic cod de bare galben lângă adenovirus.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Le-am infectat și cu virusul paragripei de tip 3 -

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

e un paramixovirus - iată un mic cod de bare aici.

And then we did respiratory syncytial virus.

Apoi am folosit virusul respirator sincitial,

That's the scourge of daycare centers everywhere --

marea problemă a creșelor de peste tot -

it's like boogeremia, basically.

în principiu, e ca boala mucusului nazal.

(Laughter)

(Râsete)

You can see that this barcode is the same family,

Puteți vedea că acest cod de bare aparține aceleiași familii,

but it's distinct from parainfluenza-3,

dar e diferit de paragripa 3,

which gives you a very bad cold.

care provoacă o răceală foarte puternică.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Avem urme unice, o amprentă pentru fiecare virus.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Virusurile poliomielitei și rinoreei: sunt din aceeași familie, sunt foarte asemănătoare.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rinoreea este răceala comună și știți ce e poliomielita;

and you can see that these signatures are distinct.

vedeți că aceste amprente sunt distincte.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

Și virusul herpesului asociat cu sarcomul lui Kaposi

gives a nice signature down here.

lasă o amprentă clară aici, în partea de jos.

And so it is not any one stripe or something

Deci, nu o singură dungă sau alt lucru

that tells me I have a virus of a particular type here;

îmi spune că am de-a face cu un virus anume;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

codul de bare reprezintă, în ansamblul său, întregul virus.

All right, I can see a rhinovirus --

Ok, pot vedea virusul rinoreei -

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

iată aici imaginea mărită a codului pentru virusul rinoreei -

but what about different rhinoviruses?

dar cum rămâne cu diferitele rinovirusuri ?

How do I know which rhinovirus I have?

De unde știu despre ce rinovirus e vorba?

There're 102 known variants of the common cold,

Există 102 tipuri de gripă comună,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

sunt doar 102 fiindcă oamenii se plictisesc adunându-le:

there are just new ones every year.

în fiecare an apar tipuri noi.

And so, here are four different rhinoviruses,

Aici sunt patru rinovirusuri diferite

and you can see, even with your eye,

și puteți vedea cu ochiul liber

without any fancy computer pattern-matching

fără vreun program sofisticat de recunoaștere,

recognition software algorithms,

fără softuri cu algoritmi de recunoaștere,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

că puteți distinge aceste coduri de bare, unele de altele.

Now, this is kind of a cheap shot,

Nu prea joc corect

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

fiindcă știu care e secvența genetică a acestor rinovirusuri

and I in fact designed the chip

și am proiectat cipul

expressly to be able to tell them apart,

special pentru a fi capabil să le deosebească,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

dar ce facem cu rinovirusurile care nu au fost analizate de un secvențiator genetic?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Nu le cunoaștem secvența; tocmai le-am izolat.

So, here are four rhinoviruses

Aici sunt patru rinovirusuri

we never knew anything about --

despre care nu știam nimic -

no one's ever sequenced them -- and you can also see

nu le-a analizat nimeni secvența - și puteți vedea

that you get unique and distinguishable patterns.

că există tipare unice, distincte.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

E ca și cum ai construi o bibliotecă, reală sau virtuală,

of fingerprints of essentially every virus.

cu amprentele fiecărui virus.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Dar iar, e prea ușor, nu?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Gândiți-vă la culturile celulare: au o tonă de virusuri.

What about real people?

Ce se întâmplă în cazul oamenilor?

You can't control real people, as you probably know.

Nu poți controla oamenii, după cum știți probabil.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Nu știi ce virusuri se transmit pe o cană prin tuse,

and it's probably really complex, right?

probabil e un lucru complex, nu?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

S-ar putea să fie multe bacterii, mai multe virusuri,

and it certainly has host genetic material.

care au cu siguranță material genetic.

So how do we deal with this?

Ce facem acum?

And how do we do the positive control here?

Cum realizăm un control pozitiv în acest caz?

Well, it's pretty simple.

E destul de simplu.

That's me, getting a nasal lavage.

Ăsta-s eu, în timp de mi se fac spălături nazale.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Ideea e ca oamenii să fie inoculați experimental cu un virus

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

pentru ca noi - apropo, Comisa de etică și-a dat acordul. Au primit bani.

And basically we experimentally inoculate people

În principiu, inoculăm oamenii

with the common cold virus.

cu virusul gripei comune.

Or, even better, let's just take people

Sau și mai bine, luăm oamenii

right out of the emergency room --

chiar de la Urgențe -

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

cu infecții necunoscute ale tractului respirator luate în comunitate.

You have no idea what walks in through the door.

Habar nu aveți ce intră pe ușă.

