Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Translator: MaYoMo com Reviewer: Anton Hikov

How can we investigate

Как можем да проучваме

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

тази флора от вируси, която ни заобикаля, и да подпомагаме медицината?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Как можем да превърнем натрупаните си познания по вирология

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

в един-единствен, подръчен диагностичен анализ?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Искам веднага да превърна всичко, което знаем за откриването на вируси

and the spectrum of viruses that are out there

и за спектъра от съществуващи вируси

into, let's say, a small chip.

в, да кажем, един малък чип.

When we started thinking about this project --

Когато започнахме да мислим за този проект...

how we would make a single diagnostic assay

как бихме направили един-единствен диагностичен анализ

to screen for all pathogens simultaneously --

за пресяване за всички патогени едновременно...

well, there's some problems with this idea.

ами, с тази идея има няколко проблема.

First of all, viruses are pretty complex,

Първо, вирусите са доста сложни,

but they're also evolving very fast.

а също така еволюират много бързо.

This is a picornavirus.

Това е пикорнавирус.

Picornaviruses -- these are things that include

Пикорнавирусите... те включват

the common cold and polio, things like this.

обикновената настинка, полиомиелита и подобни неща.

You're looking at the outside shell of the virus,

Гледаш външната черупка на вируса -

and the yellow color here are those parts of the virus

жълтият цвят тук са онези части от вируса,

that are evolving very, very fast,

които еволюират много, много бързо,

and the blue parts are not evolving very fast.

а сините части не еволюират много бързо.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Когато хората мислят за създаване на реагенти за пан-вирално откриване,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

обикновено бързото развитие е проблем,

because how can we detect things if they're always changing?

защото как може да откриваме нещо, ако то постоянно се променя?

But evolution is a balance:

Но еволюцията е баланс:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

когато има бърза промяна, има също и ултра-консервация -

things that almost never change.

неща, които почти никога не се променят.

And so we looked into this a little more carefully,

И така, разгледахме това малко по-внимателно,

and I'm going to show you data now.

и сега ще ви покажа данни.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Това са просто някои неща, които може да направите на компютъра в къщи.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Взех куп от тези малки пикорнавируси

like the common cold, like polio and so on,

като обикновената настинка, полиомиелита и така нататък,

and I just broke them down into small segments.

просто ги разбих на малки сегменти,

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

така направих този пръв пример, наречен Коксакивирус

and just break it into small windows.

и просто го разбих на малки прозорци.

And I'm coloring these small windows blue

Оцветявам тези малки прозорци в синьо,

if another virus shares an identical sequence in its genome

ако друг вирус споделя идентична секвенция в генома си

to that virus.

с този вирус.

These sequences right up here --

Тези секвенции тук горе...

which don't even code for protein, by the way --

които дори не са код за протеин, между другото...

are almost absolutely identical across all of these,

са почти абсолютно идентични при всички тези,

so I could use this sequence as a marker

така че бих могъл да използвам тази секвенция като маркер

to detect a wide spectrum of viruses,

за откриване на широк спектър от вируси,

without having to make something individual.

без да се налага да правя нещо индивидуално.

Now, over here there's great diversity:

А тук има огромно разнообразие:

that's where things are evolving fast.

ето къде нещата се равиват бързо.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Тук долу виждате по-бавната еволюция: по-малко разнообразие.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Докато стигнем тук навън до, да кажем,

acute bee paralysis virus --

вируса на острата пчелна парализа...

probably a bad one to have if you're a bee ---

вероятно е много зле да го пипнеш, ако си пчела...

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

този вирус няма почти никакви сходства с коксакиевирус,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

но мога да ви гарантирам, че секвенциите, най-много запазени

among these viruses on the right-hand of the screen

сред тези вируси от дясната страна на екрана

are in identical regions right up here.

са в идентични региони тук горе.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

И така можем да капсулираме тези региони на ултра-консервация

through evolution -- how these viruses evolved --

чрез еволюция... как са еволюирали тези вируси...

by just choosing DNA elements or RNA elements

просто като изберем ДНК елементи или РНК елементи

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

в тези региони, които да представим на нашия чип като реагенти за откриване.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

Ето какво направихме, но как да го сторим?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Ами, от дълго време, откакто бях в университета

I've been messing around making DNA chips --

бърникам и правя ДНК чипове...

that is, printing DNA on glass.

