Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Tłumaczenie: Marta Bromke Korekta: Ewa Bielczyk

How can we investigate

Jak możemy zbadać

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

wirusową florę, która nas otacza i pomóc medycynie?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Jak możemy przekształcić całą naszą wiedzę o wirusach

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

w pojedynczy, prosty i poręczny test diagnostyczny?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Chcę przekształcić wszystko, co wiemy obecnie o wykrywaniu wirusów

and the spectrum of viruses that are out there

i o całym spektrum istniejących wirusów,

into, let's say, a small chip.

w, powiedzmy, niewielki chip.

When we started thinking about this project --

Kiedy zaczęliśmy myśleć nad tym projektem --

how we would make a single diagnostic assay

jak można zrobić pojedynczy test diagnostyczny

to screen for all pathogens simultaneously --

do przebadania wszystkich patogenów jednocześnie,

well, there's some problems with this idea.

nasunęło się kilka problemów.

First of all, viruses are pretty complex,

Po pierwsze, wirusy są dosyć złożone,

but they're also evolving very fast.

a do tego bardzo szybko ewoluują.

This is a picornavirus.

To jest pikornawirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Pikornawirusy powodują między innymi

the common cold and polio, things like this.

przeziębienia, polio i inne choroby.

You're looking at the outside shell of the virus,

Patrzycie teraz na zewnętrzną otoczkę wirusa,

and the yellow color here are those parts of the virus

w żółtym kolorze pokazane są te części wirusa

that are evolving very, very fast,

które ewoluują niezmiernie szybko,

and the blue parts are not evolving very fast.

a na niebiesko te, które ewoluują wolniej.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Gdy myśli się o stworzeniu środka wykrywającego wszelkie wirusy,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

zwykle ta szybkość ewolucji jest problemem,

because how can we detect things if they're always changing?

bo jak wykryć coś, co bez przerwy się zmienia?

But evolution is a balance:

Ale ewolucja to równowaga:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

tam, gdzie są szybkie zmiany, tam jest też niezmienność --

things that almost never change.

rzeczy, które prawie nigdy się nie zmieniają.

And so we looked into this a little more carefully,

Przyjrzeliśmy się temu dokładniej

and I'm going to show you data now.

i teraz pokażę wam dane.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Takie rzeczy można zrobić na zwykłym komputerze.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Wziąłem grupę tych małych pikornawirusów,

like the common cold, like polio and so on,

tych od przeziębienia, polio i tak dalej,

and I just broke them down into small segments.

i rozbiłem je na małe segmenty,

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

na przykład ten pierwszy, zwany wirusem coxsackie,

and just break it into small windows.

i rozbiłem go na małe okienka.

And I'm coloring these small windows blue

Okienka koloruję na niebiesko,

if another virus shares an identical sequence in its genome

jeśli genom innego wirusa zawiera taką samą sekwencję,

to that virus.

jak ten wirus.

These sequences right up here --

Te sekwencje tutaj --

which don't even code for protein, by the way --

które, nawiasem mówiąc, nawet nie kodują białek --

are almost absolutely identical across all of these,

są prawie zupełnie identyczne we wszystkich tych wirusach,

so I could use this sequence as a marker

więc mogę użyć tej sekwencji jako znacznika

to detect a wide spectrum of viruses,

do wykrywania szerokiego spektrum wirusów,

without having to make something individual.

bez potrzeby oznaczania każdego indywidualnie.

Now, over here there's great diversity:

Za to tutaj widać wielką różnorodność:

that's where things are evolving fast.

w tym miejscu zmieniają się szybko.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Tutaj widać wolniejszą ewolucję i mniej zróżnicowania.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Ale zanim dojdziemy tutaj do, powiedzmy,

acute bee paralysis virus --

wirusa ostrego paraliżu pszczół --

probably a bad one to have if you're a bee ---

pewnie groźny, jeśli jest się pszczołą --

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

ten wirus wykazuje znikome podobieństwo do wirusa coxsackie,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

ale zapewniam was, że sekwencje najmniej zmienne

among these viruses on the right-hand of the screen

wśród wirusów po prawej stronie ekranu

are in identical regions right up here.