So, let's start off with the positive control first,

Hai să începem cu un control pozitiv,

where we know the person was healthy.

unde știm că persoana a fost sănătoasă.

They got a shot of virus up the nose,

Li se inoculează virusul pe nas,

let's see what happens.

să vedem ce li se întâmplă.

Day zero: nothing happening.

Prima zi: nu se întâmplă nimic.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Sunt sănătoși, nu sunt afectați. E uimitor.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Am crezut că tractul nazal va fi plin de virusuri

even when you're walking around healthy.

chiar și când ești sănătos.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

E destul de curat. Ești sănătos.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Ziua doi: obținem o mostră foarte clară de rinovirus,

and it's very similar to what we get in the lab

e foarte similar cu ceea ce obținem în laborator

doing our tissue culture experiment.

în experimentele pe culturi celulare.

So that's great, but again, cheap shot, right?

E minunat, dar am cam trișat iar, nu?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Introducem o tonă de virusuri pe nasul acestui tip.

(Laughter)

(Râsete)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

Vreau să spun că am vrut să meargă. Tipul chiar a răcit.

So, how about the people who walk in off the street?

Cum rămâne cu oamenii care vin de afară, de pe stradă?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Iată doi indivizi reprezentați de codurile lor ADN anonime.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Ambii au rinovirusuri; nu am văzut niciodată acest tip de virusuri în laborator.

We sequenced part of their viruses;

Am creat secvențe cu unele părți din virusurile lor;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

sunt rinovirusuri noi, nimeni nu le-a mai văzut.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Amintiți-vă secvențele păstrate de evoluție

we're using on this array allow us to detect

pe care le folosim în acest algoritm ne permit să detectăm

even novel or uncharacterized viruses,

chiar și virusurile noi, necunoscute,

because we pick what is conserved throughout evolution.

pentru că izolăm ceea ce s-a păstrat de-a lungul evoluției.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Iată alt tip. Aici puteți să vă jucați de-a găsitul diagnosticului.

These different blocks represent

Aceste blocuri diferite reprezintă

the different viruses in this paramyxovirus family,

diversele virusuri din familia paramixovirusurilor,

so you can kind of go down the blocks

deci, poți merge în jos

and see where the signal is.

să vedeți unde e semnalul.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Nu are jigodie; probabil e de bine.

(Laughter)

(Râsete)

But by the time you get to block nine,

Dar până ajungi la blocul nouă,

you see that respiratory syncytial virus.

vezi virusul respirator sincitial.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Poate că au copii. Și apoi vezi și subgrupa

the family member that's related: RSVB is showing up here.

familiei cu care e înrudit: e VRS de tip B.

So, that's great.

E minunat, deci.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Iată alt pacient căruia i-am luat mostre în două zile diferite -

repeat visits to the clinic.

vizite repetate la clinică.

This individual has parainfluenza-1,

Acest individ are paragripă de tip 1,

and you can see that there's a little stripe over here

vedeți o mică bandă aici

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

de la virusul Sendai: asta e paragripa la șoareci.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

Legăturile genetice sunt foarte apropiate aici. E distractiv.

So, we built out the chip.

Deci, am construit cipul.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Am făcut un cip care conține toate virusurile descoperite vreodată.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

De ce nu? Toate virusurile plantelor, ale insectelor, toate virusurile marine.

Everything that we could get out of GenBank --

Orice am putut scoate de la Banca de Gene,

that is, the national repository of sequences.

locul unde sunt stocate secvențele la nivel național.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Acum folosim acest cip. Și pentru ce îl folosim?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

În primul rând, când ai un cip atât de mare,

you need a little bit more informatics,

ai nevoie de mai multe cunoștințe informatice,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

așa că am proiectat sistemul pentru a diagnostica automat.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

Ideea este că avem modele virtuale -

because we're never going to get samples of every virus --

fiindcă nu vom avea niciodată mostre din fiecare virus;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

ar fi practic imposibil. Dar putem obține modele virtuale,

and compare them to our observed result --

și le putem compara cu rezultatele observate,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

e o muncă foarte complexă, și putem obține un fel de statistică

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

despre cât e de probabil ca acela să fie un rinovirus sau altceva.

And this is what this looks like.

Cam așa arată.

If, for example, you used a cell culture

Dacă foloseai culturi celulare

that's chronically infected with papilloma,

infectate cronic cu virusul papiloma,

you get a little computer readout here,

atunci obții o analiză făcută de computer,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

iar algoritmul spune că probabil e papiloma tipul 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

Într-adevăr, culturile celulare sunt infectate

are chronically infected with.

cronic cu acest virus.

So let's do something a little bit harder.

