Jonathan Eisen: Meet your microbes

Translator: Morton Bast Reviewer: Thu-Huong Ha

Traducteur: Elisabeth Buffard Relecteur: Sylvain Herbaux

I'm going to start with a little story.

Je vais commencer par une petite histoire.

So, I grew up in this neighborhood. When I was 15 years old,

Donc, j'ai grandi dans ce quartier. Quand j'avais 15 ans,

I went from being what I think was a strapping young athlete,

j'ai cessé d'être ce que je pense que j'étais, un jeune athlète costaud,

over four months, slowly wasting away until

en quatre mois, je me suis étiolé lentement

I was basically a famine victim

jusqu'à ce que je sois en gros victime de famine

with an unquenchable thirst.

avec une soif inextinguible.

I had basically digested away my body.

En gros, j''avais digéré mon corps.

And this all came to a head when I was on a backpacking trip,

Et tout ça a atteint un paroxysme quand j'étais en randonnée,

my first one ever actually, on Old Rag Mountain

ma première randonnée en fait, sur Old Rag Mountain

in West Virginia, and was putting my face into puddles

en Virginie Occidentale et que je mettais mon visage dans des flaques d'eau

of water and drinking like a dog.

et je buvais comme un chien.

That night, I was taken into the emergency room

Cette nuit-là, j'ai été emmené aux urgences

and diagnosed as a type 1 diabetic in full-blown ketoacidosis.

et diagnostiqué comme diabétique de type 1 en pleine crise d'acidocétose.

And I recovered, thanks to the miracles of modern medicine,

Et j'ai récupéré, grâce aux miracles de la médecine moderne,

insulin and other things, and gained all my weight back and more.

l'insuline et d'autres choses et je suis revenu à mon poids initial, et je l'ai même dépassé.

And something festered inside me after this happened.

Et quelque chose a pourri à l'intérieur de moi après ça.

What I thought about was, what caused the diabetes?

Ce à quoi je pensais c'était, qu'est-ce qui a provoqué le diabète ?

You see, diabetes is an autoimmune disease

Vous voyez, le diabète est une maladie auto-immune

where your body fights itself, and at the time people thought

où votre corps se combat lui-même et à l'époque les gens pensaient que

that somehow maybe exposure to a pathogen

peut-être, d'une certaine façon, l'exposition à un agent pathogène

had triggered my immune system to fight the pathogen

avait déclenché mon système immunitaire pour qu'il lutte contre l'agent pathogène

and then kill the cells that make insulin.

et puis tue les cellules qui fabriquent l'insuline.

And this is what I thought for a long period of time,

Et c'est ce que j'ai pensé pendant longtemps,

and that's in fact what medicine and people have focused on quite a bit,

et c'est en fait ce sur quoi la médecine et les gens ont continué à se concentrer,

the microbes that do bad things.

les microbes qui font du mal.

And that's where I need my assistant here now.

Et c'est là que j'ai besoin de mon assistante.

You may recognize her.

Vous la reconnaissez peut-être.

So, I went yesterday, I apologize, I skipped a few of the talks,

Donc, je suis allé hier, je m'en excuse, j'ai séché quelques conférences,

and I went over to the National Academy of Sciences building,

et je suis allé à la National Academy of Sciences,

and they sell toys, giant microbes.

et ils vendent des jouets, des microbes géants.

And here we go!

Et c'est parti !

So you have caught flesh-eating disease if you caught that one.

Vous avez attrapé la maladie mangeuse de chair si vous avvez attrapé celui-là.

I gotta get back out my baseball ability here.

Il faut que je retrouve mes aptitudes au baseball ici.

(Laughter)

(Rires)

So, unfortunately or not surprisingly, most of the microbes

Donc, c'est malheureux ou ce n'est pas étonnant, la plupart des microbes

they sell at the National Academy building are pathogens.

qu'ils vendent à la National Academy sont des agents pathogènes.

Everybody focuses on the things that kill us,

Tout le monde se concentre sur les choses qui nous tuent,

and that's what I was focusing on.

et c'est ce sur quoi je me concentrais .

And it turns out that we are covered in a cloud of microbes,

Et il s'avère que nous sommes couverts d'un nuage de microbes,

and those microbes actually do us good much of the time,

et ces microbes nous font du bien la plupart du temps,

rather than killing us.

plutôt que de nous tuer.