znajdują się w tych samych regionach tutaj.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Możemy wyszczególnić te regiony,

through evolution -- how these viruses evolved --

które pozostały niezmienne w trakcie ewolucji wirusów,

by just choosing DNA elements or RNA elements

wybierając po prostu fragmenty DNA lub RNA

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

z tych regionów, by służyły jako detektory na naszym chipie.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

OK, to właśnie zrobiliśmy, ale w jaki sposób?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Od dłuższego czasu, od ostatnich lat studiów,

I've been messing around making DNA chips --

bawiłem się w robienie chipów DNA,

that is, printing DNA on glass.

czyli nadrukowywanie DNA na szkle.

And that's what you see here:

To właśnie widzicie tutaj:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

te plamki soli to DNA przytwierdzone do szkła,

and so I can put thousands of these on our glass chip

w ten sposób można nanieść ich tysiące na szklany chip

and use them as a detection reagent.

i użyć ich jako detektorów.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Zabraliśmy nasz chip do Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

i zbadaliśmy jedną z takich kropek

and this is what you see:

pod ich mikroskopem sił atomowych -- i oto, co widać:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

można rzeczywiście zobaczyć nici DNA leżące na szkle.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

To, co robimy, to drukowanie DNA na szkle --

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

te małe płaskie nitki -- i to będą znaczniki patogenów.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

W laboratorium konstruuję małe roboty do robienia chipów

and I'm really big on disseminating technology.

i jestem naprawdę niezły w rozprowadzaniu technologii.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Jeśli macie tyle pieniędzy, żeby kupić Camry,

you can build one of these too,

też możecie zbudować takiego robota,

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

umieściliśmy w sieci szczegółową instrukcję, zupełnie darmową,

with basically order-off-the-shelf parts.

ze wszystkimi dostępnymi częściami --

You can build a DNA array machine in your garage.

można zbudować taką maszynę do chipów DNA w garażu.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Ta część instrukcji jest o najważniejszym wyłączniku awaryjnym.

(Laughter)

(śmiech)

Every important machine's got to have a big red button.

Każda poważna maszyna musi mieć duży czerwony guzik.

But really, it's pretty robust.

Ale tak naprawdę to całkiem solidne i nieskomplikowane.

You can actually be making DNA chips in your garage

Można produkować chipy DNA w garażu

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

i odczytywać informacje genetyczne całkiem szybko. To niezła zabawa.

(Laughter)

(śmiech)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Oto, co zrobiliśmy -- to naprawdę fajny projekt --

we just started by making a respiratory virus chip.

zaczęliśmy od chipa do diagnozowania

I talked about that --

wirusów chorób dróg oddechowych. Mówiłem o tym --

you know, that situation where you go into the clinic

wiecie, o sytuacji, kiedy idziecie do przychodni

and you don't get diagnosed?

i nie mogą postawić wam diagnozy?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Więc po prostu umieściliśmy wszystkie wirusy zakażające drogi oddechowe

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

na jednym chipie i dorzuciliśmy wirusa opryszczki dla kontroli --

I mean, why not?

czemu nie?

The first thing you do as a scientist is,

Pierwszą rzeczą, jaką naukowiec robi

you make sure stuff works.

jest upewnienie się, że wszystko działa.

And so what we did is, we take tissue culture cells

My wzięliśmy komórki z hodowli tkankowych

and infect them with various viruses,

i zaraziliśmy je różnymi wirusami,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

potem wyznakowaliśmy fluorescencyjnie kwasy nukleinowe,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

czyli materiał genetyczny otrzymany z tych komórek --

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

głównie wirusowy -- i nanieśliśmy na chip, żeby zobaczyć, gdzie się przyczepi.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Jeśli sekwencje DNA pasują do siebie, przyczepiają się

and so we can look at spots.

i możemy przyjrzeć się kropkom.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Jeśli kropki się zaświecą, wiemy, że jest tam konkretny wirus.

That's what one of these chips really looks like,

Tak wygląda jeden z takich chipów,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

te czerwone kropki sygnalizują obecność wirusa.