тоест, отпечатвам ДНК върху стъкло.

And that's what you see here:

Ето какво виждате тук:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

тези малки солени петна са просто ДНК, прикрепена на стъкло,

and so I can put thousands of these on our glass chip

така че мога да сложа хиляди такива на нашия стъклен чип

and use them as a detection reagent.

и да ги използвам като реагент за откриване.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Отнесохме нашия чип в "Хюлет-Пакард",

and used their atomic force microscope on one of these spots,

разгледахме едно от тези петна с техния атомно захранван микроскоп

and this is what you see:

и ето какво виждате:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

всъщност виждате нишките ДНК, легнали на стъклото тук.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Онова, което правим, е просто да отпечатваме ДНК върху стъкло...

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

малки плоски неща... и това ще са маркери за патогени.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

Така, правя малки роботи в лабораторията, които да правят тези чипове

and I'm really big on disseminating technology.

и наистина ме бива в разпространението на технология.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Ако имате достатъчно пари да купите само едно "Камри",

you can build one of these too,

и вие може да изградите едно от тези

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

и затова поставяме задълбочен наръчник в мрежата, напълно безплатно,

with basically order-off-the-shelf parts.

по същество с широко достъпни части...

You can build a DNA array machine in your garage.

може да изградите машина за анализ на ДНК в гаража си.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Ето частта за изключително важния стоп превключвател.

(Laughter)

(Смях)

Every important machine's got to have a big red button.

Всяка важна машина трябва да има едно голямо червено копче.

But really, it's pretty robust.

Но всъщност е доста яка.

You can actually be making DNA chips in your garage

Всъщност може да правите ДНК чипове в гаража си

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

и да декодирате някои генетични програми доста бързо. Много е забавно.

(Laughter)

(Смях)

And so what we did -- and this is a really cool project --

И така, онова, което правихме... наистина страхотен проект...

we just started by making a respiratory virus chip.

започнахме просто като направихме чип за дихателни вируси.

I talked about that --

Говорих за това...

you know, that situation where you go into the clinic

разбирате ли, ситуацията, при която влизаш в клиниката

and you don't get diagnosed?

и не ти поставят диагноза?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Е, по същество просто поставяме всички човешки дихателни вируси

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

на един чип, а включихме и вируса на херпес за цвят...

I mean, why not?

искам да кажа, защо не?

The first thing you do as a scientist is,

Първото, което правиш като учен е,

you make sure stuff works.

трябва да се увериш, че това нещо работи.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Затова просто взехме клетки от тъканни култури

and infect them with various viruses,

и ги заразихме с различни вируси,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

взехме материала и сложихме флуоресцентни етикети на нуклеиновата киселина,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

генетичния материал, който излиза от тези клетки от тъканни култури...

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

най-вече вирусен материал... и го сложихме върху анализа, за да видим къде ще прилегне.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Ако ДНК секвенциите съвпаднат, ще прилепнат заедно,

and so we can look at spots.

затова можем да гледаме петната.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Ако петната светнат, знаем, че там вътре има определен вирус.

That's what one of these chips really looks like,

Ето как изглежда един от тези чипове,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

а тези червени петна всъщност са сигнал, идващ от вируса.

And each spot represents a different family of virus

Всяко петно представлява различно семейство вирус

or species of virus.

или видове вирус.

And so, that's a hard way to look at things,

Това е труден начин да се разглеждат нещата,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

затова просто ще кодирам нещата като малък баркод,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

групирани по семейство, така че да може да видите резултатите по много интуитивен начин.

What we did is, we took tissue culture cells

Онова, което направихме беше да вземем клетки от тъканни култури

and infected them with adenovirus,

и да ги заразим с аденовирус,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

и виждате този малък жълт баркод до аденовирус.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Подобно заразихме с параинфлуенца-3...

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

това е парамиксовирус... и виждате малък баркод тук.

And then we did respiratory syncytial virus.

А после направихме дихателен синкитиален вирус.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

Това е бичът на всички детски градини...

it's like boogeremia, basically.

по същество прилича на бугеремия.

(Laughter)

(Смях)

You can see that this barcode is the same family,

Виждате... виждате, че този баркод е в същото семейство,

but it's distinct from parainfluenza-3,

но е различен от параинфлуенца-3,

which gives you a very bad cold.