And so, we've known about this for some period of time.

Et donc, nous le savons depuis un certain temps.

People have used microscopes to look at the microbes that cover us,

Les gens ont utilisé des microscopes pour observer les microbes qui nous recouvre,

I know you're not paying attention to me, but ...

je sais que vous ne faites pas attention à moi, mais...

(Laughter)

(Rires)

The microbes that cover us.

Les microbes qui nous recouvrent.

And if you look at them in the microscope,

Et si vous les regardez au microscope,

you can see that we actually have 10 times as many cells

vous pouvez voir que nous avons en fait 10 fois plus de cellules

of microbes on us as we have human cells.

de microbes sur nous que de cellules humaines.

There's more mass in the microbes than the mass of our brain.

La masse de microbes et supérieure à la masse de notre cerveau.

We are literally a teeming ecosystem of microorganisms.

Nous sommes littéralement un écosystème qui grouille de micro-organismes.

And unfortunately, if you want to learn about the microorganisms,

Et malheureusement, si vous voulez en savoir plus sur les micro-organismes,

just looking at them in a microscope is not sufficient.

il ne suffit pas de les regarder au microscope.

And so we just heard about the DNA sequencing.

Et donc nous venons d'entendre parler du séquençage de l'ADN.

It turns out that one of the best ways to look at microbes

Il s'avère que l'une des meilleures façons de regarder les microbes

and to understand them is to look at their DNA.

et de les comprendre est de regarder leur ADN.

And that's what I've been doing for 20 years,

Et c'est ce que j'ai fait depuis 20 ans,

using DNA sequencing, collecting samples from various places,

à l'aide du séquençage de l'ADN, en recueillant des échantillons de divers endroits,

including the human body, reading the DNA sequence

y compris le corps humain, en lisant la séquence d'ADN

and then using that DNA sequencing to tell us about

et puis en utilisant le séquençage de l'ADN pour nous parler

the microbes that are in a particular place.

des microbes qui se trouvent dans un endroit particulier.

And what's amazing, when you use this technology,

Et ce qui est étonnant, lorsque vous utilisez cette technologie,

for example, looking at humans, we're not just covered

par exemple, si l'on considère les êtres humains, nous ne sommes pas seulement couvert

in a sea of microbes.

d'une mer de microbes.

There are thousands upon thousands of different kinds of microbes on us.

Il y a des milliers d'espèces différentes de microbes sur nous.

We have millions of genes of microbes in our human

Nous avons des millions de gènes de microbes

microbiome covering us.

dans notre microbiome humain qui nous recouvrent.

And so this microbial diversity differs between people,

Et donc cette diversité microbienne diffère d'une personne à l'autre,

and what people have been thinking about in the last 10,

et ce à quoi les gens ont pensé ces 10, peut-être 15

maybe 15 years is, maybe these microbes,

dernières années c'est que ces microbes,

this microbial cloud in and on us,

ce nuage microbien en nous et sur nous,

and the variation between us, may be responsible

et les variations entre nous, sont peut-être responsables

for some of the health and illness differences between us.

des différences de santé et de maladie entre nous.

And that comes back to the diabetes story I was telling you.

Et ça nous ramène à l'histoire du diabète que je vous racontais.

It turns out that people now think that one of the triggers

Il s'avère que les gens pensent maintenant que l'un des déclencheurs

for type 1 diabetes is not fighting a pathogen,

du diabète de type 1 n'est pas la lutte contre un agent pathogène,

but is in fact trying to -- miscommunicating with the microbes

mais est en fait la tentative de lutte, une communication défaillante avec les microbes

that live in and on you.

qui vivent dans et sur vous.

And somehow maybe the microbial community that's

Et d'une certaine façon peut-être que la communauté microbienne

in and on me got off, and then this triggered some sort

qui est en moi et sur moi, et ensuite ça a déclenché une sorte

of immune response and led to me killing the cells

de réponse immunitaire et la conduit à ce que je tue les cellules

that make insulin in my body.

qui fabriquent l'insuline dans mon corps.