And each spot represents a different family of virus

Każda kropka reprezentuje inną rodzinę

or species of virus.

lub gatunek wirusa.

And so, that's a hard way to look at things,

Jednak w ten sposób trudno jest coś zobaczyć,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

więc przedstawię to jako mały kod kreskowy, pogrupowany rodzinami,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

żeby można było odczytać wyniki w bardzo intuicyjny sposób.

What we did is, we took tissue culture cells

Wzięliśmy komórki z hodowli tkankowej

and infected them with adenovirus,

i zaraziliśmy je adenowirusem,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

tu widać mały żółty kod kreskowy obok adenowirusa.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Podobnie zaraziliśmy wirusem paragrypy typu 3 --

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

to jest paramyksowirus -- i tu jest mały kod kreskowy.

And then we did respiratory syncytial virus.

Potem to samo zrobiliśmy z wirusem RSV.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

To prawdziwa plaga wszystkich przedszkoli,

it's like boogeremia, basically.

jedno wielkie smarkowisko.

(Laughter)

(śmiech)

You can see that this barcode is the same family,

Widzicie, że ten kod kreskowy to ta sama rodzina,

but it's distinct from parainfluenza-3,

ale różni się od wirusa paragrypy typu 3,

which gives you a very bad cold.

powodującego ciężkie przeziębienie.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

W ten sposób otrzymujemy unikalne sygnatury, " odcisk palca" każdego wirusa.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Polio i rinowirus: są w tej samej rodzinie, bardzo do siebie podobne.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rino to przeziębienie, czym jest polio, wszyscy wiecie,

and you can see that these signatures are distinct.

i jak widać, ich sygnatury są różne.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

Wirus opryszczki mięsaka Kaposiego (KSHV)

gives a nice signature down here.

daje tutaj bardzo ładny ślad.

And so it is not any one stripe or something

To nie jest jakiś pojedynczy pasek,

that tells me I have a virus of a particular type here;

który mówi, że mamy tu wirusa konkretnego typu;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

to kod kreskowy w całości przedstawia wszystko.

All right, I can see a rhinovirus --

OK; widzę tu rinowirusa --

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

tutaj jest powiększenie jego kodu kreskowego --

but what about different rhinoviruses?

ale co z różnymi odmianami rinowirusa?

How do I know which rhinovirus I have?

Skąd mam wiedzieć, którego rinowirusa mam?

There're 102 known variants of the common cold,

Znane są 102 warianty przeziębienia,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

a jest ich tylko 102, bo ludziom znudziło się je kolekcjonować:

there are just new ones every year.

co roku pojawiają się nowe.

And so, here are four different rhinoviruses,

Tu są cztery różne rinowirusy

and you can see, even with your eye,

i gołym okiem można zobaczyć,

without any fancy computer pattern-matching

bez wymyślnych programów komputerowych

recognition software algorithms,

z algorytmami rozpoznającymi wzory,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

że można odróżnić każdy z tych kodów od innych.

Now, this is kind of a cheap shot,

No tak, to jest w zasadzie tani chwyt,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

bo znam sekwencje genetyczne wszystkich tych rinowirusów

and I in fact designed the chip

i właściwie to ja zaprojektowałem ten chip tak,

expressly to be able to tell them apart,

żeby dało się je odróżnić,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

ale co z rinowirusami, które nigdy nie widziały sekwenatora genetycznego?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Nie znamy ich sekwencji; po prostu bierzemy je ze środowiska.

So, here are four rhinoviruses

Tu są cztery rinowirusy,

we never knew anything about --

o których nic nie wiedzieliśmy --

no one's ever sequenced them -- and you can also see

nikt ich nie zsekwencjonował -- i także widać,

that you get unique and distinguishable patterns.

że można otrzymać niepowtarzalne i rozróżnialne wzory.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Można wyobrazić sobie stworzenie bilioteki, prawdziwej bądź wirtualnej,

of fingerprints of essentially every virus.

"odcisków palca" praktycznie każdego wirusa.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Ale to znowu, no wiecie -- bułka z masłem.

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

W komórkach z hodowli tkankowych są tony wirusów.

What about real people?