която причинява много лоша настинка.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Така че получаваме уникални сигнатури, пръстов отпечатък за всеки вирус.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Полио и рино: те са в едно и също семейство, много близки един до друг.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Рино е обикновената настинка, а всички знаете какво е полиомиелит,

and you can see that these signatures are distinct.

и виждате, че тези сигнатури са различни.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

А свързаният със саркомата на Капоши херпесен вирус

gives a nice signature down here.

дава хубава сигнатура тук долу.

And so it is not any one stripe or something

И така, няма една ивица или нещо такова,

that tells me I have a virus of a particular type here;

което да показва, че имам определен тип вирус тук,

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

а баркодът, който представлява цялото нещо.

All right, I can see a rhinovirus --

Така, виждам риновирус...

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

а тук е увеличението на малкия баркод на риновируса...

but what about different rhinoviruses?

ами различните риновируси?

How do I know which rhinovirus I have?

Как да разбера кой риновирус имам?

There're 102 known variants of the common cold,

Има 102 познати варианта на обикновената настинка,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

а има само 102, защото на хората им омръзва да ги събират:

there are just new ones every year.

всяка година има нови.

And so, here are four different rhinoviruses,

И така, тук има четири различни риновируса

and you can see, even with your eye,

и виждате, дори с просто око,

without any fancy computer pattern-matching

без никакво завързано компютърно напасване на модели

recognition software algorithms,

и софтуерни алгоритми за разпознаване,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

че може да различите тези баркодове един от друг.

Now, this is kind of a cheap shot,

Това е малко евтин кадър,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

защото знам каква е генетичната секвенция на всички тези риновируси

and I in fact designed the chip

и всъщност съм проектирал чипа

expressly to be able to tell them apart,

изрично за да мога да ги различа,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

ами риновирусите, които никога не са виждали генетична секвенция?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Не знаем каква е секвенцията; просто се изтеглят на място.

So, here are four rhinoviruses

Ето четири риновируса,

we never knew anything about --

за които никога не сме знаели нищо...

no one's ever sequenced them -- and you can also see

никой никога не се е занимавал със секвенциите им... и също виждате,

that you get unique and distinguishable patterns.

че се получават уникални и неразличими модели.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Може да си представите изграждането на някаква библиотека, била тя реална или виртуална,

of fingerprints of essentially every virus.

от отпечатъци на практически всеки вирус.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Но това отново е като да стреляш по риба в буре, нали?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Имаш клетки от тъканни култури: има един тон вирус.

What about real people?

Ами истинските хора?

You can't control real people, as you probably know.

Не можеш да контролираш истинските хора, както вероятно знаете.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Нямате представа кога някой ще се изкашля в чаша,

and it's probably really complex, right?

а това вероятно е наистина сложно, нали?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Може да има много бактерии, може да има повече от един вирус

and it certainly has host genetic material.

и със сигурност има генетичен материал от гостоприемника,

So how do we deal with this?

така че как да се справим с това?

And how do we do the positive control here?

И как да осъществяваме позитивния контрол тук?

Well, it's pretty simple.

Е, много просто.

That's me, getting a nasal lavage.

Това съм аз, правят ми промивка на носа.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Идеята е експериментално да заразяваме хора с вирус,

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

така че... това е одобрено от Институционния контролен борд, между другото - платено им е.

And basically we experimentally inoculate people

И по същество експериментално заразяваме хора

with the common cold virus.

с вируса на обикновената настинка.

Or, even better, let's just take people

Или, дори по-добре - просто да вземем хора

right out of the emergency room --

направо от спешното отделение...

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

неопределени, придобити от общността инфекции на дихателния тракт.

You have no idea what walks in through the door.

Нямате представа какво влиза през вратата.

So, let's start off with the positive control first,

Да започнем първо с позитивния контрол,

where we know the person was healthy.

при което знаем, че лицето е било здраво.

They got a shot of virus up the nose,

Инжектират им вирус в носа,

let's see what happens.

да видим какво се случва.

Day zero: nothing happening.

Ден нула: не се случва нищо.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Здрави са; чисти са... изумително е.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Всъщност мислехме, че назалният тракт може би е пълен с вируси,

even when you're walking around healthy.

