Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

O ViroScan de Joe DeRisi soluciona mistérios médicos

Tradutor: Brescia Terra Revisor: Wilcley Lima

How can we investigate

Como é que, como nós podemos investigar

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

esta flora de vírus que nos rodeia, e ajudar a medicina?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Como nós podemos transformar nosso conhecimento cumulativo em virologia

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

em uma ferramenta de diagnóstico simples e portátil?

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Eu quero transformar tudo que nós sabemos agora sobre a detecção de vírus

and the spectrum of viruses that are out there

e sobre o espectro de vírus que está por aí

into, let's say, a small chip.

em, digamos, um pequeno chip.

When we started thinking about this project --

Quando nós começamos a pensar sobre esse projeto --

how we would make a single diagnostic assay

como nós poderíamos fazer um único teste de diagnóstico

to screen for all pathogens simultaneously --

para procurar por todos os patógenos simultâneamente --

well, there's some problems with this idea.

bem, existem alguns problemas com essa idéia.

First of all, viruses are pretty complex,

Primeiro, os vírus são bem complexos,

but they're also evolving very fast.

mas eles também estão evoluíndo muito rapidamente.

This is a picornavirus.

Isso é um picornavirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Os Picornavirus -- essas são coisas que incluem

the common cold and polio, things like this.

a gripe comum e a polio, coisas como essas.

You're looking at the outside shell of the virus,

Você está olhando para a casca exterior do vírus,

and the yellow color here are those parts of the virus

e a cor amarela aqui são aquelas partes do vírus

that are evolving very, very fast,

que estão evoluíndo muito, muito rapidamente,

and the blue parts are not evolving very fast.

e as partes azuis não estão evoluíndo muito rapidamente.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Quando as pessoas pensam em fazer reagentes de detecção pan-viral,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

geralmente o problema maior é a evolução rápida,

because how can we detect things if they're always changing?

porque como nós podemos detectar coisas se elas estão sempre se modificando?

But evolution is a balance:

Mas a evolução é um equilíbrio:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

onde você tem a mudança rápida, você também tem a ultra-conservação --

things that almost never change.

coisas que quase nunca mudam.

And so we looked into this a little more carefully,

E então nós olhamos para isso com um pouquinho mais de cuidado,

and I'm going to show you data now.

e eu vou mostrar dados para vocês agora.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

Isto é apenas uma das coisas que você pode fazer no computador, da sua mesa.

I took a bunch of these small picornaviruses,

Eu peguei alguns desses pequenos picornavirus,

like the common cold, like polio and so on,

como a gripe comum, a pólio e assim por diante,

and I just broke them down into small segments.

e eu apenas os quebrei em pequenos segmentos,

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

e então pegue esse primeiro exemplo, que é chamado Coxsackievirus,

and just break it into small windows.

e apenas quebre-o em pequenas aberturas.

And I'm coloring these small windows blue

E eu estou colorindo essas pequenas aberturas de azul

if another virus shares an identical sequence in its genome

se outro vírus compartilha de uma sequência idêntica à desse vírus

to that virus.

no seu genoma.

These sequences right up here --

Essas sequências aqui ---

which don't even code for protein, by the way --

que não codificam para proteínas, por exemplo --

are almost absolutely identical across all of these,

são praticamente absolutamente idênticas considerando todas elas,

so I could use this sequence as a marker

assim eu poderia usar essa sequência como um marcador

to detect a wide spectrum of viruses,

para detectar um amplo espectro de vírus,

without having to make something individual.

sem ter que fazer alguma coisa individual.

Now, over here there's great diversity:

Agora, aqui existe grande diversidade:

that's where things are evolving fast.