A co z prawdziwymi ludźmi?

You can't control real people, as you probably know.

Jak wiecie, nie da się kontrolować ludzi.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Nie wiadomo, co ktoś może nakaszleć do kubeczka

and it's probably really complex, right?

i pewnie jest to bardzo złożone, prawda?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Może zawierać mnóstwo bakterii albo więcej niż jednego wirusa

and it certainly has host genetic material.

i z pewnością zawiera materiał genetyczny gospodarza,

So how do we deal with this?

więc jak się za to zabrać?

And how do we do the positive control here?

I czego użyć jako pozytywnej kontroli?

Well, it's pretty simple.

To całkiem proste.

That's me, getting a nasal lavage.

To ja w trakcie płukania nosa.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Pomysł polega na tym, żeby eksperymentalnie zarazić ludzi wirusem

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

-- to wszystko zatwierdziła komisja etyczna, płaci im się za to.

And basically we experimentally inoculate people

Więc eksperymentalnie zarażamy ludzi

with the common cold virus.

wirusem przeziębienia.

Or, even better, let's just take people

Czy też jeszcze lepiej, weźmy ludzi

right out of the emergency room --

prosto z poczekalni lekarskiej --

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

nieokreślone, nabyte w społeczności infekcje dróg oddechowych.

You have no idea what walks in through the door.

Nie wiadomo, co się pojawi.

So, let's start off with the positive control first,

Zacznijmy od pozytywnej kontroli,

where we know the person was healthy.

gdzie wiemy, że ta osoba była zdrowa.

They got a shot of virus up the nose,

Dostała dawkę wirusa do nosa,

let's see what happens.

zobaczmy, co się dzieje.

Day zero: nothing happening.

Dzień zero: nic się nie dzieje.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Badane osoby są zdrowe, wolne od wirusów - to zadziwiające.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Myśleliśmy, że kanał nosowy jest pełen wirusów

even when you're walking around healthy.

nawet u zdrowej osoby.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Tak naprawdę jest czysty. Jeśli jesteś zdrowy, to jesteś zdrowy i tyle.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Dzień drugi: otrzymaliśmy wyraźny wzór rinowirusa,

and it's very similar to what we get in the lab

bardzo podobny do tego, co otrzymujemy w laboratorium

doing our tissue culture experiment.

podczas doświadczeń na hodowlach tkankowych.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Wszystko pięknie, ale to znowu tani chwyt, nie?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Wprowadziliśmy człowiekowi tonę wirusa do nosa.

(Laughter)

(śmiech)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

To znaczy, chcieliśmy, żeby to zadziałało. On naprawdę był przeziębiony.

So, how about the people who walk in off the street?

A co z ludźmi przychodzącymi z ulicy?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Tutaj są dwie osoby oznaczone anonimowymi numerami identyfikacyjnymi.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Obie mają rinowirusy; nigdy nie widzieliśmy takiego wzoru w laboratorium.

We sequenced part of their viruses;

Zsekwencjonowaliśmy fragmenty tych wirusów;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

to nowe rinowirusy, których jeszcze nikt dotychczas nie widział.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Przypominam, że te ewolucyjnie niezmienne sekwencje,

we're using on this array allow us to detect

których używamy na naszej matrycy,

even novel or uncharacterized viruses,

pozwalają wykryć również nowe, nieopisane wirusy,

because we pick what is conserved throughout evolution.

bo wybieramy to, co jest niezmienne w trakcie ewolucji.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Tu jest następny przeziębiony, możecie sami pobawić się w diagnozę.

These different blocks represent

Te słupki reprezentują

the different viruses in this paramyxovirus family,

różne wirusy z rodziny paramyksowirusów,

so you can kind of go down the blocks

więc trzeba przesuwać się wzdłuż tych słupków

and see where the signal is.

i sprawdzić, gdzie jest sygnał.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

No tak, nie ma nosówki; to raczej dobrze.

(Laughter)

(śmiech)

But by the time you get to block nine,

Ale gdy dochodzi się do dziewiątego słupka

you see that respiratory syncytial virus.

widać wirusa RSV.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Być może mają dzieci. Dalej widać też

the family member that's related: RSVB is showing up here.

spokrewnionego członka rodziny: RSV-B tu się pokazuje.