дори ако се разхождаш наоколо здрав.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Той е доста чист. Ако си здрав, си доста здрав.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Ден втори получаваме много енергичен модел на риновирус,

and it's very similar to what we get in the lab

доста подобен на онова, което получаваме в лабораторията,

doing our tissue culture experiment.

като правим експеримента си с тъканни култури.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Това е страхотно, но отново, евтин кадър, нали?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Пъхаме един тон вируси в носа на този тип. И така...

(Laughter)

(Смях)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

...искам да кажа, искахме да подейства. Имам предвид, той наистина имаше настинка.

So, how about the people who walk in off the street?

Ами хората, които влизат от улицата?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Има двама индивиди, представени от анонимните си идентификационни кодове.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

И двамата имат риновируси; никога не сме виждали този модел в лабораторията.

We sequenced part of their viruses;

Направихме секвенции на част от техните вируси;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

те са нови вируси, каквито всъщност никой не е виждал.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Помните, че нашите еволюционно запазени секвенции,

we're using on this array allow us to detect

които използваме при този анализ ни позволяват да откриваме

even novel or uncharacterized viruses,

дори непознати досега или нехарактеризирани вируси,

because we pick what is conserved throughout evolution.

защото подбираме онова, което е консервирано по време на еволюцията.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Ето и друг. Тук може сами да играете играта на диагнозата.

These different blocks represent

Тези различни блокове представят

the different viruses in this paramyxovirus family,

различните вироси в това парамиксовирусно семейство,

so you can kind of go down the blocks

така че може един вид да слизаш по блоковете

and see where the signal is.

и да видиш къде е сигналът, разбирате ли.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Е, няма кучешко неразположение (Гана); това вероятно е добре.

(Laughter)

(Смях)

But by the time you get to block nine,

Но докато стигнеш до девети блок,

you see that respiratory syncytial virus.

виждаш този дихателен синкитиален вирус.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Може би има деца. И тогава виждате също

the family member that's related: RSVB is showing up here.

членът от семейството, който е свързан: RSVB се показва тук.

So, that's great.

Така че това е страхотно.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Ето друг индивид, от когото са взети проби в два отделни дни...

repeat visits to the clinic.

повторни посещения в клиниката.

This individual has parainfluenza-1,

Този индивид има параинфлуенца-1

and you can see that there's a little stripe over here

и виждате, че тук има една малка ивица

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

за вируса сендай: това е миша параинфлуенца.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

Генетичните връзки са много близки тук. Много забавно.

So, we built out the chip.

И така, изградихме чипа.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Направихме чип, върху който има всеки познат вирус, откриван някога.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Защо не? Всеки растителен вирус, всеки насекомен вирус, всеки морски вирус.

Everything that we could get out of GenBank --

Всичко, което можахме да измъкнем от ГенБанк...

that is, the national repository of sequences.

тоест, националното хранилище за секвенции.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Сега използваме този чип. А за какво го използваме?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Е, първо, когато имаш такъв голям чип,

you need a little bit more informatics,

ти е нужна малко повече информатика,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

затова проектирахме системата да поставя автоматична диагноза.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

А идеята е, че просто имаме вирусни модели...

because we're never going to get samples of every virus --

защото никога няма да получим проби от всеки вирус;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

би било практически невъзможно. Но можем да получим виртуални модели

and compare them to our observed result --

и да ги сравняваме с наблюдавания резултат,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

което е много сложна смес, и да излезем с някакъв вид резултат

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

за това доколко е вероятно това да е риновирус, или нещо такова.

And this is what this looks like.

Ето как изглежда.

If, for example, you used a cell culture

Ако, например, се използва клетъчна култура,

that's chronically infected with papilloma,

хронично заразена с папилома,

you get a little computer readout here,

тук се получава малко компютърно съобщение,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

а нашият алгоритъм казва, че вероятно е папилома тип 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

С това всъщност са хронично заразени

are chronically infected with.

тези клетъчни култури.

So let's do something a little bit harder.

Да направим нещо малко по-трудно.

We put the beeper in the clinic.

Слагаме пейджъра в клиниката.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Когато се появи някой и болницата не знае какво да прави,

because they can't diagnose it, they call us.

защото не могат да поставят диагноза, се обаждат на нас.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Това е идеята, и уреждаме това в районът на Санфранциския залив.

And so, this case report happened three weeks ago.

