Craig Venter: A voyage of DNA, genes and the sea

55,032 views ・ 2007-05-02

TED


Dubbelklik op de Engelse ondertitels hieronder om de video af te spelen.

Vertaald door: Kevin Keyaert Nagekeken door: Christel Foncke
00:25
At the break, I was asked by several people
0
25000
2000
Tijdens de pauze vroegen enkele mensen
00:27
about my comments about the aging debate.
1
27000
3000
naar mijn mening over het verouderingsdebat.
00:30
And this will be my only comment on it.
2
30000
2000
Het enige wat ik daarover kan zeggen,
00:32
And that is, I understand
3
32000
2000
is dat ik begrepen heb
00:34
that optimists greatly outlive pessimists.
4
34000
2000
dat optimisten véél langer leven dan pessimisten.
00:36
(Laughter)
5
36000
4000
(Gelach)
00:41
What I'm going to tell you about in my 18 minutes is
6
41000
3000
Wat ik jullie in mijn 18 minuten ga vertellen, gaat over
00:44
how we're about to switch from reading the genetic code
7
44000
4000
hoe we van het lezen van de genetische code
00:48
to the first stages of beginning
8
48000
2000
gaan kunnen omschakelen naar onze eerste stappen
00:50
to write the code ourselves.
9
50000
2000
in het schrijven van de code zelf.
00:53
It's only 10 years ago this month
10
53000
2000
Het is deze maand slechts 10 jaar geleden
00:55
when we published the first sequence
11
55000
2000
toen we de eerste sequentie publiceerden
00:57
of a free-living organism,
12
57000
2000
van een vrij levend organisme,
00:59
that of haemophilus influenzae.
13
59000
2000
namelijk die van de haemophilus influenzae.
01:01
That took a genome project
14
61000
2000
Het heeft een genoomproject
01:03
from 13 years down to four months.
15
63000
3000
van 13 jaar teruggebracht tot vier maanden.
01:07
We can now do that same genome project
16
67000
2000
Vandaag kunnen we datzelfde genoomproject
01:09
in the order of
17
69000
2000
in ongeveer
01:11
two to eight hours.
18
71000
2000
twee tot acht uren verwezenlijken.
01:13
So in the last decade, a large number of genomes have been added:
19
73000
3000
In de afgelopen tien jaar werd een groot aantal genomen toegevoegd:
01:16
most human pathogens,
20
76000
3000
de meeste menselijke pathogenen,
01:19
a couple of plants,
21
79000
2000
een aantal plantensoorten,
01:21
several insects and several mammals,
22
81000
3000
verscheidene insecten en zoogdieren,
01:24
including the human genome.
23
84000
3000
waaronder het menselijk genoom.
01:27
Genomics at this stage of the thinking
24
87000
3000
Met de genomica in dit denkstadium
01:30
from a little over 10 years ago
25
90000
2000
iets meer dan 10 jaar geleden
01:32
was, by the end of this year, we might have
26
92000
2000
zouden we tegen het eind van dit jaar
01:34
between three and five genomes sequenced;
27
94000
3000
misschien wel van drie tot vijf genomen de sequentie bepaald hebben;
01:37
it's on the order of several hundred.
28
97000
3000
het ligt in de orde van een paar honderden.
01:40
We just got a grant from the Gordon and Betty Moore Foundation
29
100000
3000
We hebben net een schenking ontvangen van het Gordon en Betty Moore Fonds
01:43
to sequence 130 genomes this year,
30
103000
3000
om dit jaar van 130 genomen de sequentie te achterhalen,
01:46
as a side project from environmental organisms.
31
106000
4000
van organismen in hun omgeving als bijkomend project.
01:50
So the rate of reading the genetic code has changed.
32
110000
3000
De snelheid van het lezen van genetische code is dus veranderd.
01:54
But as we look, what's out there,
33
114000
2000
Als we kijken naar wat er daarbuiten te vinden is,
01:56
we've barely scratched the surface
34
116000
2000
zien we eigenlijk maar de top van de ijsberg
01:58
on what is available on this planet.
35
118000
4000
van hetgeen er allemaal op deze planeet aanwezig is.