So, that's great.

No i świetnie.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Tu kolejna osoba: pobierano próbki w dwa różne dni

repeat visits to the clinic.

przy kolejnych wizytach w przychodni.

This individual has parainfluenza-1,

Ta osoba ma wirus paragrypy typu 1

and you can see that there's a little stripe over here

i widzicie tu mały prążek

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

dla wirusa Sendai, to jest mysia paragrypa.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

Pokrewieństwo genetyczne jest tu bardzo bliskie. To niezła zabawa.

So, we built out the chip.

Skonstruowaliśmy więc chip.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Zrobiliśmy chip, który zawiera każdego kiedykolwiek odkrytego wirusa.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Dlaczego nie? Każdego wirusa roślinnego, owadziego, morskiego.

Everything that we could get out of GenBank --

Wszystko, co dało się znaleźć w GenBanku,

that is, the national repository of sequences.

czyli w narodowym banku sekwencji.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Teraz używamy tego chipa. Do czego?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Po pierwsze, gdy się ma tak duży chip,

you need a little bit more informatics,

potrzeba trochę więcej informatyki,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

więc zaprojektowaliśmy system tak, by dokonywał automatycznej diagnozy.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

Chodzi o to, że mamy wirtualne wzory --

because we're never going to get samples of every virus --

ponieważ nigdy nie uda się zebrać próbek każdego wirusa,

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

to praktycznie niemożliwe. Ale możemy wziąć wirtualne wzory

and compare them to our observed result --

i porównać je do zaobserwowanego wyniku,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

który jest bardzo złożoną mieszaniną; i dojść do jakiejś wartości

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

która określi prawdopodobieństwo, że to rinowirus albo coś innego.

And this is what this looks like.

A oto jak to wygląda.

If, for example, you used a cell culture

Jeśli na przykład użyliśmy hodowli komórkowej

that's chronically infected with papilloma,

chronicznie zainfekowanej wirusem brodawczaka,

you get a little computer readout here,

otrzymujemy odczyt komputerowy

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

i nasz algorytm mówi, że to prawdopodobnie wirus brodawczaka typu 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

I rzeczywiście, to właśnie tym wirusem

are chronically infected with.

są zarażone nasze badane komórki.

So let's do something a little bit harder.

Zróbmy więc coś trudniejszego.

We put the beeper in the clinic.

Umieściliśmy pager w klinice.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Gdy pojawi się ktoś, z kim szpital nie wie, co zrobić,

because they can't diagnose it, they call us.

bo nie umieją postawić diagnozy, wzywają nas.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Taki jest pomysł, teraz uruchamiamy go w aglomeracji San Francisco.

And so, this case report happened three weeks ago.

To jest przypadek sprzed trzech tygodni.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Mamy 28-letnią zdrową kobietę, nie podróżowała,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

nie pali, nie pije.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

Od 10 dni gorączkuje, ma nocne poty, krwawą flegmę --

she's coughing up blood -- muscle pain.

-- kaszle krwią -- ma bóle mięśniowe.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Przyszła do kliniki, dali jej antybiotyki

and then sent her home.

i posłali do domu.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Wróciła po dziesięciu dniach gorączki, tak -- ciągle gorączkuje --

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

i do tego hypoksja -- nie ma wystarczająco dużo tlenu w płucach.

They did a CT scan.

Zrobili tomografię komputerową.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Normalne płuco to wszystko, co tu jest ciemne i czarne.

All this white stuff -- it's not good.

To wszystko białe -- nic dobrego.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Ta struktura przypominająca drzewo i pączki wskazuje na stan zapalny;

there's likely to be infection.

prawdopodobnie jest tam zakażenie.

OK. So, the patient was treated then

OK. Pacjentka była dalej leczona

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

antybiotykiem cefalosporynowym trzeciej generacji oraz doksycykliną

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

i na trzeci dzień, nie pomogło: rozwinęła się niewydolność oddechowa.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Musieli ją intubować, więc włożyli jej rurkę przez gardło

and they began to mechanically ventilate her.

i zaczęli mechanicznie ją wentylować.