é aí que as coisas estão evoluindo rapidamente.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Aqui você pode ver uma evolução mais lenta: menor diversidade.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Agora, quando nós chegarmos aqui, vamos dizer,

acute bee paralysis virus --

o vírus da paralisia aguda de abelhas --

probably a bad one to have if you're a bee ---

provavelmente um vírus ruim se você for uma abelha --

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

esse vírus não compartilha quase nenhuma semelhança com o Coxackievirus,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

mas eu posso garantir a vocês que as sequências que são mais preservadas

among these viruses on the right-hand of the screen

nestes vírus no lado direito da tela

are in identical regions right up here.

estão em regiões idênticas aqui em cima.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

E então nós podemos encapsular essas regiões de ultra conservação

through evolution -- how these viruses evolved --

através da evolução -- como esses vírus evoluiram --

by just choosing DNA elements or RNA elements

apenas escolhendo elementos de DNA ou de RNA

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

nessas regiões para representar em nosso chip como reagentes para detecção.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

OK, isso é o que nós fizemos, mas como nós vamos fazer isso?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Bom, por um longo tempo, desde que eu fazia mestrado,

I've been messing around making DNA chips --

eu brincava de construir chips de DNA --

that is, printing DNA on glass.

isto é, imprimindo DNA em vidro.

And that's what you see here:

E isso é o que você vê aqui:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

Essas pequenas manchas de sal são apenas DNA impresso em vidro,

and so I can put thousands of these on our glass chip

e então eu posso colocar milhares desses em nosso chip de vidro

and use them as a detection reagent.

e usá-los como um reagente de detecção.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Nós levamos nossos chips para a Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

e usamos a força atômica e microscópica deles em uma dessas manchas,

and this is what you see:

e isso é o que você vê:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

você pode na verdade ver as bandas de DNA espalhadas no vidro aqui.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Então, o que nós estamos fazendo é apenas imprimindo DNA em vidro --

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

pequenas coisas achatadas -- e esses serão marcadores para patógenos.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

OK, eu faço pequenos robôs no laboratório para fazer esses chips,

and I'm really big on disseminating technology.

e eu sou um grande fã de disseminar tecnologias.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Se você tem dinheiro suficiente para comprar apenas um Camry,

you can build one of these too,

você pode construir um desses, também,

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

e então nós colocamos um guia de como fazer na Web, completamente grátis,

with basically order-off-the-shelf parts.

com basicamente peças de pronta entrega --

You can build a DNA array machine in your garage.

você pode construir uma máquina que agrupa DNA na sua garagem.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Aqui está a seção do todo poderoso interruptor de parada de emergência.

(Laughter)

(Risos)

Every important machine's got to have a big red button.

Toda máquina importante tem que ter um grande botão vermelho.

But really, it's pretty robust.

Mas realmente, é muito robusta.

You can actually be making DNA chips in your garage

Você pode realmente estar fazendo chips de DNA na sua garagem,

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

e decodificando alguns programas genéticos bem rapidamente. É muito divertido.

(Laughter)

(Risos)

And so what we did -- and this is a really cool project --

E então o que a gente fez -- e esse é um projeto muito legal --

we just started by making a respiratory virus chip.

nós apenas começamos fazendo um chip de um vírus respiratório.

I talked about that --

Eu falei sobre isso --

you know, that situation where you go into the clinic

você sabe, aquela a situação quando você vai na clínica

and you don't get diagnosed?

e você não recebe um diagnóstico?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Bem, nós apenas colocamos basicamente todos os vírus respiratórios humanos

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

em um chip, e nós jogamos uns vírus de herpes para melhorar um pouco --

I mean, why not?

Quero dizer, por que não?

The first thing you do as a scientist is,

A primeira coisa que você faz como um cientista é,

you make sure stuff works.

você tem que ter certeza que a coisa funciona.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Então o que nós fizemos foi apenas pegar células de cultura de tecidos

and infect them with various viruses,

e infectá-las com vários vírus,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

e nós pegamos isso e marcamos fluorescentemente o ácido nucleico,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

o material genético que sai dessas células de culturas de tecidos --

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

principalmente coisas virais -- e colamos no conjunto para ver onde ia colar.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Agora, se a sequencia de DNA combinar, eles irão colar juntos,

and so we can look at spots.

e então nós podemos olhar as manchas.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

E se as manchas brilharem, nós sabemos que tem um certo vírus lá.