И така, докладът за този случай беше преди три седмици.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Имаме 28-годишна здрава жена, без пътувания,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

[неясно], не пуши, не пие.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

10-дневна температура, нощно изпотяване, кървава слюнка...

she's coughing up blood -- muscle pain.

кашля кръв... мускулни болки.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Отишла в клиниката, дали й антибиотици

and then sent her home.

и я изпратили вкъщи.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Върнала се след десет дни с висока температура... още имала температура...

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

и била хипоксична... нямала много кислород в белите си дробове.

They did a CT scan.

Направили компютърна томография.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Един нормален бял дроб е тъмен и черен тук.

All this white stuff -- it's not good.

Всичко това, бялото... не е добре.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Тази формация, подобна на дърво и пъпки, показва, че има възпаление;

there's likely to be infection.

вероятно е да е инфекция.

OK. So, the patient was treated then

Така. Значи, тогава пациентката била лекувана

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

с антибиотик цефалоспорин трето поколение и доксициклин,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

а на третия ден, това не помогнало; състоянието й се влошило до остра недостатъчност.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Трябвало да я интубират, затова поставили тръба в гърлото й

and they began to mechanically ventilate her.

и започнали да я вентилират механично.

She could no longer breathe for herself.

Вече не можела да диша сама.

What to do next? Don't know.

А какво да правят после? Не знаели.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Да сменят антибиотиците - затова сменили с друг антибиотик

Tamiflu.

и "Тамифлу", което...

It's not clear why they thought she had the flu,

не е ясно защо са смятали, че тя има грип...

but they switched to Tamiflu.

но сменили с "Тамифлу".

And on day six, they basically threw in the towel.

А на шестия ден по същество се отказали.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Отворена белодробна биопсия се прави, когато нямаш други възможности.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Има осемпроцентна смъртност само при провеждане на тази процедура,

and so basically -- and what do they learn from it?

така че по същество... а какво научават от нея?

You're looking at her open lung biopsy.

Гледате нейната отворена белодробна биопсия.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Не съм патолог, но от това не може да се разбере много.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Може да се разбере само, че има силно подуване: бронхиолит.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Не е разкрила нищо; това е докладът на патолога.

And so, what did they test her for?

А какви тестове са й провели?

They have their own tests, of course,

Разбира се, имат свои собствени тестове,

and so they tested her for over 70 different assays,

така че я тествали за над 70 различни проби,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

за всеки вид бактерия, гъбички и вирусни проби,

you can buy off the shelf:

които може да се купят:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, метапневмовирус, ХИВ, RSV... всичко това.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Всичко излязло отрицателно. Тестове на стойност над 100 000 долара.

I mean, they went to the max for this woman.

Имам предвид, че са направили максимума за тази жена.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

И всъщност на осмия ден в болницата ни се обадиха.

They gave us endotracheal aspirate --

Дадоха ни ендотрахиален аспират...

you know, a little fluid from the throat,

малко течност от гърлото,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

от една тръба, която поставили там... и ни дадоха това.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Поставихме го на чипа и какво видяхме? Е, видяхме параинфлуенца-4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

А какво е параинфлуенца-4, по дяволите?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Никой не прави тестове за параинфлуенца-4. На никого не му пука за нея.

In fact, it's not even really sequenced that much.

Всъщност дори не са правени кой знае колко секвенции за нея.

There's just a little bit of it sequenced.

За съвсем малка част от нея е правена секвенция.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Почти няма епидемиология или проучвания за нея.

No one would even consider it,

Никой никога не би я взел предвид,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

защото на никого не може да му хрумне, че тя може да предизвика дихателна недостатъчност.

And why is that? Just lore. There's no data --

А защо така? Просто наука. Няма данни...

no data to support whether it causes severe or mild disease.

няма данни, които да подкрепят дали тя причинява тежко или леко заболяване.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Явно имаме случай на здрав човек, който е повален.

OK, that's one case report.

Това е доклад за един случай.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Ще ви кажа едно последно нещо през последните две минути,

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

което е непубликувано... ще излезе утре...

and it's an interesting case of how you might use this chip

един интересен случай за това как би могъл да се използва този чип

to find something new and open a new door.