And so what I want to tell you about for a few minutes is,

Et c'est ce dont je veux vous parler pendant quelques minutes,

what people have learned using DNA sequencing techniques

ce que les gens ont appris à l'aide des techniques de séquençage ADN

in particular, to study the microbial cloud

en particulier, pour étudier le nuage microbien

that lives in and on us.

qui vit en nous et sur nous.

And I want to tell you a story about a personal project.

Et je veux vous parler d'un projet personnel.

My first personal experience with studying the microbes

Ma première expérience personnelle avec l'étude des microbes

on the human body actually came from a talk that I gave,

sur le corps humain vient en fait d'une conférence que j'ai donnée,

right around the corner from here at Georgetown.

à deux pas d'ici à Georgetown.

I gave a talk, and a family friend who happened to be

J'ai donné une conférence et un ami de la famille qui se trouvait

the Dean of Georgetown Medical School was at the talk,

être le Doyen de Georgetown Medical School assistait à la Conférence,

and came up to me afterwards saying, they were doing

et est venu me dire par la suite qu'ils faisaient

a study of ileal transplants in people.

une étude des greffes iléales chez les gens.

And they wanted to look at the microbes after the transplants.

Et ils voulaient observer les microbes après la greffe.

And so I started a collaboration with this person,

Et j'ai donc commencé une collaboration avec cette personne,

Michael Zasloff and Thomas Fishbein, to look at the microbes

Michael Zasloff et Thomas Fishbein, pour observer les microbes

that colonized these ilea after they were transplanted into a recipient.

qui colonisaient ces ilea après qu'on les ait greffés sur quelqu'un.

And I can tell you all the details about the microbial study

Et je peux vous dire tous les détails de l'étude microbienne

that we did there, but the reason I want to tell you this story

que nous avons faite, mais la raison pour laquelle que je tiens à vous raconter cette histoire

is something really striking that they did at the beginning

est une chose vraiment frappante qu'ils l'ont fait au début

of this project.

de ce projet.

They take the donor ileum, which is filled with microbes from a donor

Ils prennent l'iléon d'un donneur, qui est plein des microbes du donneur

and they have a recipient who might have a problem

et ils ont un bénéficiaire qui pourrait avoir un problème

with their microbial community, say Crohn's disease,

avec sa communauté microbienne, disons la maladie de Crohn,

and they sterilized the donor ileum.

et ils stérilisent l'iléon du donneur.

Cleaned out all the microbes, and then put it in the recipient.

Ils ont nettoyé tous les microbes et ensuite greffé le patient.

They did this because this was common practice

Ils ont fait cela parce que c'était une pratique courante

in medicine, even though it was obvious

en médecine, même s'il était évident

that this was not a good idea.

que ce n'était pas une bonne idée.

And fortunately, in the course of this project,

Et heureusement, dans le cadre de ce projet,

the transplant surgeons and the other people

les chirurgiens transplantologues et les autres personnes

decided, forget common practice. We have to switch.

ont décidé d'oublier la pratique courante. Nous devons passer à autre chose..

So they actually switched to leaving some of the microbial

Donc ils sont en fait passés à laisser une partie de la communauté microbienne

community in the ileum. They leave the microbes with the donor,

dans l'iléon. Ils laissent les microbes du donneur,

and theoretically that might help the people who are

et théoriquement, ça pourrait aider les personnes qui reçoivent

receiving this ileal transplant.

cette greffe iléale.

And so, people -- this is a study that I did now.

Et les gens, c'est donc une étude que j'ai faite.

In the last few years there's been a great expansion

Au cours des dernières années, il y a eu une grande expansion

in using DNA technology to study the microbes in and on people.

de l'utilisation de la technologie de l'ADN pour l'étude des microbes dans et sur les gens.

There's something called the Human Microbiome Project

Il y a quelque chose appelé le Projet Microbiome Humain

that's going on in the United States,

en ce moment aux États-Unis,

and MetaHIT going on in Europe, and a lot of other projects.

et MetaHIT en Europe et beaucoup d'autres projets en cours.

And when people have done a variety of studies,

Et quand les gens ont fait diverses d'études,

they have learned things such as, when a baby is

ils ont appris des choses, par exemple, quand un bébé nait

born, during vaginal delivery you get colonized by the

au cours de l'accouchement par voie basse, il est colonisé

microbes from your mother.

par les microbes de sa mère.

