Joe DeRisi: Hunting the next killer virus

Le ViroScan de Joe DeRisi élucide des mystères médicaux

Traducteur: Veronique Stone Relecteur: Nicolas Thomas

How can we investigate

Comment se fait-il, comment pouvons-nous étudier

this flora of viruses that surround us, and aid medicine?

cette flore virale qui nous entoure, et aider la médecine?

How can we turn our cumulative knowledge of virology

Comment pouvons-nous transformer notre connaissance cumulative de la virologie

into a simple, hand-held, single diagnostic assay?

en un simple test de diagnostique, portable et unique.

I want to turn everything we know right now about detecting viruses

Je veux transformer tout ce que nous savons aujourd'hui sur la détection des virus

and the spectrum of viruses that are out there

et sur l'éventail des virus existant

into, let's say, a small chip.

en, comment dirai-je, une petite puce.

When we started thinking about this project --

Quand nous avons commencé à réfléchir à ce projet --

how we would make a single diagnostic assay

comment fabriquer un test de diagnostique unique

to screen for all pathogens simultaneously --

pour dépister tous les agents pathogènes à la fois --

well, there's some problems with this idea.

eh bien, cette idée posait plusieurs problèmes.

First of all, viruses are pretty complex,

Tout d'abord, les virus sont assez complexes,

but they're also evolving very fast.

mais ils évoluent aussi très rapidement.

This is a picornavirus.

Ceci est un picornavirus.

Picornaviruses -- these are things that include

Les picornavirus -- ce sont des choses dont font partie

the common cold and polio, things like this.

le rhume commun et la polio, ce genre de choses.

You're looking at the outside shell of the virus,

Ce que vous voyez, c'est la coque du virus,

and the yellow color here are those parts of the virus

et la couleur jaune représente les parties du virus

that are evolving very, very fast,

qui évoluent très, très vite,

and the blue parts are not evolving very fast.

et les parties bleues n'évoluent pas très vite.

When people think about making pan-viral detection reagents,

Quand on réfléchit à la fabrication d'un réactif de détection de tous les virus,

usually it's the fast-evolving problem that's an issue,

habituellement c'est l'évolution rapide qui pose problème,

because how can we detect things if they're always changing?

car comment pouvons-nous détecter des choses si elles changent constamment?

But evolution is a balance:

Mais l'évolution est un équilibre:

where you have fast change, you also have ultra-conservation --

là où vous avez des changements rapides, vous avez aussi de l'ultra-conservation --

things that almost never change.

des choses qui ne changent pratiquement jamais.

And so we looked into this a little more carefully,

Et donc nous avons étudié cela d'un peu plus près,

and I'm going to show you data now.

et je vais maintenant vous montrer des données.

This is just some stuff you can do on the computer from the desktop.

C'est un truc simple que l'on peut faire sur un ordinateur dans son bureau.

I took a bunch of these small picornaviruses,

J'ai pris une poignée de ces petits picornavirus,

like the common cold, like polio and so on,

tels que le rhume commun, la polio, et ainsi de suite,

and I just broke them down into small segments.

et je les ai simplement décomposés en petits segments,

And so took this first example, which is called coxsackievirus,

et ainsi j'ai pris ce premier exemple, qui s'appelle le virus Coxsackie,

and just break it into small windows.

et je l'ai simplement décomposé en petites fenêtres.

And I'm coloring these small windows blue

Et je colorie ces petites fenêtres en bleu

if another virus shares an identical sequence in its genome

si un autre virus possède une séquence identique dans son génome

to that virus.

à celle de ce virus.

These sequences right up here --

Ces séquences tout en haut --

which don't even code for protein, by the way --

qui ne codent même pas de protéine, soit dit en passant --

are almost absolutely identical across all of these,

sont pratiquement entièrement identiques pour tous ceux-ci,

so I could use this sequence as a marker

donc je peux utiliser cette séquence comme un marqueur

to detect a wide spectrum of viruses,

pour dépister un large éventail de virus,

without having to make something individual.

sans avoir besoin de fabriquer quelque chose pour chacun.

Now, over here there's great diversity:

Bon, par ici il y a une grande diversité:

that's where things are evolving fast.

c'est là que les choses évoluent rapidement.

Down here you can see slower evolution: less diversity.

Là en bas vous pouvez voir une évolution plus lente: moins de diversité.

Now, by the time we get out here to, let's say,

Bon, une fois que l'on arrive ici, voyons,

acute bee paralysis virus --

le virus de la paralysie aiguë de l'abeille --

probably a bad one to have if you're a bee ---

probablement un qu'il ne fait pas bon d'avoir si vous êtes une abeille --

this virus shares almost no similarity to coxsackievirus,

ce virus ne partage pratiquement aucune similarité avec le virus Coxsackie,

but I can guarantee you that the sequences that are most conserved

mais je peux vous garantir que les séquences qui sont le plus conservées,

among these viruses on the right-hand of the screen

parmi ces virus à la droite de l'écran

are in identical regions right up here.

le sont dans des régions identiques tout en haut.