That's what one of these chips really looks like,

Isso é com o que um desses chips realmente se parece,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

e essas manchas vermelhas são na verdade sinais vindos dos vírus.

And each spot represents a different family of virus

E cada mancha representa uma família de vírus diferente

or species of virus.

ou espécies de vírus

And so, that's a hard way to look at things,

E então, esta é uma maneira dura de se ver as coisas,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

então eu vou apenas codificar coisas como um pequeno código de barras,

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

agrupado por família, então você pode ver os resultados de uma maneira muito intuitiva.

What we did is, we took tissue culture cells

O que nós fizemos foi, nós pegamos células de cultura de tecidos

and infected them with adenovirus,

e as infectamos com adenovírus,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

e você pode ver esse pequeno código de barras amarelo perto dos adenovírus.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

E, da mesma maneira, nós infectamos com parainfluenza-3 --

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

este é um paramyxovírus -- e você vê um pequeno código de barras aqui.

And then we did respiratory syncytial virus.

E então nós fizemos o vírus respiratório syncytial.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

Isso é o que aflige as creches de todos os lugares --

it's like boogeremia, basically.

é como a doença do bicho papão, basicamente.

(Laughter)

(Risos)

You can see that this barcode is the same family,

Você pode ver -- você pode ver que esse código de barras é da mesma família,

but it's distinct from parainfluenza-3,

mas é diferente de parainfluenza-3,

which gives you a very bad cold.

o que lhe causa uma gripe muito forte.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

E então nós estamos conseguindo assinaturas únicas, uma impressão digital para cada vírus.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Polio e rhino: eles estão na mesma família, muito próximos um do outro.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rhino é a gripe comum, e todos vocês sabem o que polio é,

and you can see that these signatures are distinct.

e você pode ver que essas assinaturas são diferentes.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

E vírus da herpes associado com sarcoma de Kaposi

gives a nice signature down here.

mostra uma ótima assinatura aqui embaixo.

And so it is not any one stripe or something

E então não é uma faixa qualquer ou qualquer coisa assim

that tells me I have a virus of a particular type here;

que diz que eu tenho um vírus de um tipo específico aqui;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

é o código de barras que em conjunto representa a coisa toda.

All right, I can see a rhinovirus --

Tá certo, eu posso ver um rhinovírus --

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

e aqui está ampliado pequeno código de barras do rhinovírus --

but what about different rhinoviruses?

mas e esses rhinovirus diferentes?

How do I know which rhinovirus I have?

Como eu sei qual rhinovirus eu tenho?

There're 102 known variants of the common cold,

Existem 102 variações conhecidas da gripe comum,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

e existem apenas 102 porque as pessoas se cansaram de coletá-los:

there are just new ones every year.

existem variações novas todos os anos.

And so, here are four different rhinoviruses,

E então, aqui estão quatro rhinovirus diferentes,

and you can see, even with your eye,

e você pode ver, mesmo com seus próprios olhos,

without any fancy computer pattern-matching

sem qualquer programa de computador que combine os padrões

recognition software algorithms,

com algorítimos de reconhecimento,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

que você pode distinguir cada um desses códigos de barras um dos outros.

Now, this is kind of a cheap shot,

Agora, isso é tipo um golpe baixo,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

porque eu sei qual é a sequência genética de todos esses rhinovirus,

and I in fact designed the chip

e na verdade eu desenvolvi o chip

expressly to be able to tell them apart,

expressamente para ser capaz de separá-los,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

mas e os rhinovirus que nunca viram um sequenciador genético?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Nós não sabemos qual é a sequência; nós apenas a pegamos do ambiente.

So, here are four rhinoviruses

Então, aqui estão quatro rhinovirus

we never knew anything about --

dos quais nós nunca soubemos nada --

no one's ever sequenced them -- and you can also see

ninguém nunca os sequenciou -- e você também pode ver

that you get unique and distinguishable patterns.

que você tem padrões únicos e distinguíveis.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

Você pode imaginar a construção de uma biblioteca, seja ela real ou virtual,

of fingerprints of essentially every virus.

de impressões digitais de essencialmente todos os vírus.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Mas isto é, de novo, um golpe baixo, né?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

Você tem células de culturas de tecidos: tem um montão de vírus.