02:02
Most people don't realize it, because they're invisible,
36
122000
3000
De meeste mensen beseffen het niet omdat ze onzichtbaar zijn,
02:05
but microbes make up about a half of the Earth's biomass,
37
125000
4000
maar microben zijn goed voor ongeveer de helft van de biomassa op Aarde,
02:09
whereas all animals only make up about
38
129000
3000
terwijl alle dieren slechts goed zijn voor
02:12
one one-thousandth of all the biomass.
39
132000
2000
ongeveer een duizendste van alle biomassa.
02:14
And maybe it's something that people in Oxford don't do very often,
40
134000
3000
Misschien is het iets dat mensen in Oxford niet al te vaak doen,
02:17
but if you ever make it to the sea,
41
137000
2000
maar als je ooit naar de zee gaat
02:19
and you swallow a mouthful of seawater,
42
139000
3000
en je slikt een mondvol zeewater in,
02:22
keep in mind that each milliliter
43
142000
2000
hou dan in gedachte dat elke milliliter
02:24
has about a million bacteria
44
144000
2000
ongeveer een miljoen bacteriën bevat
02:26
and on the order of 10 million viruses.
45
146000
3000
en iets van een 10 miljoen virussen.
02:29
Less than 5,000 microbial species
46
149000
3000
Minder dan 5000 soorten microben
02:32
have been characterized as of two years ago,
47
152000
2000
werden sinds twee jaar geleden beschreven,
02:34
and so we decided to do something about it.
48
154000
2000
en dus hebben we beslist om er iets aan te doen.
02:36
And we started the Sorcerer II Expedition,
49
156000
3000
We gingen van start met de Sorcerer II-expeditie.
02:39
where we were, as with great oceanographic expeditions,
50
159000
3000
We wilden zoals in grote oceanografische expedities
02:42
trying to sample the ocean every 200 miles.
51
162000
3000
elke 300 kilometer een staal nemen van het oceaanwater.
02:47
We started in Bermuda for our test project,
52
167000
2000
We waren begonnen in Bermuda voor ons testproject.
02:49
then moved up to Halifax,
53
169000
2000
Vervolgens gingen we naar Halifax
02:51
working down the U.S. East Coast,
54
171000
2000
en voeren zo de Amerikaanse oostkust af
02:53
the Caribbean Sea, the Panama Canal,
55
173000
3000
naar het zuiden richting de Caraïbische Zee, het Panamakanaal,
02:58
through to the Galapagos, then across the Pacific,
56
178000
2000
verder naar de Galapagoseilanden, en staken de Grote Oceaan over.
03:00
and we're in the process now of working our way
57
180000
2000
Nu zijn we bezig
03:02
across the Indian Ocean.
58
182000
2000
met de Indische Oceaan.
03:04
It's very tough duty; we're doing this on a sailing vessel,
59
184000
3000
Het is een heel lastige opdracht; we doen dit op een zeilschip
03:07
in part to help excite young people
60
187000
2000
voor een deel om jonge mensen warm te maken
03:09
about going into science.
61
189000
3000
voor een wetenschappelijke loopbaan.
03:12
The experiments are incredibly simple.
62
192000
2000
De experimenten zijn buitengewoon eenvoudig.
03:14
We just take seawater and we filter it,
63
194000
3000
We nemen gewoon zeewater en we filteren het
03:17
and we collect different size organisms on different filters,
64
197000
4000
en we verzamelen organismen van verschillende groottes op verschillende filters.
03:21
and then take their DNA back to our lab in Rockville,
65
201000
3000
Daarna nemen we hun DNA terug naar ons lab in Rockville (Maryland),
03:24
where we can sequence a hundred million letters
66
204000
3000
waar we elke 24 uur de sequentie kunnen bepalen van
03:27
of the genetic code every 24 hours.
67
207000
2000
honderd miljoen letters van de genetische code.
03:29
And with doing this,
68
209000
2000
Door dit te doen,
03:31
we've made some amazing discoveries.
69
211000
2000
hebben we enkele ongelooflijke ontdekkingen gedaan.