And so we can encapsulate these regions of ultra-conservation

Donc nous pouvons incarner ces régions d'ultra-conservation

through evolution -- how these viruses evolved --

tout au long de l'évolution -- la manière dont ces virus ont évolués --

by just choosing DNA elements or RNA elements

en choisissant simplement des éléments d'ADN ou d'ARN

in these regions to represent on our chip as detection reagents.

dans ces régions pour les représenter sur notre puce en tant que réactifs de dépistage.

OK, so that's what we did, but how are we going to do that?

OK, donc c'est ce que nous avons fait, mais comment allons-nous faire cela?

Well, for a long time, since I was in graduate school,

Bon, pendant longtemps, depuis que j'étais en troisième cycle à l'université,

I've been messing around making DNA chips --

je me suis amusé à fabriquer des puces ADN --

that is, printing DNA on glass.

c'est à dire, à imprimer de l'ADN sur du verre.

And that's what you see here:

Et c'est ce qu'on voit ici:

These little salt spots are just DNA tacked onto glass,

Ces petits grains de sel sont simplement de l'ADN fixé sur du verre,

and so I can put thousands of these on our glass chip

et je peux donc en mettre des milliers sur notre puce en verre

and use them as a detection reagent.

et les utiliser comme des réactifs de détection.

We took our chip over to Hewlett-Packard

Nous avons amené notre puce chez Hewlett-Packard

and used their atomic force microscope on one of these spots,

et avons utilisé leur microscope à force atomique sur un de ces points,

and this is what you see:

et voici ce que l'on voit:

you can actually see the strands of DNA lying flat on the glass here.

on peut vraiment voir les brins d'ADN couchés sur le verre ici.

So, what we're doing is just printing DNA on glass --

Donc, on imprime juste de l'ADN sur du verre-

little flat things -- and these are going to be markers for pathogens.

ces petits trucs plats -- et ils vont servir de marqueurs pour agents pathogènes.

OK, I make little robots in lab to make these chips,

OK, je fabrique des petits robots dans le laboratoire pour fabriquer ces puces,

and I'm really big on disseminating technology.

et j'aime beaucoup disséminer la technologie.

If you've got enough money to buy just a Camry,

Si vous avez assez d'argent pour vous acheter une Toyota Camry,

you can build one of these too,

vous pouvez aussi construire un de ceux là,

and so we put a deep how-to guide on the Web, totally free,

et nous avons mis un manuel détaillé sur internet, entièrement gratuit,

with basically order-off-the-shelf parts.

avec des pièces standard du commerce --

You can build a DNA array machine in your garage.

on peut construire une machine à fabriquer des puces ADN dans son garage.

Here's the section on the all-important emergency stop switch.

Voici la partie qui traite de ce bouton capital, le bouton d'arrêt en cas d'urgence.

(Laughter)

(Rires)

Every important machine's got to have a big red button.

Toute machine importante doit avoir un gros bouton rouge.

But really, it's pretty robust.

Mais en réalité, c'est assez solide.

You can actually be making DNA chips in your garage

On peut vraiment fabriquer des puces ADN dans son garage,

and decoding some genetic programs pretty rapidly. It's a lot of fun.

et décoder des programmes génétiques assez rapidement. C'est très amusant.

(Laughter)

(Rires)

And so what we did -- and this is a really cool project --

Et donc ce que nous avons fait -- et c'est vraiment un super projet --

we just started by making a respiratory virus chip.

nous avons simplement commencé par faire une puce des virus respiratoires.

I talked about that --

J'en ai parlé --

you know, that situation where you go into the clinic

vous savez, quand on va dans un centre de consultation

and you don't get diagnosed?

et qu'on ne diagnostique pas ce que l'on a?

Well, we just put basically all the human respiratory viruses

Bon, en gros nous avons mis tous les virus respiratoires humains

on one chip, and we threw in herpes virus for good measure --

sur une puce, et nous avons rajouté le virus de l'herpès pour faire bonne mesure --

I mean, why not?

Après tout, pourquoi pas?

The first thing you do as a scientist is,

La première chose que l'on fait en tant que scientifique est de

you make sure stuff works.

s'assurer que ça marche.