What about real people?

E as pessoas reais?

You can't control real people, as you probably know.

Você não pode controlar pessoais reais, como você provavelmente sabe.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

Você não tem idéia do que alguém vai tossir em um copo,

and it's probably really complex, right?

e isso é provavelmente complexo, certo?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Poderia ter montes de bacterias, poderia ter mais de um vírus,

and it certainly has host genetic material.

e certamente tem material genético do hospedeiro,

So how do we deal with this?

então como nós lidamos com isso?

And how do we do the positive control here?

E como nós fazemos o controle positivo aqui?

Well, it's pretty simple.

Bom, é bem simples.

That's me, getting a nasal lavage.

Esse sou eu, recebendo uma lavagem nasal.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

E a idéia é, vamos inocular pessoas experimentalmente com vírus

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

então nós -- isso é tudo aprovado pelo IRB, na verdade; eles foram pagos.

And basically we experimentally inoculate people

E basicamente nós experimentalmente inoculamos pessoas

with the common cold virus.

com o vírus da gripe comum.

Or, even better, let's just take people

Ou, ainda melhor, vamos apenas pegar pessoas

right out of the emergency room --

direto do pronto socorro --

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

infecções do trato respiratório indefinidas, adquiridas na comunidade.

You have no idea what walks in through the door.

Você não tem idéia do que entra pela porta.

So, let's start off with the positive control first,

Então, vamos começar com o controle positivo primeiro,

where we know the person was healthy.

onde nós sabemos que a pessoa era saudável.

They got a shot of virus up the nose,

Eles receberam uma dose de vírus pelo nariz,

let's see what happens.

vamos ver o que acontece.

Day zero: nothing happening.

Dia zero: Nada acontece.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Eles estão saudáveis; eles estão limpos -- é impressionante.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

Na verdade, nós pensávamos que o trato nasal estaria cheio de vírus

even when you're walking around healthy.

mesmo quando você está andando por aí todo saudável.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

É muito claro. Se você está saudável, você está muito saudável.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Dia dois: nós pegamos um padrão muito robusto de rhinovirus,

and it's very similar to what we get in the lab

e é muito semelhante ao que a gente consegue no laboratório

doing our tissue culture experiment.

com o nosso experimento de cultura de tecidos.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Então isso é ótimo, mas ainda assim, tiro no escuro, certo?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

Nós colocamos um montão de vírus no nariz desse cara. Nós --

(Laughter)

(Risos)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

-- Quero dizer, nós queremos que funcione. Quer dizer, ele realmente tinha uma gripe.

So, how about the people who walk in off the street?

Então, o que acontece com as pessoas que estão andando nas ruas?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Então aqui estão dois indivíduos representados pelos seus códigos de identidade anônimos.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Ambos têm rhinovirus; nós nunca vimos esse padrão no laboratório.

We sequenced part of their viruses;

Nós sequenciamos parte dos vírus deles;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

eles são novos rhinovirus que ninguém nunca viu.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Lembre-se, nossas sequências conservadas com a evolução

we're using on this array allow us to detect

as quais estamos usando nesse conjunto para detectar

even novel or uncharacterized viruses,

menos vírus novos ou não caracterizados,

because we pick what is conserved throughout evolution.

porque nós escolhemos o que está conservado através da evolução.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Aqui está outro cara. Você pode brincar do jogo do diagnóstico você mesmo.

These different blocks represent

Esses blocos diferentes representam

the different viruses in this paramyxovirus family,

os diferentes vírus na família dos paramyxovirus,

so you can kind of go down the blocks

então você pode continuar procurando

and see where the signal is.

e ver onde o sinal está, você sabe.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Bem, não tem o vírus CDV canino, o que é provavelmente bom.

(Laughter)

(Risos)

But by the time you get to block nine,

Mas até você conseguir bloquear nove,

you see that respiratory syncytial virus.

você vai ver aquele vírus respiratório syncytial.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Talvez eles tenham filhos. E aí você pode ver, também,

the family member that's related: RSVB is showing up here.

o membro da família que está relacionado: o RSVB está aparecendo aqui.