за откриване на нещо ново и за отваряне на нова врата.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Рак на простатата. Не е нужно да ви давам много статистически данни

about prostate cancer. Most of you already know it:

за рака на простатата. повечето от вас вече знаят:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

трета водеща причина за смърт от рак в САЩ.

Lots of risk factors,

Много рискови фактори,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

но има генетично предразположение към рак на простатата.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

За може би около 10 процента от рака на простатата

there are folks that are predisposed to it.

има хора, които са предразположени към него.

And the first gene that was mapped in association studies

А първият ген, който бил описан в проучвания за връзка

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

за този ранно проявяващ се рак на простатата бил един ген, наречен RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Какво е това? Това е ензим за антивирусна защита.

So, we're sitting around and thinking,

Значи, седим и си мислим:

"Why would men who have the mutation --

Защо мъже, които имат мутацията,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

дефект в системата за антивирусна защита, се разболяват от рак на простатата?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Изглежда безсмислено - освен ако е възможно да има вирус.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Затова включваме тумори... а сега имаме над 100 тумора... в своя анализ.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

Знаем кой има дефекти в RNASEL и кой не.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Тук ви показвам сигнала от клипа

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

и ви го показвам заради блокажа на ретровирусни олиго.

And what I'm telling you here from the signal, is

Онова, което ви казвам тук от сигнала е,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

че мъже, които имат мутация в този ензим за антивирусна защита

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

и които имат тумор, често имат... в 40 процента от случаите...

a signature which reveals a new retrovirus.

сигнатура, която разкрива един нов ретровирус.

OK, that's pretty wild. What is it?

Доста луда работа. Какъв е той?

So, we clone the whole virus.

Значи, клонираме целия вирус.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Първо ще ви кажа, че едно малко автоматизирано предвиждане ни каза,

it was very similar to a mouse virus.

че той е много подобен на един миши вирус.

But that doesn't tell us too much,

Но това не ни казва кой знае какво,

so we actually clone the whole thing.

така че всъщност клонираме цялото нещо.

And the viral genome I'm showing you right here?

А вирусният геном, който ви показвам тук?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

Това е класически гама ретровирус, но е напълно нов;

no one's ever seen it before.

никой не го е виждал преди.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Най-близкият му роднина всъщност е от мишки,

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

затова бихме го нарекли ксенотропичен ретровирус,

because it's infecting a species other than mice.

защото заразява видове, различни от мишки.

And this is a little phylogenetic tree

А това е малко филогенично дърво,

to see how it's related to other viruses.

за да се види как е свързан с други вируси.

We've done it for many patients now,

После сме го правили за много пациенти

and we can say that they're all independent infections.

и можем да кажем, че всички те са независими инфекции.

They all have the same virus,

Всички имат същия вирус,

but they're different enough that there's reason to believe

но са достатъчно различни, за да има причина да се вярва,

that they've been independently acquired.

че са го придобили независимо.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Дали наистина е в тъканта? Ще приключа с това. Да.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Вземаме парчета от тези биопсии от туморна тъкан,

and use material to actually locate the virus,

всъщност използваме материала, за да локализираме вируса

and we find cells here with viral particles in them.

и откриваме тук клетки с вирусни частици в тях.

These guys really do have this virus.

Те наистина имат този вирус.

Does this virus cause prostate cancer?

Причинява ли този вирус рак на простатата?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Нищо от това, което казвам тук, не загатва за причинност. Не знам.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Дали е връзка с онкогенезиса? Не знам.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Дали тези просто са по-податливи на вируси?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Възможно е. И може да няма нищо общо с рака.

But now it's a door.

Но е възможност.

We have a strong association between the presence of this virus

Имаме силна връзка между присъствието на този вирус

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

и една генетична мутация, която е била свързана с рака.

That's where we're at.

Ето докъде сме.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Боя се, че това отваря повече въпроси от онези, на които отговаря,

but that's what, you know, science is really good at.

но нали знаете, че науката е наистина добра в това.

This was all done by folks in the lab --

Всичко това се върши от хората в лабораторията -

I cannot take credit for most of this.

не мога да си приписвам заслуги за повечето от това.

This is a collaboration between myself and Don.

Това е сътрудничество между мен и Дон.

This is the guy who started the project in my lab,

Това е човекът, който стартира проекта в моята лаборатория

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

и това е човекът, който се занимава с простатата.

Thank you very much. (Applause)

Много благодаря.