And so what we did is, we take tissue culture cells

Et donc nous avons simplement pris des cellules de culture tissulaire

and infect them with various viruses,

et nous les avons infectées avec plusieurs virus,

and we take the stuff and fluorescently label the nucleic acid,

et nous les prenons et nous marquons de façon fluorescente l'acide nucléique,

the genetic material that comes out of these tissue culture cells --

le matériel génétique qui provient de ces cellules de culture tissulaire --

mostly viral stuff -- and stick it on the array to see where it sticks.

principalement viral -- et on le met sur la puce pour voir où il se colle.

Now, if the DNA sequences match, they'll stick together,

Or, si les séquences d'ADN correspondent, ils se collent ensemble,

and so we can look at spots.

et donc nous pouvons regarder les points.

And if spots light up, we know there's a certain virus in there.

Et si les points s'éclairent, nous savons qu'il y a un certain virus là dedans.

That's what one of these chips really looks like,

Voilà ce à quoi ressemble vraiment une de ces puces,

and these red spots are, in fact, signals coming from the virus.

et ces points rouges sont en fait des signaux qui proviennent des virus.

And each spot represents a different family of virus

Et chaque point représente une famille de virus différente

or species of virus.

ou une espèce de virus différente.

And so, that's a hard way to look at things,

Et donc, c'est une façon compliquée de regarder les choses,

so I'm just going to encode things as a little barcode,

donc je vais juste coder ça comme des petits codes barres

grouped by family, so you can see the results in a very intuitive way.

regroupés par famille, pour que l'on puisse voir les résultats de façon intuitive.

What we did is, we took tissue culture cells

Voilà ce que nous avons fait, nous avons pris des cellules de culture tissulaire

and infected them with adenovirus,

et les avons infectées avec des adénovirus,

and you can see this little yellow barcode next to adenovirus.

et vous pouvez voir ce petit code barre jaune à côté des adénovirus.

And, likewise, we infected them with parainfluenza-3 --

Et, de même, nous les avons infectées avec le virus para-grippal de type 3 --

that's a paramyxovirus -- and you see a little barcode here.

c'est un paramyxovirus -- et vous voyez un petit code barre ici.

And then we did respiratory syncytial virus.

Et ensuite nous nous sommes occupé du virus respiratoire syncytial.

That's the scourge of daycare centers everywhere --

C'est partout un fléau pour les crèches --

it's like boogeremia, basically.

c'est comme une épidémie de crottes du nez.

(Laughter)

(Rires)

You can see that this barcode is the same family,

Vous pouvez voir -- vous pouvez voir que ce code barre est de la même famille,

but it's distinct from parainfluenza-3,

mais qu'il est distinct de la para-grippe de type 3,

which gives you a very bad cold.

lequel vous donne un très mauvais rhume.

And so we're getting unique signatures, a fingerprint for each virus.

Et ainsi nous obtenons des signatures uniques, une empreinte pour chaque virus.

Polio and rhino: they're in the same family, very close to each other.

Polio et rhino: ils sont dans la même famille, très proches l'un de l'autre.

Rhino's the common cold, and you all know what polio is,

Rhino est le rhume commun, et vous savez tous ce qu'est la polio,

and you can see that these signatures are distinct.

et vous pouvez voir que ces signatures sont distinctes.

And Kaposi's sarcoma-associated herpes virus

Et le virus de l'herpès associé au sarcome de Kaposi

gives a nice signature down here.

nous donne une jolie petite signature ici en-bas.

And so it is not any one stripe or something

Et ainsi ce n'est pas n'importe quelle bande ou truc

that tells me I have a virus of a particular type here;

qui nous dit que nous avons un virus d'un type particulier ici;

it's the barcode that in bulk represents the whole thing.

c'est le code barre qui dans son ensemble le représente entièrement.

All right, I can see a rhinovirus --

D'accord, je peux voir un rhinovirus --

and here's the blow-up of the rhinovirus's little barcode --

et voici un agrandissement du petit code barre du rhinovirus --

but what about different rhinoviruses?

mais qu'en est-il des différents rhinovirus?

How do I know which rhinovirus I have?

Comment est-ce que je sais quel rhinovirus j'ai?

There're 102 known variants of the common cold,

Il y a 102 variantes connues du rhume commun,

and there're only 102 because people got bored collecting them:

et il n'y en a que 102 parce que les gens ont en eu marre de les recueillir:

there are just new ones every year.

il y en a simplement de nouveaux qui apparaissent chaque année.

And so, here are four different rhinoviruses,

Et donc voici quatre rhinovirus différents,

and you can see, even with your eye,

et vous pouvez voir, même à l'oeil nu,

without any fancy computer pattern-matching

sans aucun de ces programmes informatiques sophistiqués

recognition software algorithms,

de reconnaissance des formes,

that you can distinguish each one of these barcodes from each other.

que vous pouvez distinguer chacun de ces codes barres des autres.