There are risk factors associated with cesarean sections,

Il y a des facteurs de risque associés aux césariennes,

some of those risk factors may be due to mis-colonization

certains de ces facteurs de risque peuvent être dus à la mauvaise colonisation

when you carve a baby out of its mother

lorsqu'on extrait un bébé de sa mère par césarienne

rather than being delivered through the birth canal.

plutôt que de pratiquer un accouchement par voie naturelle.

And a variety of other studies have shown that the

Et diverses autres études ont montré que la

microbial community that lives in and on us

communauté microbienne qui vit en nous et sur nous

helps in development of the immune system,

contribue au développement du système immunitaire,

helps in fighting off pathogens, helps in our metabolism,

à repousser les agents pathogènes, à notre métabolisme,

and determining our metabolic rate, probably

et en déterminant notre métabolisme, elle détermine probablement

determines our odor, and may even shape our behavior

notre odeur et peut même influencer notre comportement

in a variety of ways.

de diverses façons.

And so, these studies have documented or suggested

Et donc, ces études ont documenté ou suggéré

out of a variety of important functions for the microbial community,

à partir de diverses fonctions importantes pour la communauté microbienne,

this cloud, the non-pathogens that live in and on us.

ce nuage, les non-pathogènes qui vivent dans et sur nous.

And one area that I think is very interesting,

Et un domaine que je pense très intéressant,

which many of you may have now that we've thrown

et que plusieurs d'entre vous peuvent avoir maintenant que nous avons jeté

microbes into the crowd, is something that I would call "germophobia."

des microbes dans la foule, est une chose que j'appellerais « la germophobie. »

So people are really into cleanliness, right?

Les gens sont vraiment fans de propreté, non ?

We have antibiotics in our kitchen counters,

Nous avons des antibiotiques dans nos tiroirs de cuisine,

people are washing every part of them all of the time,

les gens se lavent tout, tout le temps,

we pump antibiotics into our food, into our communities,

nous injectons des antibiotiques dans notre nourriture, dans nos communautés,

we take antibiotics excessively.

nous prenons des antibiotiques de manière excessive.

And killing pathogens is a good thing if you're sick,

Et tuer les agents pathogènes est une bonne chose si on est malade,

but we should understand that when we pump chemicals

mais nous devons comprendre que lorsque nous injections des produits chimiques

and antibiotics into our world, that we're also killing

et des antibiotiques dans notre monde, que nous tuons aussi

the cloud of microbes that live in and on us.

le nuage de microbes qui vivent dans et sur nous.

And excessive use of antibiotics, in particular in children,

Et l'utilisation excessive des antibiotiques, en particulier chez les enfants,

has been shown to be associated with, again, risk factors

s'est avérée associée, une fois de plus, aux facteurs de risque

for obesity, for autoimmune diseases, for a variety

de l'obésité, des maladies auto-immunes, pour divers

of problems that are probably due to disruption

problèmes qui sont probablement dus à des perturbations

of the microbial community.

de la communauté microbienne.

So the microbial community can go wrong

La communauté microbienne peut donc mal tourner

whether we want it to or not,

que nous le voulions ou non,

or we can kill it with antibiotics,

ou nous pouvons la tuer avec des antibiotiques,

but what can we do to restore it?

mais que pouvons-nous faire pour la restaurer ?

I'm sure many people here have heard about probiotics.

Je suis certain que beaucoup de gens ont entendu parler des probiotiques.

Probiotics are one thing that you can try and do to restore

Les probiotiques sont une chose que vous pouvez essayer pour restaurer

the microbial community that is in and on you.

la communauté microbienne qui est en vous et sur vous.

And they definitely have been shown to be effective in some cases.

Et ils se sont certainement montrés efficace dans certains cas.

There's a project going on at UC Davis where people are using

Il y a un projet en cours à UC Davis, où les gens utilisent

probiotics to try and treat, prevent,

des probiotiques pour essayer de traiter, de prévenir,

necrotizing enterocolitis in premature infants.

l'entérocolite nécrosante chez les prématurés.

Premature infants have real problems with their microbial community.

Les prématurés ont de réels problèmes avec leur communauté microbienne.