So, that's great.

Então, isso é ótimo.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Aqui está outro indivíduo, amostrado em dois dias diferentes --

repeat visits to the clinic.

visitas repetidas à clínica.

This individual has parainfluenza-1,

Este indívíduo tem parainfluenza-1,

and you can see that there's a little stripe over here

e você pode ver que existe uma pequena faixa aqui

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

para o vírus Sendai: isso é parainfluenza de ratos.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

As relações genéticas são muito próximas aqui. Isso é muito divertido.

So, we built out the chip.

Então, nós construímos o chip.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Nós fizemos um chip que tem todos os tipos de vírus já conhecidos e descobertos.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Por que não? Cada vírus de planta, cada vírus de inseto, cada vírus marinho.

Everything that we could get out of GenBank --

Tudo que nós podemos pegar do GenBank --

that is, the national repository of sequences.

isto é, o repositório nacional de sequências.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Agora nós estamos usando esse chip. E para que nós estamos usando ele?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Bem, primeiro de tudo, quando você tem um chip grande como esse,

you need a little bit more informatics,

você precisa de um pouco mais de informática,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

então nós desenvolvemos o sistema para fazer diagnósticos automáticos.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

E a idéia é, nós simplesmente temos padrões virtuais --

because we're never going to get samples of every virus --

porque nós nunca vamos ter amostras de todos os vírus;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

e isto seria praticamente impossível. Mas nós podemos ter padrões virtuais,

and compare them to our observed result --

e compará-los com nossos resultados observados,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

o que é uma mistura muito complexa, e vem com um tipo de escore

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

da probabilidade de que seja um rhinovirus ou algo assim.

And this is what this looks like.

E isso é com que isso se parece.

If, for example, you used a cell culture

Se, por exemplo, você usar uma cultura de células

that's chronically infected with papilloma,

que está cronicamente infectada com papiloma,

you get a little computer readout here,

você tem uma pequena leitura de computador aqui,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

e nosso algoritmo diz que é provavelmente papiloma tipo 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

E isto é, de fato, com o que essas culturas de células em particular

are chronically infected with.

estão cronicamente infectadas.

So let's do something a little bit harder.

Então vamos fazer algo um pouco mais complicado.

We put the beeper in the clinic.

Nós colocamos um bip na clínica.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Quando alguém aparece, e o hospital não sabe o que fazer

because they can't diagnose it, they call us.

por que eles não conseguem diagnosticar, eles ligam para nós.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Essa é a idéia, e nós estamos estabelecendo isso perto de San Fransisco.

And so, this case report happened three weeks ago.

E então, esse relato de caso aconteceu três semanas atrás.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Nós temos uma mulher saudável de 28 anos, sem histórico de viagem,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

(inaudível), não fuma, não bebe.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

10 dias de histórico de febre, suores noturnos, catarro com sangue --

she's coughing up blood -- muscle pain.

ela está tossindo sangue -- dor muscular.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Ela foi para a clínica, e eles lhe deram antibióticos, certo,

and then sent her home.

e depois a mandaram para casa.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Ela voltou depois de dez dias de febre, certo -- ainda tem febre --

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

e ela está hipoxica -- ela não tem muito oxigênio nos seus pulmões.

They did a CT scan.

Eles fizeram uma tomografia.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Um pulmão normal estaria meio escuro e preto aqui.

All this white stuff -- it's not good.

Toda essa parte branca -- não é bom.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Essa formação parecida com uma árvore e brotos indica que tem uma inflamação;

there's likely to be infection.

provavelmente tem uma infecção.

OK. So, the patient was treated then

OK. Então, o paciente foi tratado na época

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

com um antibiótico de terceira geração cefalosporina, e doxiciclina,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

e no terceiro dia, não ajudou: ela continuou até falência aguda.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Eles tiveram que entubá-la, então eles colocaram um tubo na garganta dela

and they began to mechanically ventilate her.

e eles começaram a ventilá-la mecanicamente.