Now, this is kind of a cheap shot,

Bon, c'est un peu de la triche,

because I know what the genetic sequence of all these rhinoviruses is,

parce que je connais la séquence génétique de tous ces rhinovirus

and I in fact designed the chip

et j'ai en fait conçu cette puce

expressly to be able to tell them apart,

expressément pour être capable de les distinguer,

but what about rhinoviruses that have never seen a genetic sequencer?

mais qu'en est-il des rhinovirus qui n'ont jamais vu un séquenceur génétique?

We don't know what the sequence is; just pull them out of the field.

Nous ne savons pas quelle est leur séquence, on les a juste sortis du terrain.

So, here are four rhinoviruses

Donc, voici quatre rhinovirus

we never knew anything about --

dont on ne connait rien --

no one's ever sequenced them -- and you can also see

personne ne les a jamais séquencés -- et vous pouvez aussi voir

that you get unique and distinguishable patterns.

que l'on obtient des modèles uniques et reconnaissables.

You can imagine building up some library, whether real or virtual,

On peut imaginer construire une collection, réelle ou virtuelle,

of fingerprints of essentially every virus.

des empreintes de chaque virus.

But that's, again, shooting fish in a barrel, you know, right?

Mais ça aussi c'est un combat gagné d'avance, vous savez, n'est-ce pas?

You have tissue culture cells. There are a ton of viruses.

On a des cellules de culture tissulaire: il y a une tonne de virus.

What about real people?

Qu'en est-il des vrais gens?

You can't control real people, as you probably know.

On ne peut pas contrôler les vrais gens, comme vous le savez probablement.

You have no idea what someone's going to cough into a cup,

On n'a aucune idée de ce que quelqu'un va tousser dans un gobelet,

and it's probably really complex, right?

et c'est probablement vraiment complexe, n'est-ce pas?

It could have lots of bacteria, it could have more than one virus,

Il peut y avoir beaucoup de bactéries, il peut y avoir plus d'un virus,

and it certainly has host genetic material.

et il y a certainement du matériel génétique de l'hôte,

So how do we deal with this?

donc comment aborde t-on cela?

And how do we do the positive control here?

Et comment faisons-nous un contrôle positif dans ce cas?

Well, it's pretty simple.

Eh bien, c'est assez simple.

That's me, getting a nasal lavage.

Ça c'est moi, subissant un lavage nasal.

And the idea is, let's experimentally inoculate people with virus.

Et l'idée c'est, inoculons expérimentalement un virus à des personnes

This is all IRB-approved, by the way; they got paid.

et ainsi nous -- ceci a été approuvé par le Comité d'éthique médicale, au fait, ils sont payés.

And basically we experimentally inoculate people

Et en gros nous inoculons expérimentalement aux gens

with the common cold virus.

le virus du rhume commun.

Or, even better, let's just take people

Ou, encore mieux, prenons simplement des gens

right out of the emergency room --

directement des urgences --

undefined, community-acquired respiratory tract infections.

des infections communautaires des voies respiratoires non définies.

You have no idea what walks in through the door.

Vous n'avez pas idée de tout ce que nous voyons arriver.

So, let's start off with the positive control first,

Bien, commençons d'abord par le contrôle positif,

where we know the person was healthy.

celui où nous savons que la personne était en bonne santé.

They got a shot of virus up the nose,

On leur fait une injection de virus dans le nez,

let's see what happens.

voyons ce qui arrive.

Day zero: nothing happening.

Premier jour: rien ne se passe.

They're healthy; they're clean -- it's amazing.

Ils sont en bonne santé; ils sont propres -- c'est incroyable.

Actually, we thought the nasal tract might be full of viruses

En fait, on pensait que les voies nasales pourraient être pleines de virus

even when you're walking around healthy.

même quand on se balade en bonne santé.

It's pretty clean. If you're healthy, you're pretty healthy.

Elles sont plutôt propres. Si on est en bonne santé, on est en assez bonne santé.

Day two: we get a very robust rhinovirus pattern,

Troisième jour: on obtient un modèle de rhinovirus très marqué,

and it's very similar to what we get in the lab

et ça ressemble beaucoup à ce que nous obtenons en labo

doing our tissue culture experiment.

quand nous faisons notre expérience avec une culture tissulaire.

So that's great, but again, cheap shot, right?

Donc c'est super, mais encore une fois, c'est de la triche, d'accord?

We put a ton of virus up this guy's nose. So --

On injecte une tonne de virus dans le nez de ce type. Donc --

(Laughter)

(Rires)

-- I mean, we wanted it to work. He really had a cold.

-- Je veux dire, nous voulions que ça marche. Je veux dire, il a vraiment eu un rhume.