Haideți să facem ceva mai complicat.

We put the beeper in the clinic.

Punem pagerul în clinică.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Când vine cineva și cei de la spital nu știu ce să facă,

because they can't diagnose it, they call us.

fiindcă nu pot stabili diagnosticul, atunci ne cheamă pe noi.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Asta e ideea și pregătim acest lucru în Bay Area.

And so, this case report happened three weeks ago.

Acest caz a venit în urmă cu trei săptămâni.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Avem o femeie de 28 de ani, care nu a călătorit,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

nu fumează, nu bea.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

Timp de 10 zile a avut febră, transpirații nocturne, spută cu sânge -

she's coughing up blood -- muscle pain.

expectorează sânge - are dureri musculare.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

A venit la clinică și i-au dat antibiotice,

and then sent her home.

apoi au trimis-o acasă.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

A revenit după 10 zile - incă mai avea febră -

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

era hipoxică - nu avea suficient oxigen în plămâni.

They did a CT scan.

I-au făcut o tomografie.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Un plămân normal are o culoare întunecată și neagră aici.

All this white stuff -- it's not good.

Toată partea asta albă - nu e de bine.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Această formă de copac indică prezența unei inflamații;

there's likely to be infection.

e probabil să fie o infecție.

OK. So, the patient was treated then

OK, pacienta a fost tratată

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

cu antibiotice cefalosporinice de a treia generație și doxaciclină,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

după trei zile - niciun efect. Starea s-a înrăutățit, avea insuficiență respiratorie acută.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

A trebuit să fie intubată, i-au băgat un tub în gât

and they began to mechanically ventilate her.

și au început să o ventileze mecanic.

She could no longer breathe for herself.

Nu mai putea respira singură.

What to do next? Don't know.

Ce era de făcut? Nu știu.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Să schimbe antibioticele, așa că i-au dat altele

Tamiflu.

și Tamiflu -

It's not clear why they thought she had the flu,

nu e clar de ce au crezut că avea gripă -

but they switched to Tamiflu.

dar au trecut pe Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

Și în ziua a șasea, practic au renunțat.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Faci o biopsie pe plămân deschis când nu mai ai altă opțiune.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Procedura în sine implică un risc de deces de 8%.

and so basically -- and what do they learn from it?

Deci, ce au învățat din acest lucru?

You're looking at her open lung biopsy.

Vă uitați la biopsia ei pe plămân deschis.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Nu sunt patolog, dar nu poți extrage multe informații de aici.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Tot ce vezi e o inflamație majoră: bronșiolită.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Cauza necunoscută: așa spune raportul patologului.

And so, what did they test her for?

Atunci pentru ce au testat-o?

They have their own tests, of course,

Ei au propriile lor teste, bineînțeles,

and so they tested her for over 70 different assays,

așa că i-au făcut peste 70 de teste

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

pentru toate bacteriile, ciupercile și infecțiile virale,

you can buy off the shelf:

teste pe care le poți cumpăra:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

pentru SARS, metapneumovirusuri, HIV, VRS - toate astea.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Rezultatele au fost negative. Testele au costat peste 100.000 de dolari.

I mean, they went to the max for this woman.

Au făcut tot ce au putut pentru ea.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

Și ne-au sunat în cea de-a opta zi de spitalizare.

They gave us endotracheal aspirate --

Ne-au dat secreții endotraheale -

you know, a little fluid from the throat,

probe de fluid din gât,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

din tubul pe care i l-au pus în gât.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

L-am pus pe cip. Și ce vedem? Vedem paragripa de tip 4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Ce naiba e paragripa de tip 4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Nimeni nu face teste pentru paragripa de tip 4.

In fact, it's not even really sequenced that much.

De fapt, nici nu este împărțită clar pe secvențe.

There's just a little bit of it sequenced.

Doar o parte a fost împărțită pe secvențe.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Nu există aproape niciun studiu epidemiologic asupra ei.

No one would even consider it,

Nimeni nu ar lua-o nici măcar în calcul

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

fiindcă nimeni nu bănuia că poate provoca insuficiență respiratorie.

And why is that? Just lore. There's no data --

De ce? Din cauza cunoștințelor. Nu există informații

no data to support whether it causes severe or mild disease.

care să dovedească că provoacă boli grave sau ușoare.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Dar e clar, avem o persoană sănătoasă a cărei stare se înrăutățește.

OK, that's one case report.