And it may be that probiotics can help prevent

Et il est possible que les probiotiques puissent contribuer à prévenir

the development of this horrible necrotizing enterocolitis

le développement de cette horrible entérocolite nécrosante

in these premature infants.

chez ces prématurés.

But probiotics are sort of a very, very simple solution.

Mais les probiotiques sont une solution très simple.

Most of the pills that you can take or the yogurts that you can eat

La plupart des pilules que vous pouvez prendre ou les yaourts que vous pouvez manger

have one or two species in them, maybe five species in them,

contiennent une ou deux espèces, peut-être cinq espèces

and the human community is thousands upon thousands of species.

et la communauté humaine représente des milliers et des milliers d'espèces.

So what can we do to restore our microbial community

Que pouvons-nous faire pour restorer notre communauté microbienne

when we have thousands and thousands of species on us?

quand nous avons des milliers et des milliers d'espèces sur nous ?

Well, one thing that animals seem to do is,

Eh bien, une chose que les animaux semblent faire,

they eat poo -- coprophagia.

ils mangent les matières fécales, c'est la coprophagie.

And it turns out that many veterinarians,

Et il s'avère que de nombreux vétérinaires,

old school veterinarians in particular,

surtout de l'ancienne école,

have been doing something called "poo tea,"

font ce qu'on appelle du « thé de bouse»

not booty, but poo tea, to treat colic and other

pour traiter les coliques et autres maladies

ailments in horses and cows and things like that,

chez les chevaux et les vaches et d'autres animaux,

where you make tea from the poo from a healthy

où vous faites une infusion avec la bouse d'un animal sain

individual animal and you feed it to a sick animal.

et vous la donnez à un animal malade.

Although, unless you have a fistulated cow with a big hole in its side,

Quoique, à moins d'avoir une vache fistulée avec un gros trou dans son côté,

and you can put your hand into its rumen,

et que vous pouvez mettre votre main dans sa panse,

it's hard to imagine that the delivery of microbes

il est difficile d'imaginer que l'apport des microbes

directly into the mouth and through the entire

directement par la bouche et à travers

top of the digestive tract is the best delivery system,

tout le système digestif soit le meilleur mode d'administration,

so you may have heard in people they are now doing

donc vous avez peut-être entenduque chez les personnes, ion fait maintenant

fecal transplants, where rather than delivering

des transplantations fécales, où, plutôt que d'introduire

a couple of probiotic microbes through the mouth,

quelques microbes probiotiques par la bouche,

they are delivering a community of probiotics,

on introduit une communauté de probiotiques,

a community of microbes from a healthy donor,

une communauté de microbes provenant d'un donneur sain,

through the other end.

par l'autre extrémité.

And this has turned out to be very effective in fighting

Et cela s'est avéré très efficace dans la lutte contre

certain intransigent infectious diseases

certaines maladies infectieuses graves

like Clostridium difficile infections that can stay

comme les infections digestives à Clostridium difficile que les gens

with people for years and years and years.

peuvent garder pendant des années, des années et des années.

Transplants of the feces, of the microbes from the feces,

La transplantation des fèces, des microbes des fèces,

from a healthy donor has actually been shown to cure

provenant d'un donneur sain a été prouvés'est avérée efficace pour guérir

systemic C. dif infections in some people.

des infections à clostridium difficile chez certaines personnes.

Now what these transplants, these fecal transplants, or

Ce que ces transplantations, ces transplantations fécales, ou

the poo tea suggest to me, and many other people

le thé de bouse me donnent à penser, et bien d'autres personnes

have come up with this same idea, is that

ont eu cette même idée, c'est que

the microbial community in and on us, it's an organ.

la communauté microbienne dans et sur nous, c'est un organe.

We should view it as a functioning organ, part of ourselves.

Nous devons le considérer comme un organe en fonctionnement, une partie de nous-mêmes.

We should treat it carefully and with respect,

Nous devons la traiter avec soin et respect,

and we do not want to mess with it, say by C-sections

et nous ne voulons pas l'abîmer, par exemple par des césariennes,

or by antibiotics or excessive cleanliness,

ou des antibiotiques ou une propreté excessive,

without some real good justification.

sans vraie bonne raison.