So, how about the people who walk in off the street?

Bon, et les gens qui viennent directement de l'extérieur?

Here are two individuals represented by their anonymous ID codes.

Voici donc deux individus représentés par leurs codes d'identité anonymes.

They both have rhinoviruses; we've never seen this pattern in lab.

Tous les deux ont des rhinovirus; nous n'avons jamais vu ce modèle en labo.

We sequenced part of their viruses;

Nous séquençons une partie de leurs virus;

they're new rhinoviruses no one's actually even seen.

ce sont de nouveaux rhinovirus que vraiment personne n'a jamais vu.

Remember, our evolutionary-conserved sequences

Rappelez-vous, nos séquences conservées malgré l'évolution

we're using on this array allow us to detect

que nous utilisons sur cette puce nous permettent de détecter

even novel or uncharacterized viruses,

des virus même non-caractérisés ou nouveaux,

because we pick what is conserved throughout evolution.

parce que nous sélectionnons ce qui est conservé tout au long de l'évolution.

Here's another guy. You can play the diagnosis game yourself here.

Voici un autre type. Vous pouvez jouer au jeu du diagnostic.

These different blocks represent

Ces différents blocs représentent

the different viruses in this paramyxovirus family,

les différents virus de cette famille de paramyxovirus,

so you can kind of go down the blocks

donc vous pouvez prendre ces blocs un par un

and see where the signal is.

et voir où est le signal.

Well, doesn't have canine distemper; that's probably good.

Bien, il n'a pas la maladie de Carré des chiens, ce qui est probablement une bonne chose.

(Laughter)

(Rires)

But by the time you get to block nine,

Mais quand on arrive au bloc numéro neuf,

you see that respiratory syncytial virus.

on voit ce virus syncytial respiratoire.

Maybe they have kids. And then you can see, also,

Peut-être ont-ils des enfants. Et puis on peut aussi voir

the family member that's related: RSVB is showing up here.

le membre de la famille qui est lié: on peut voir ici le sous-type B du VSR.

So, that's great.

Bon, c'est super.

Here's another individual, sampled on two separate days --

Voici un autre individu, pour lequel on a prélevé des échantillons sur deux jours différents --

repeat visits to the clinic.

visites répétées au centre de consultation.

This individual has parainfluenza-1,

Cet individu a le virus paragrippal de type 1,

and you can see that there's a little stripe over here

et on peut voir qu'il y a cette petite bande par ici

for Sendai virus: that's mouse parainfluenza.

pour le virus de Sendai: c'est la paragrippe de la souris.

The genetic relationships are very close there. That's a lot of fun.

La parenté génétique est très proche là. C'est très amusant.

So, we built out the chip.

Donc, nous avons construit la puce.

We made a chip that has every known virus ever discovered on it.

Nous avons fabriqué une puce sur laquelle il y a tous les virus connus.

Why not? Every plant virus, every insect virus, every marine virus.

Pourquoi pas? Tous les virus de plantes, tous les virus d'insectes, tous les virus marins.

Everything that we could get out of GenBank --

Tout ce que nous avons pu obtenir de la banque de gènes GenBank --

that is, the national repository of sequences.

qui est le dépôt national des séquences.

Now we're using this chip. And what are we using it for?

Maintenant nous utilisons cette puce. Et pour quoi l'utilisons-nous?

Well, first of all, when you have a big chip like this,

Bon, d'abord, quand on a une grosse puce comme celle-ci,

you need a little bit more informatics,

on a besoin d'un peu plus d'informatique,

so we designed the system to do automatic diagnosis.

donc nous avons conçu un système pour faire le diagnostique automatiquement.

And the idea is that we simply have virtual patterns,

Et l'idée c'est que, nous avons simplement des modèles virtuels --

because we're never going to get samples of every virus --

parce que nous n'aurons jamais des échantillons de chaque virus;

it would be virtually impossible. But we can get virtual patterns,

cela serait pratiquement impossible. Mais nous pouvons obtenir des modèles virtuels,

and compare them to our observed result --

et les comparer au résultat observé,

which is a very complex mixture -- and come up with some sort of score

qui est un mélange très complexe, et suggérer une sorte de note

of how likely it is this is a rhinovirus or something.

qui donne la probabilité que ce soit un rhinovirus ou autre chose.

And this is what this looks like.

Et voici à quoi ça ressemble.

If, for example, you used a cell culture

Si, par exemple, on utilise une cellule de culture

that's chronically infected with papilloma,

qui est infectée de façon chronique avec un papillome,

you get a little computer readout here,

voici ce qui s'affiche sur l'ordinateur,

and our algorithm says it's probably papilloma type 18.

et notre algorithme dit qu'il s'agit probablement du papillome de type 18.