She could no longer breathe for herself.

Ela não podia mais respirar sozinha.

What to do next? Don't know.

O que fazer depois? Não sei.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Mudar os antibióticos, então eles trocaram para outro antibiótico,

Tamiflu.

e Tamiflu, que --

It's not clear why they thought she had the flu,

não está claro porque eles acharam que ela tinha a gripe --

but they switched to Tamiflu.

mas eles trocaram para Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

E no sexto dia, eles basicamente pediram arrego.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

Você faz uma biópsia de pulmão aberto quando você não tem nenhuma outra opção.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Existe uma taxa de mortalidade de oito por cento apenas por realizar esse procedimento,

and so basically -- and what do they learn from it?

e então basicamente -- e o que eles aprenderam com isso?

You're looking at her open lung biopsy.

Você está olhando para a biopsia de pulmão aberto dela.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

E eu não sou patologista, mas você pode dizer muito a partir disso.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Tudo o que você pode dizer é, existe muito inchaço: bronquiolite.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Não era revelador: esse foi o relatório do patologista.

And so, what did they test her for?

E então, para o que ela foi testada?

They have their own tests, of course,

Eles têm seus próprios testes, claro,

and so they tested her for over 70 different assays,

e então eles a testaram para mais de 70 diferentes combinações,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

para cada tipo de bactéria e fungos e combinações de vírus

you can buy off the shelf:

que você pode comprar na pronta entrega.

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- todos esses.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Todos foram negativos. Mais de 100.000 dólares gastos com exames.

I mean, they went to the max for this woman.

Quero dizer, eles fizeram o máximo por essa mulher.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

E basicamente no oitavo dia de hospitalização, eles nos chamaram.

They gave us endotracheal aspirate --

Eles nos deram uma aspiração endotraqueal --

you know, a little fluid from the throat,

você sabe, um pouco de fluido da garganta,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

deste tubo que eles colocaram lá -- e eles nos deram isto.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Nós colocamos no chip; o que nós vimos? Bem, nós vimos parainfluenza-4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Bem, que diabos é parainfluenza-4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Ninguém testa para parainfluenza-4. Ninguém liga para isso.

In fact, it's not even really sequenced that much.

Na verdade, não é nem muito sequenciada.

There's just a little bit of it sequenced.

Existe apenas um pedacinho dela que é sequenciado.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Quase não existe nenhum estudo epidemiológico para ela.

No one would even consider it,

Ninguém nunca consideraria,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

porque ninguém tinha idéia que poderia causar falência respiratória.

And why is that? Just lore. There's no data --

E por que isso? Apenas senso comum. Não existem dados --

no data to support whether it causes severe or mild disease.

nenhum dado para determinar se causa uma doença severa ou leve.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Claramente, nós temos um caso de uma pessoa saudável que está piorando.

OK, that's one case report.

OK, este é um relato de caso.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Eu vou dizer a vocês uma última coisa nestes últimos dois minutos

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

isto não é publicado -- irá sair amanhã --

and it's an interesting case of how you might use this chip

e é um caso interessante de como você pode usar esse chip

to find something new and open a new door.

para encontrar algo novo e abrir uma nova porta.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Câncer de próstata. Eu não preciso mostrar muita estatística para vocês

about prostate cancer. Most of you already know it:

sobre câncer de próstata. A maioria de vocês já conhece:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

a terceira principal causa de fatalidades nos EUA.

Lots of risk factors,

Vários fatores de risco,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

mas aqui está uma predisposição genética para o câncer de próstata.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

Para talvez cerca de 10 por cento dos câncers de próstata,

there are folks that are predisposed to it.

existem pessoas que são predispostas a ele.

And the first gene that was mapped in association studies

E o primeiro gene que foi mapeado nos estudos de associação

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

para isso, câncer de próstata que ocorre prematuramente, foi esse gene chamado RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

O que é isso? É uma enzima de defesa antiviral.