And what the DNA sequencing technologies are allowing people to do now

Et ce que les technologies de séquençage ADN permettent aux gens de faire maintenant

is do detailed studies of, say, 100 patients who have Crohn's disease

c'est de faire des études détaillées de, disons, 100 patients atteints de la maladie de Crohn

and 100 people who don't have Crohn's disease.

et de 100 personnes qui n'ont pas la maladie de Crohn.

Or 100 people who took antibiotics when they were little,

Ou 100 personnes qui ont pris des antibiotiques quand ils étaient petits,

and 100 people who did not take antibiotics.

et 100 personnes qui n'ont pas pris d'antibiotiques.

And we can now start to compare the community of microbes

Et nous pouvons maintenant commencer à comparer la communauté des microbes

and their genes and see if there are differences.

et leurs gènes et voir s'il y a des différences.

And eventually we may be able to understand if they're not

Et finalement nous pourrions être capables de comprendre si ce ne sont pas

just correlative differences, but causative.

de simples différences corrélatives, mais causatives.

Studies in model systems like mouse and other animals

Des études de systèmes modèles, comme les souris et d'autres animaux

are also helping do this, but people are now using

contribuent également à le faire, mais les gens utilisent maintenant

these technologies because they've gotten very cheap,

ces technologies car elles sont devenues très bon marché,

to study the microbes in and on a variety of people.

pour étudier les microbes dans et sur un large éventail de personnes.

So, in wrapping up, what I want to tell you about is,

Donc, pour récapituler ce dont je veux vous parler,

I didn't tell you a part of the story of coming down with diabetes.

je ne vous ai pas raconté une partie de l'histoire de devenir diabétique.

It turns out that my father was an M.D.,

Il s'avère que mon père était médecin,

actually studied hormones. I told him many times

en fait il étudiait les hormones. Je lui ai dit de nombreuses fois

that I was tired, thirsty, not feeling very good.

que j'étais fatigué, assoiffé, que je ne me sentais pas très bien.

And he shrugged it off, I think he either thought

Et il me laissait dire, je crois qu'il pensait que soit

I was just complaining a lot, or it was the typical

je me plaignais beaucoup, ou c'était la réaction typique

M.D. "nothing can be wrong with my children."

du médecin « rien ne peut aller mal avec mes enfants. »

We even went to the International Society of Endocrinology

Nous sommes même allés à une réunion de la Société Internationale d'Endocrinologie

meeting as family in Quebec.

en famille au Québec.

And I was getting up every five minutes to pee,

Et je me levais toutes les cinq minutes pour faire pipi,

and drinking everybody's water at the table,

et boire de l'eau de tout le monde à table,

and I think they all thought I was a druggie.

et je pense qu'ils ont tous pensé que j'étais un drogué.

(Laughter)

(Rires)

But the reason I'm telling you this is that

Mais si je vous dis ça, c'est que

the medical community, my father as an example,

la communauté médicale, mon père à titre d'exemple,

sometimes doesn't see what's right in front of their eyes.

parfois ne voit pas ce qui est juste devant ses yeux.

The microbial cloud, it is right in front of us.

Le nuage microbien, il est juste devant nous.

We can't see it most of the time. It's invisible.

Nous ne pouvons pas le voir la plupart du temps. Il est invisible.

They're microbes. They're tiny.

Ce sont des microbes. Ils sont minuscules.

But we can see them through their DNA,

Mais nous pouvons les voir à travers leur ADN,

we can see them through the effects that they have on people.

Nous pouvons les voir à travers les effets qu'ils ont sur les gens.

And what we need now

Et maintenant nous devons commencer

is to start thinking about this microbial community in the context

à réfléchir à cette communauté microbienne dans le contexte

of everything in human medicine.

de toute la médecine humaine.

It doesn't mean that it affects every part of us,

Cela ne signifie pas qu'elle affecte chaque partie de nous,

but it might.

mais elle le pourrait.

What we need is a full field guide to the microbes

Ce qu'il nous faut c'est un guide pratique complet sur les microbes

that live in and on people, so that we can understand

qui vivent dans et sur les gens, pour que nous puissions comprendre

what they're doing to our lives.

ce qu'ils font de nos vies.

We are them. They are us.

Nous sommes eux. Ils sont nous.

Thank you.

Merci.

(Applause)

(Applaudissements)