And that is, in fact, what these particular cell cultures

Et c'est, en fait, ce avec quoi ces cellules-là

are chronically infected with.

sont infectées de façon chronique.

So let's do something a little bit harder.

Bon, faisons quelque chose d'un peu plus difficile.

We put the beeper in the clinic.

Nous mettons le beeper dans le centre de consultation.

When somebody shows up, and the hospital doesn't know what to do

Quand quelqu'un se présente, et que l'hôpital ne sait pas quoi faire

because they can't diagnose it, they call us.

parce qu'ils ne peuvent pas faire de diagnostique, ils nous appellent.

That's the idea, and we're setting this up in the Bay Area.

Voilà l'idée, et nous la mettons en place dans la région de San Francisco.

And so, this case report happened three weeks ago.

Et donc, il y a trois semaines ce cas nous a été signalé.

We have a 28-year-old healthy woman, no travel history,

Nous avons une femme de 28 ans en bonne santé, qui n'a pas voyagé,

[unclear], doesn't smoke, doesn't drink.

[indistinct], qui ne fume pas, qui ne boit pas.

10-day history of fevers, night sweats, bloody sputum --

10 jours de fièvre, de sueurs nocturnes, d'expectorations sanglantes --

she's coughing up blood -- muscle pain.

elle crache du sang -- de douleurs musculaires.

She went to the clinic, and they gave her antibiotics

Elle est allée au centre de consultation, et ils lui ont donné des antibiotiques, bien,

and then sent her home.

et puis ils l'ont renvoyée chez elle.

She came back after ten days of fever, right? Still has the fever,

Elle est revenue après dix jours de fièvre -- elle a toujours de la fièvre --

and she's hypoxic -- she doesn't have much oxygen in her lungs.

et elle souffre d'hypoxie -- elle n'a pas beaucoup d'oxygène dans les poumons.

They did a CT scan.

Ils lui ont fait un CT scan.

A normal lung is all sort of dark and black here.

Un poumon normal est tout bleu et noir ici.

All this white stuff -- it's not good.

Tout ce blanc -- ce n'est pas bon.

This sort of tree and bud formation indicates there's inflammation;

Cette sorte de formation en arbre et en bourgeons indique qu'il y a une inflammation;

there's likely to be infection.

il y a probablement une infection.

OK. So, the patient was treated then

OK. Donc la patiente a alors été traitée

with a third-generation cephalosporin antibiotic and doxycycline,

avec une céphalosporine, un antibiotique de troisième génération, et de la doxycycline,

and on day three, it didn't help: she had progressed to acute failure.

et le troisième jour, ça n'avait rien fait: elle évolua vers une insuffisance aigüe.

They had to intubate her, so they put a tube down her throat

Ils ont dû l'intuber, donc ils lui ont mis un tube dans la gorge

and they began to mechanically ventilate her.

et ils ont commencé à la ventiler mécaniquement.

She could no longer breathe for herself.

Elle ne pouvait plus respirer par elle-même.

What to do next? Don't know.

Que faire maintenant? Pas d'idée.

Switch antibiotics: so they switched to another antibiotic,

Changer les antibiotiques, donc ils lui ont donné un autre antibiotique,

Tamiflu.

et du Tamiflu, qui --

It's not clear why they thought she had the flu,

ce n'est pas clair pourquoi ils pensaient qu'elle avait la grippe --

but they switched to Tamiflu.

mais ils l'ont mise sous Tamiflu.

And on day six, they basically threw in the towel.

Et le sixième jour, ils ont pratiquement jeté l'éponge.

You do an open lung biopsy when you've got no other options.

On pratique une biopsie pulmonaire ouverte quand on n'a pas d'autres choix.

There's an eight percent mortality rate with just doing this procedure,

Il y a un taux de mortalité de huit pour cent du simple fait de pratiquer cette intervention,

and so basically -- and what do they learn from it?

et donc en fait -- et que nous apprend-elle?

You're looking at her open lung biopsy.

Ce que vous regardez c'est sa biopsie pulmonaire ouverte.

And I'm no pathologist, but you can't tell much from this.

Je ne suis pas un pathologiste, mais on ne peut pas en déduire grand chose.

All you can tell is, there's a lot of swelling: bronchiolitis.

Tout ce qu'on peut dire c'est qu'il y a un oedème important: bronchiolite.

It was "unrevealing": that's the pathologist's report.

Ce n'était pas révélateur: c'est ce que dit le rapport du pathologiste.

And so, what did they test her for?

Et donc, ils lui firent subir quels tests?