Ok, acesta este un caz.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

În următoarele două minute vă voi spune un ultim lucru,

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

care nu este publicat - va ieși mâine -

and it's an interesting case of how you might use this chip

e un exemplu interesant despre cum poți folosi cipul

to find something new and open a new door.

pentru a găsi ceva nou și a deschide o ușă nouă.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Cancerul de prostată. Nu trebuie să vă prezint multe statistici

about prostate cancer. Most of you already know it:

despre cancerul de prostată. Majoritatea știți deja:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

locul trei în topul deceselor cauzate de cancer în SUA.

Lots of risk factors,

Sunt mulți factori de risc,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

dar există o predispoziție genetică să dezvolți cancerul de prostată.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

În aproape 10% din cazurile de cancer de prostată,

there are folks that are predisposed to it.

oamenii sunt predispuși să îl dezvolte.

And the first gene that was mapped in association studies

Prima genă identificată în studii comune în acest scop,

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

care declanșează cancerul de prostată se numește RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Ce e asta? E o enzimă pentru apărarea antivirală.

So, we're sitting around and thinking,

Stăteam și ne gândeam:

"Why would men who have the mutation --

de ce bărbații care au o mutație,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

un defect în sistemul de apărare antivirală, ar dezvolta cancer la prostată?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Nu are sens, doar dacă există un virus.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Deci, punem tumori - acum avem peste 100 de tumori - pe cipul nostru.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

Și știm cine are mutații în RNASEL și cine nu.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Vă arăt semnalul de la cip aici

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

și vi-l arăt pentru blocul oligoelementelor retrovirale.

And what I'm telling you here from the signal, is

Ce vă pot spune analizând semnalul e că

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

bărbații care au o mutație în această enzimă de apărare antivirală

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

și care au o tumoare, au adesea - în 40% din cazuri -

a signature which reveals a new retrovirus.

o semnătură care arată prezența unui nou retrovirus.

OK, that's pretty wild. What is it?

Ok, e destul de ciudat. Despre ce e vorba?

So, we clone the whole virus.

Clonăm întregul virus.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

În primul rând, o analiză pe calculator ne-a arătat că

it was very similar to a mouse virus.

era foarte similar cu virusul la șoareci.

But that doesn't tell us too much,

Asta nu ne spune prea multe,

so we actually clone the whole thing.

deci clonăm totul.

And the viral genome I'm showing you right here?

Și genomul viral pe care vi-l arăt aici?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

E un retrovirus clasic de tipul gama, dar e complet nou;

no one's ever seen it before.

nimeni nu l-a mai întâlnit.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Ruda sa cea mai apropiată se găsește la șoareci

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

și așa l-am numit retrovirusul xenotropic,

because it's infecting a species other than mice.

pentru că afectează o altă specie decât șoarecii.

And this is a little phylogenetic tree

Asta e un mic arbore filogenetic

to see how it's related to other viruses.

ca să vedem cum se înrudește cu alte virusuri.

We've done it for many patients now,

L-am aplicat multor pacienți deja

and we can say that they're all independent infections.

și putem spune că toate infecțiile sunt independente.

They all have the same virus,

Toate au același virus,

but they're different enough that there's reason to believe

dar sunt suficient de diferite pentru a crede că

that they've been independently acquired.

au fost dobândite în mod independent.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Virusul chiar e în țesut? Voi termina după asta. Da.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Luăm bucăți din aceste biopsii de țesut tumoral

and use material to actually locate the virus,

și folosim materialul pentru a localiza virusul

and we find cells here with viral particles in them.

și găsim aici celule care au particule virale în ele.

These guys really do have this virus.

Acești tipi chiar poartă virusul.

Does this virus cause prostate cancer?

Acest virus cauzează cancerul de prostată?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Nimic din ce spun aici nu implică cauzalitatea. Nu știu.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Are legătură cu oncogeneza? Nu știu.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Oare acești tipi sunt mai predispuși să contracteze virusuri?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

S-ar putea. Și s-ar putea ca asta să nu aibă deloc de-a face cu cancerul.

But now it's a door.

Dar acum avem o ipoteză.

We have a strong association between the presence of this virus

E o legătură puternică între prezența acestui virus

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

și o mutație genetică care a fost legată de cancer.

That's where we're at.

În stagiul acesta ne aflăm.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Mi-e teamă că avem mai multe întrebări decât răspunsuri,

but that's what, you know, science is really good at.

dar știința chiar se pricepe la asta.

This was all done by folks in the lab --

Totul e posibil datorită oamenilor din laborator;

I cannot take credit for most of this.

nu îmi pot asuma meritul pentru tot.

This is a collaboration between myself and Don.

E o colaborare între mine și Don.

This is the guy who started the project in my lab,

El e tipul care a început proiectul în laboratorul meu

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

și care s-a ocupat de studiul despre prostată.

Thank you very much. (Applause)

Vă mulțumesc!