03:33
For example, it was thought that the visual pigments
70
213000
2000
Er werd bijvoorbeeld gedacht dat de visuele pigmenten
03:35
that are in our eyes -- there was only one or two organisms
71
215000
2000
in onze ogen -- er waren slechts een of twee organismen
03:38
in the environment that had these same pigments.
72
218000
4000
die dezelfde pigmenten hadden.
03:42
It turns out, almost every species
73
222000
2000
Nu blijkt dat bijna elke soort
03:44
in the upper parts of the ocean
74
224000
2000
in de bovenste gedeelten van de oceaan
03:46
in warm parts of the world
75
226000
2000
in warme gebieden
03:48
have these same photoreceptors,
76
228000
2000
dezelfde fotoreceptoren bezitten,
03:50
and use sunlight as the source of their energy
77
230000
3000
en zonlicht gebruiken als hun energiebron en
03:53
and communication.
78
233000
2000
communicatiemiddel.
03:55
From one site, from one barrel of seawater,
79
235000
3000
Op één locatie ontdekten we in één vat zeewater
03:58
we discovered 1.3 million new genes
80
238000
3000
1,3 miljoen nieuwe genen
04:01
and as many as 50,000 new species.
81
241000
4000
en 50.000 nieuwe soorten.
04:05
We've extended this to the air
82
245000
2000
We hebben dit uitgebreid naar de lucht,
04:07
now with a grant from the Sloan Foundation.
83
247000
3000
met een schenking van het Sloan Fonds.
04:10
We're measuring how many viruses and bacteria
84
250000
2000
We meten hoeveel virussen en bacteriën
04:12
all of us are breathing in and out every day,
85
252000
3000
wij allen dagelijks in- en uitademen,
04:15
particularly on airplanes
86
255000
2000
vooral in vliegtuigen
04:17
or closed auditoriums.
87
257000
2000
of gesloten auditoria.
04:19
(Laughter)
88
259000
3000
(Gelach)
04:22
We filter through some simple apparatuses;
89
262000
2000
We filteren met enkele eenvoudige toestellen;
04:24
we collect on the order of a billion microbes from just a day
90
264000
3000
we verzamelen ongeveer een miljard microben door een enkele dag
04:27
filtering on top of a building in New York City.
91
267000
4000
te filteren bovenop een gebouw in New York City.
04:31
And we're in the process of sequencing all that
92
271000
2000
We zijn op dit moment bezig met de sequentie
04:33
at the present time.
93
273000
2000
van al die dingen te bepalen.
04:35
Just on the data collection side,
94
275000
2000
Gewoon op basis van de dataverzameling,
04:37
just where we are through the Galapagos,
95
277000
3000
net waar we zijn ter hoogte van de Galapagos-eilanden,
04:40
we're finding that almost every 200 miles,
96
280000
2000
vinden we bijna om de 300 kilometer
04:42
we see tremendous diversity
97
282000
2000
een ongelooflijke diversiteit
04:44
in the samples in the ocean.
98
284000
2000
in de oceaanstalen.
04:47
Some of these make logical sense,
99
287000
2000
Voor sommige bestaat er een logische verklaring
04:49
in terms of different temperature gradients.
100
289000
3000
in termen van verschillende temperatuurgradiënten.
04:52
So this is a satellite photograph
101
292000
2000
Dit is een satellietfoto
04:54
based on temperatures -- red being warm,
102
294000
2000
op basis van temperatuursverschillen -- rood is warm,
04:56
blue being cold --
103
296000
3000
blauw is koud --
04:59
and we found there's a tremendous difference between
104
299000
3000
en we stelden vast dat er een ongelooflijk verschil is tussen
05:02
the warm water samples and the cold water samples,
105
302000
2000
stalen met warm water en stalen met koud water,
05:04
in terms of abundant species.
106
304000
3000
in termen van veel voorkomende soorten.
05:07
The other thing that surprised us quite a bit
107
307000
2000
Iets anders dat ons nogal verraste,
05:09
is these photoreceptors detect different wavelengths of light,
108
309000
4000
is dat deze fotoreceptoren verschillende golflengten van licht kunnen opsporen.
05:13
and we can predict that based on their amino acid sequence.