They have their own tests, of course,

Ils ont leur propres tests, bien sûr,

and so they tested her for over 70 different assays,

et donc ils lui ont fait subir 70 tests différents,

for every sort of bacteria and fungus and viral assay

pour toutes les sortes de bactérie, mycose et virus

you can buy off the shelf:

que l'on peut acheter tout prêts:

SARS, metapneumovirus, HIV, RSV -- all these.

SRAS, métapneumovirus, VIH, VRS --tous ceux-là.

Everything came back negative, over 100,000 dollars worth of tests.

Tout est revenu négatif. Plus de 100.000 dollars de tests.

I mean, they went to the max for this woman.

Je veux dire, ils ont fait le maximum pour cette femme.

And basically on hospital day eight, that's when they called us.

Et en fait ils nous ont appelés lors de son huitième jour d'hospitalisation.

They gave us endotracheal aspirate --

Ils nous donnèrent une aspiration endotrachéale --

you know, a little fluid from the throat,

vous savez, un peu de liquide prélevé dans la gorge,

from this tube that they got down there -- and they gave us this.

venant du tube qu'ils lui avaient mis là -- et il nous le donnèrent.

We put it on the chip; what do we see? Well, we saw parainfluenza-4.

Nous l'avons mis sur la puce; qu'avons nous vu? Et bien, nous avons vu le virus paragrippal de type 4.

Well, what the hell's parainfluenza-4?

Mais, qu'est-ce-que ça peut bien être le virus paragrippal de type 4?

No one tests for parainfluenza-4. No one cares about it.

Personne ne fait de contrôle pour le virus paragrippal de type 4. Personne ne s'en soucie.

In fact, it's not even really sequenced that much.

En fait, il n'a pas vraiment été séquencé tant que ca.

There's just a little bit of it sequenced.

On n'en a séquencé qu'un petit bout.

There's almost no epidemiology or studies on it.

Il n'y a pratiquement pas eu de recherche épidémiologique ni d'études à son sujet.

No one would even consider it,

Personne ne l'a même envisagé,

because no one had a clue that it could cause respiratory failure.

parce que personne n'avait la moindre idée qu'il pouvait provoquer une insuffisance respiratoire.

And why is that? Just lore. There's no data --

Et pourquoi cela? La simple habitude. Il n'y a pas de donnés --

no data to support whether it causes severe or mild disease.

pas de données qui montrent s'il provoque une maladie grave ou bénigne.

Clearly, we have a case of a healthy person that's going down.

Manifestement, nous avons le cas d'une personne en bonne santé qui va de plus en plus mal.

OK, that's one case report.

OK, c'est le compte rendu d'un cas.

I'm going to tell you one last thing in the last two minutes

Je vais vous dire une dernière chose dans les deux minutes qui restent

that's unpublished -- it's going to come out tomorrow --

qui n'a pas été publiée -- cela va être rendu public demain --

and it's an interesting case of how you might use this chip

et c'est un exemple intéressant d'utilisation de cette puce

to find something new and open a new door.

pour trouver quelque chose de nouveau et ouvrir une nouvelle voie.

Prostate cancer. I don't need to give you many statistics

Le cancer de la prostate. Je n'ai pas besoin de vous donner plein de statistiques

about prostate cancer. Most of you already know it:

sur le cancer de la prostate. La plupart d'entre vous les connaissent déjà:

third leading cause of cancer deaths in the U.S.

la troisième cause de décès par cancer aux Etats-Unis.

Lots of risk factors,

Beaucoup de facteurs de risque,

but there is a genetic predisposition to prostate cancer.

mais il y a une prédisposition génétique au cancer de la prostate.

For maybe about 10 percent of prostate cancer,

Dans peut-être 10 pour cent des cancers de la prostate,

there are folks that are predisposed to it.

il y a des gens qui y sont prédisposés.

And the first gene that was mapped in association studies

Et le premier gène qui a été cartographié dans les études d'association

for this, early-onset prostate cancer, was this gene called RNASEL.

sur ça, le cancer de la prostate chez l'homme jeune, était le gène qui s'appelle RNASEL.

What is that? It's an antiviral defense enzyme.

Qu'est-ce que c'est? C'est une enzyme antivirale.

So, we're sitting around and thinking,

Donc nous restons assis à réfléchir,

"Why would men who have the mutation --

pourquoi les hommes qui ont cette mutation,

a defect in an antiviral defense system -- get prostate cancer?

un défaut dans le système de défense antiviral, développeraient-ils un cancer de la prostate?

It doesn't make sense -- unless, maybe, there's a virus?"

Ça n'est pas logique -- sauf si, peut-être, il y a un virus.

So, we put tumors --- and now we have over 100 tumors -- on our array.

Donc, nous avons mis des tumeurs -- et nous avons maintenant plus de 100 tumeurs -- sur notre puce.