She could no longer breathe for herself.

Nie mogła już samodzielnie oddychać.

What to do next? Don't know.

Co dalej? Nie wiadomo.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Zmienić antybiotyki, więc podali jej inny antybiotyk

Tamiflu.

i Tamiflu, które --

It's not clear why they thought she had the flu,

-- nie jest jasne, czemu myśleli, że ma grypę --

but they switched to Tamiflu.

ale zaczęli podawać jej Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

Szóstego dnia poddali się.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Biopsję na otwartym płucu robi się tylko wtedy, gdy nie ma już wyjścia.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Samo wykonanie tej procedury wiąże się z 8% śmiertelnością.

and so basically -- and what do they learn from it?

I czego się dowiadują?

You're looking at her open lung biopsy.

Tu widzicie biopsję jej płuca.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Nie jestem patologiem, ale z tego nie da się wiele wywnioskować.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Jedno, co da się stwierdzić, to obrzęk: zapalenie oskrzelików.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Raport patologa brzmiał: nierozstrzygające.

And so, what did they test her for?

Na co ją zbadali?

They have their own tests, of course,

Oczywiście mają tam własne testy,

and so they tested her for over 70 different assays,

więc przeprowadzili ponad 70 różnych badań,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

na przeróżne bakterie, grzyby i wirusy,

you can buy off the shelf:

testy, które można kupić gotowe:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, metapneumowirus, HIV, RSV -- wszystkie takie.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

I wszystkie negatywne. Testy warte ponad 100 tysięcy dolarów.

I mean, they went to the max for this woman.

Zrobili dla niej wszystko, naprawdę.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

I ósmego dnia zadzwonili do nas.

They gave us endotracheal aspirate --

Dali nam próbkę aspiratu tchawiczego --

you know, a little fluid from the throat,

no wiecie, trochę płynu z gardła,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

z tej rurki, którą tam włożyli -- to nam dali.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Wrzuciliśmy to na chip: co widać? Zobaczyliśmy wirusa paragrypy typu 4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Czym, do diabła, jest wirus paragrypy typu 4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Nikt nie bada na wirusa paragrypy typu 4. Nikogo to nie obchodzi.

In fact, it's not even really sequenced that much.

Właściwie nawet nie jest w całości zsekwencjonowany.

There's just a little bit of it sequenced.

Zsekwencjonowano zaledwie mały fragment.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Prawie nie ma badań epidemiologicznych o nim.

No one would even consider it,

Nikt by o nim nawet nie pomyślał,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

bo nikt nie miał pojęcia, że może wywołać niewydolność oddechową.

And why is that? Just lore. There's no data --

Dlaczego tak jest? Tylko przekaz ustny, żadnych danych --

no data to support whether it causes severe or mild disease.

brak danych stwierdzających, czy powoduje ostrą, czy łagodną chorobę.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Mieliśmy przypadek zdrowej osoby, nagle umierającej.

OK, that's one case report.

OK, to jeden przypadek.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

W ostatnie dwie minuty powiem jeszcze o jednej rzeczy --

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

-- to nieopublikowane, pojawi się to jutro --

and it's an interesting case of how you might use this chip

to interesujący przykład jak można wykorzystać ten chip,

to find something new and open a new door.

by znaleźć coś nowego i otworzyć nowe drzwi.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Rak prostaty, nie muszę podawać wielu statystyk

about prostate cancer. Most of you already know it:

o raku prostaty. Większość z was już wie,

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

że to trzecia przyczyna śmierci na raka w USA.

Lots of risk factors,

Wiele czynników ryzyka,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

ale jest też genetyczna predyspozycja do raka prostaty.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

W przypadku raka prostaty około 10%

there are folks that are predisposed to it.

to ludzie z predyspozycjami do niego.

And the first gene that was mapped in association studies

Pierwszy gen, jaki zlokalizowano w badaniach genetycznych

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

odpowiedzialny za wczesnego raka prostaty to gen nazywany RNASEL

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Co to takiego? To enzym obrony przeciwwirusowej.