109
313000
4000
We kunnen dat voorspellen op basis van hun aminozuursequentie.
05:17
And these vary tremendously from region to region.
110
317000
3000
Deze kunnen sterk van regio tot regio variëren.
05:20
Maybe not surprisingly,
111
320000
2000
Misschien wel niet zo verrassend is dat
05:22
in the deep ocean, where it's mostly blue,
112
322000
2000
in de diepe oceanen, waar de kleur blauw veel voorkomt,
05:24
the photoreceptors tend to see blue light.
113
324000
4000
fotoreceptoren blauw licht lijken te zien.
05:28
When there's a lot of chlorophyll around,
114
328000
2000
Wanneer er veel chlorofyl aanwezig is,
05:30
they see a lot of green light.
115
330000
2000
zien ze veel groen licht.
05:32
But they vary even more,
116
332000
2000
Maar er is nog meer variatie,
05:34
possibly moving towards infrared and ultraviolet
117
334000
3000
mogelijk in de richting van infrarood en ultraviolet
05:37
in the extremes.
118
337000
2000
aan de uiteinden van het spectrum.
05:40
Just to try and get an assessment
119
340000
2000
We hebben geprobeerd een schatting te doen
05:42
of what our gene repertoire was,
120
342000
2000
van ons genenrepertoire.
05:44
we assembled all the data --
121
344000
2000
we brachten alle data samen --
05:46
including all of ours thus far from the expedition,
122
346000
3000
inbegrepen deze van onze expeditie verzameld tot nu toe,
05:49
which represents more than half of all the gene data on the planet --
123
349000
3000
wat goed is voor meer dan de helft van al de data van genen op de planeet --
05:52
and it totaled around 29 million genes.
124
352000
4000
Het ging in totaal om zo'n 29 miljoen genen.
05:56
And we tried to put these into gene families
125
356000
2000
We hebben geprobeerd om ze in genfamilies onder te brengen
05:58
to see what these discoveries are:
126
358000
2000
om de betekenis van de ontdekkingen te begrijpen:
06:00
Are we just discovering new members of known families,
127
360000
3000
Hebben we gewoonweg nieuwe leden van gekende families ontdekt,
06:03
or are we discovering new families?
128
363000
2000
of hebben we nieuwe families ontdekt?
06:05
And it turns out we have about 50,000
129
365000
2000
Het blijkt nu dat we ongeveer 50.000
06:07
major gene families,
130
367000
3000
grote genfamilies hebben.
06:10
but every new sample we take in the environment
131
370000
3000
Elk nieuw staal dat we uit de natuur halen
06:13
adds in a linear fashion to these new families.
132
373000
3000
doet het aantal nieuwe families lineair toenemen.
06:16
So we're at the earliest stages of discovery
133
376000
2000
We bevinden ons dus in de prille ontdekkingsfase
06:18
about basic genes,
134
378000
3000
met betrekking tot gewone genen,
06:21
components and life on this planet.
135
381000
3000
componenten en het leven op deze planeet.
06:25
When we look at the so-called evolutionary tree,
136
385000
3000
Als we naar de zogenaamde evolutionaire stamboom kijken,
06:28
we're up on the upper right-hand corner with the animals.
137
388000
4000
bevinden we ons in de rechterbovenhoek bij de dieren.
06:32
Of those roughly 29 million genes,
138
392000
4000
Van die ruwweg 29 miljoen genen,
06:36
we only have around 24,000
139
396000
2000
hebben we er slechts ongeveer 24.000
06:38
in our genome.
140
398000
2000
in ons genoom.
06:40
And if you take all animals together,
141
400000
2000
Als je alle dieren samenneemt,
06:42
we probably share less than 30,000
142
402000
3000
delen we er waarschijnlijk minder dan 30.000
06:45
and probably maybe a dozen
143
405000
3000
en mogelijk zelfs
06:48
or more thousand different gene families.
144
408000
3000
12.000 of meer verschillende genfamilies.
06:52
I view that these genes are now
145
412000
2000
Ik besef nu dat deze genen
06:54
not only the design components of evolution.
146
414000
3000
niet enkel ontwerpstukken van de evolutie zijn.