So, we're sitting around and thinking,

Então, nós estamos sentados pensando,

"Why would men who have the mutation --

Por que os homens que têm essa mutação,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

um defeito no sistema de defesa antiviral, têm câncer de próstata?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Não faz sentido -- a não ser que, talvez, exista um vírus.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Então, nós colocamos tumores -- e agora nós temos mais de 100 tumores -- na nossa coleção.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

E nós sabemos quem tem defeitos em RNASEL e quem não tem.

And I'm showing you the signal from the chip here,

E eu estou mostrando para vocês o sinal do chip aqui,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

e eu estou mostrando para vocês o bloco dos oligos de retrovírus.

And what I'm telling you here from the signal, is

E o que eu estou dizendo para vocês aqui a partir deste sinal é,

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

que homens que têm uma mutilação nesta enzima de defesa antiviral,

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

e quem tem um tumor, geralmente tem -- 40 por cento das vezes --

a signature which reveals a new retrovirus.

uma assinatura que revela um novo retrovirus.

OK, that's pretty wild. What is it?

OK, isso é bem louco. O que é isso?

So, we clone the whole virus.

Então, nós clonamos o vírus inteiro.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

Primeiro de tudo, eu vou dizer a vocês o que uma pequena predição automática nos disse

it was very similar to a mouse virus.

que era muito semelhante à um vírus de rato.

But that doesn't tell us too much,

Mas isso não nos diz muita coisa,

so we actually clone the whole thing.

então nós clonamos a coisa toda.

And the viral genome I'm showing you right here?

E o genoma viral que eu estou mostrando para vocês aqui?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

É um clássico gamma retrovirus, mas é totalmente novo;

no one's ever seen it before.

ninguém tinha visto isso antes.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Seu parente mais próximo é, na verdade, de ratos,

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

e então nós chamariamos isso de um retrovirus xenotropico,

because it's infecting a species other than mice.

porque está infectando uma espécie que não é ratos.

And this is a little phylogenetic tree

E esta é uma pequena árvore filogenética

to see how it's related to other viruses.

para ver como ele é relacionado a outros vírus.

We've done it for many patients now,

E então o que nós fizemos para muitos pacientes agora,

and we can say that they're all independent infections.

e nós podemos dizer que elas são todas infecções independentes.

They all have the same virus,

Eles todos têm o mesmo vírus,

but they're different enough that there's reason to believe

mas eles são diferentes o suficiente para que não haja nenhuma razão para acreditar

that they've been independently acquired.

que eles foram adquiridos independentemente.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Está realmente no tecido? E eu vou finalizar com isso. Sim.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Nós pegamos pedaços dessas biópsias do tecido do tumor

and use material to actually locate the virus,

e usamos materiais para localizar o vírus,

and we find cells here with viral particles in them.

e nós encontramos células aqui com partículas virais nelas.

These guys really do have this virus.

Esses caras realmente têm esses vírus.

Does this virus cause prostate cancer?

Esse vírus causa o câncer de próstata?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Nada do que eu estou dizendo aqui implica em casualidade. Eu não sei.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

É um link para a oncogênese? Eu não sei.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

É o caso acreditar que esses caras são mais susceptíveis aos vírus?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

Pode ser. E isso pode não ter nada a ver com o câncer.

But now it's a door.

Mas agora é uma porta.

We have a strong association between the presence of this virus

Nós temos uma forte associação entre a presença deste vírus

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

e uma mutação genética que está relacionada com o câncer.

That's where we're at.

É aqui que nós estamos.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Então, tenho medo que isso gere mais perguntas do que respostas,

but that's what, you know, science is really good at.

mas isso é para o que, você sabe, a ciência é muito boa.

This was all done by folks in the lab --

Isto tudo feito por pessoas no laboratório;

I cannot take credit for most of this.

Eu não posso ficar com os créditos pela a maioria disso.

This is a collaboration between myself and Don.

Isto é uma colaboração entre mim e Don.

This is the guy who started the project in my lab,

Este é o cara que começou esse projeto no meu laboratório,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

e este é o cara que vem fazendo as coisas de próstata.

Thank you very much. (Applause)

Muito obrigado.