So, we're sitting around and thinking,

Więc siedzieliśmy i dumaliśmy,

"Why would men who have the mutation --

dlaczego mężczyźni, którzy mają mutację,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

defekt w systemie obrony przeciw wirusom, dostają raka?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

To nie ma sensu -- o ile, być może, jest jakiś wirus.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Umieściliśmy więc guzy - mamy teraz ponad 100 guzów - na naszym teście.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

I wiedzieliśmy kto ma defekty w RNASEL a kto nie.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Teraz pokazuję wam sygnał z chipa,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

a tu wskazuję na blok retrowirusowach oligonukleotydów.

And what I'm telling you here from the signal, is

Co mogę powiedzieć na temat tego sygnału to to,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

że mężczyźni z mutacją w enzymie broniącym przed wirusami,

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

którzy mają guza, często mają -- 40% przypadków --

a signature which reveals a new retrovirus.

ślad wskazujący na nowego retrowirusa.

OK, that's pretty wild. What is it?

OK, to niesamowite. Co to jest?

So, we clone the whole virus.

Sklonowaliśmy całego wirusa.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Po pierwsze: powiem wam, że automatyczne przewidywanie wykazało,

it was very similar to a mouse virus.

że jest bardzo podobny do mysiego wirusa.

But that doesn't tell us too much,

To nie mówi nam wiele,

so we actually clone the whole thing.

więc sklonowaliśmy całość.

And the viral genome I'm showing you right here?

A wirusowy genom, który pokazuję tutaj?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

To klasyczny retrowirus typu gamma, ale całkowicie nowy.

no one's ever seen it before.

Nikt go wcześniej nie widział.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Jego najbliższy krewniak pochodzi z myszy

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

więc możemy to nazwać ksenotropicznym retrowirusem,

because it's infecting a species other than mice.

bo zakaża gatunki inne niż myszy.

And this is a little phylogenetic tree

A to jest małe drzewo filogenetyczne,

to see how it's related to other viruses.

by pokazać, jak jest spokrewniony z innymi wirusami.

We've done it for many patients now,

Zrobiliśmy to u wielu pacjentów

and we can say that they're all independent infections.

i możemy powiedzieć, że to wszystko niezależne infekcje.

They all have the same virus,

Wszyscy mają tego samego wirusa,

but they're different enough that there's reason to believe

ale różni się na tyle, by sądzić,

that they've been independently acquired.

że zostały nabyte niezależnie.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Czy jest naprawdę w tkance? Zakończę na tym: Tak.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Bierzemy wycinek tkanki z biopsji guza

and use material to actually locate the virus,

i wykorzystujemy materiał, by zlokalizować wirusa,

and we find cells here with viral particles in them.

i znajdujemy komórki zawierające cząstki wirusa.

These guys really do have this virus.

Ci ludzie naprawdę mają tego wirusa.

Does this virus cause prostate cancer?

Czy ten wirus powoduje raka prostaty?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Nic z tego, co tu mówię nie sugeruje przyczynowości. Nie wiem.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Czy łączy się z onkogenezą? Nie wiem.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Czy to przez to, że ci ludzie są po prostu wrażliwsi na wirusy?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Być może. I może to też nie mieć nic wspólnego z rakiem.

But now it's a door.

Ale są to drzwi.

We have a strong association between the presence of this virus

Mamy silną asocjację pomiędzy obecnością wirusa

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

a genetyczną mutacją łączoną z rakiem.

That's where we're at.

To jest to, na czym stoimy.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Obawiam się, że to przynosi nam więcej pytań niż odpowiedzi,

but that's what, you know, science is really good at.

ale to właśnie to, w czym nauka jest naprawdę dobra.

This was all done by folks in the lab --

To wszystko zostało zrobione przez ludzi z laboratorium;

I cannot take credit for most of this.

większość z tego nie jest moją zasługą.

This is a collaboration between myself and Don.

To współpraca między mna i Donem.

This is the guy who started the project in my lab,

Oto człowiek, który rozpoczął ten projekt w moim laboratorium,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

a ten zrobił pracę na prostacie.

Thank you very much. (Applause)

Dziękuję bardzo.