And we know who's got defects in RNASEL and who doesn't.

Et nous savons qui a ou non un RNASEL défectueux.

And I'm showing you the signal from the chip here,

Et je vous montre ici le signal sur la puce,

and I'm showing you for the block of retroviral oligos.

et je vous le montre pour le bloc des oligos de rétrovirus.

And what I'm telling you here from the signal, is

Et ce que je vous dis ici à partir du signal est

that men who have a mutation in this antiviral defense enzyme,

que les hommes qui ont une mutation de cette enzyme antivirale,

and have a tumor, often have -- 40 percent of the time --

et qui ont une tumeur, ont souvent -- 40 pour cent des cas --

a signature which reveals a new retrovirus.

une signature qui révèle un nouveau rétrovirus.

OK, that's pretty wild. What is it?

OK, c'est plutôt fou. Qu'est-ce c'est?

So, we clone the whole virus.

Donc, nous clonons le virus en entier.

First of all, I'll tell you that a little automated prediction told us

D'abord, je vous dirai qu'une rapide prévision automatisée nous a dit

it was very similar to a mouse virus.

qu'il était très semblable à un virus de souris.

But that doesn't tell us too much,

Mais ça ne nous dit pas grand chose,

so we actually clone the whole thing.

donc nous l'avons vraiment cloné en entier.

And the viral genome I'm showing you right here?

Et le génome que je vous montre juste ici?

It's a classic gamma retrovirus, but it's totally new;

C'est un rétrovirus gamma classique, mais il est totalement nouveau;

no one's ever seen it before.

on ne l'avait jamais vu avant.

Its closest relative is, in fact, from mice,

Son plus proche parent vient, en fait, des souris,

and so we would call this a xenotropic retrovirus,

et donc nous l'appelons un rétrovirus xénotropique,

because it's infecting a species other than mice.

parce qu'il infecte une autre espèce que les souris.

And this is a little phylogenetic tree

Et ceci est un petit arbre phylogénétique

to see how it's related to other viruses.

pour voir quelles sont ses relations de parenté avec les autres virus.

We've done it for many patients now,

Et ensuite nous avons fait cela pour de nombreux patients,

and we can say that they're all independent infections.

et nous pouvons dire que toutes ces infections sont indépendantes.

They all have the same virus,

Ils ont tous le même virus,

but they're different enough that there's reason to believe

mais ils sont suffisamment différents pour qu'on ait des raisons de croire

that they've been independently acquired.

qu'ils ont été infecté indépendamment.

Is it really in the tissue? And I'll end up with this: yes.

Est-ce vraiment dans les tissus. Et je finirai là-dessus. Oui.

We take slices of these biopsies of tumor tissue

Nous prenons des coupes de ces biopsies de tissus tumoraux

and use material to actually locate the virus,

et utilisons ce matériel pour localiser vraiment les virus,

and we find cells here with viral particles in them.

et nous trouvons ici des cellules qui contiennent des particules virales.

These guys really do have this virus.

Ces types ont vraiment ce virus.

Does this virus cause prostate cancer?

Ce virus provoque-t-il le cancer de la prostate?

Nothing I'm saying here implies causality. I don't know.

Rien de ce que je dis ici n'implique la causalité. Je ne sais pas.

Is it a link to oncogenesis? I don't know.

Est-ce un lien vers l'oncogenèse? Je ne sais pas.

Is it the case that these guys are just more susceptible to viruses?

Est-ce parce que ces types sont davantage sujets aux virus?

Could be. And it might have nothing to do with cancer.

C'est possible. Et ça peut n'avoir rien à voir avec le cancer.

But now it's a door.

Mais maintenant ça ouvre une voie.

We have a strong association between the presence of this virus

Nous avons une forte association entre la présence de ce virus

and a genetic mutation that's been linked to cancer.

et une mutation génétique que l'on a liée au cancer.

That's where we're at.

Voilà où nous en sommes.

So, it opens up more questions than it answers, I'm afraid,

Donc, je crains que ça pose plus de questions que ça ne donne de réponses,

but that's what, you know, science is really good at.

mais ça, vous savez, c’est le point fort de la science.

This was all done by folks in the lab --

Tout cela est fait par les gens dans le labo;

I cannot take credit for most of this.

pour la majeure partie je ne peux pas m'en attribuer le mérite.

This is a collaboration between myself and Don.

C'est une collaboration entre moi-même et Don.

This is the guy who started the project in my lab,

C'est le type qui a commencé le projet dans mon labo,

and this is the guy who's been doing prostate stuff.

et lui c'est le type qui a fait les trucs sur la prostate.

Thank you very much. (Applause)

Merci beaucoup.