06:57
And we think in a gene-centric view --
147
417000
2000
We denken eerder op een gen-centrische manier --
06:59
maybe going back to Richard Dawkins' ideas --
148
419000
3000
misschien gebaseerd op de ideeën van Richard Dawkins --
07:02
than in a genome-centric view,
149
422000
2000
dan op een genoom-centrische manier,
07:04
which are different constructs of these gene components.
150
424000
4000
wat verschillende constructies zijn van deze gencomponenten.
07:09
Synthetic DNA, the ability to synthesize DNA,
151
429000
3000
Synthetisch DNA, het vermogen om kunstmatig DNA te maken,
07:12
has changed at sort of the same pace
152
432000
2000
heeft zowat dezelfde snelle verandering ondergaan
07:14
that DNA sequencing has
153
434000
2000
zoals dat bij DNA-sequenties het geval was
07:16
over the last decade or two,
154
436000
2000
in de laatste tien of twintig jaar.
07:18
and is getting very rapid and very cheap.
155
438000
3000
Het gaat heel snel en het wordt heel goedkoop.
07:21
Our first thought about synthetic genomics came
156
441000
2000
Ons eerste idee over synthetische genomica kwam tot stand
07:23
when we sequenced the second genome back in 1995,
157
443000
4000
toen we de sequentie bepaalden van het tweede genoom toen in 1995
07:27
and that from mycoplasma genitalium.
158
447000
2000
van de mycoplasma genitalium.
07:29
And we have really nice T-shirts that say,
159
449000
3000
We hebben heel leuke T-shirts met het opschrift:
07:32
you know, "I heart my genitalium."
160
452000
2000
"Ik hartje mijn genitalium."
07:34
This is actually just a microorganism.
161
454000
3000
Het is eigenlijk gewoon een micro-organisme,
07:38
But it has roughly 500 genes.
162
458000
4000
maar het telt grofweg 500 genen.
07:42
Haemophilus had 1,800 genes.
163
462000
2000
Haemophilus telde 1800 genen.
07:44
And we simply asked the question,
164
464000
2000
We stelden eenvoudigweg de vraag
07:46
if one species needs 800, another 500,
165
466000
2000
als de ene soort er 800 nodig heeft, en een andere 500,
07:48
is there a smaller set of genes
166
468000
2000
is er dan een kleinere groep genen
07:50
that might comprise a minimal operating system?
167
470000
4000
die over een minimaal besturingssysteem zou beschikken?
07:54
So we started doing transposon mutagenesis.
168
474000
3000
We gingen dus van start met transposonmutagenese.
07:57
Transposons are just small pieces of DNA
169
477000
3000
Transposons zijn kleine stukjes DNA
08:00
that randomly insert in the genetic code.
170
480000
2000
die willekeurig in de genetische code worden ingevoegd.
08:02
And if they insert in the middle of the gene, they disrupt its function.
171
482000
3000
Als ze in het midden van een gen worden gestoken, gaan ze de functie ervan verstoren.
08:06
So we made a map of all the genes
172
486000
2000
Zo hebben we dus een kaart gemaakt van al de genen
08:08
that could take transposon insertions
173
488000
2000
die transposoninserties konden opnemen.
08:10
and we called those "non-essential genes."
174
490000
2000
We hebben ze "niet-essentiële genen" genoemd.
08:13
But it turns out the environment is very critical for this,
175
493000
3000
Maar nu blijkt dat de omgeving er heel kritisch mee omgaat,
08:16
and you can only
176
496000
2000
en je kan slechts
08:18
define an essential or non-essential gene
177
498000
3000
een essentieel of niet-essentieel gen definiëren
08:21
based on exactly what's in the environment.
178
501000
3000
op basis van wat er zich exact in de omgeving bevindt.
08:25
We also tried to take a more directly intellectual approach
179
505000
2000
We hebben ook getracht om een meer rechtstreekse intellectuele benadering
08:27
with the genomes of 13 related organisms,
180
507000
5000
te nemen met de genomen van 13 verwante organismen.
08:32
and we tried to compare all of those, to see what they had in common.
181
512000
3000
We probeerden ze allemaal te vergelijken om te zien wat ze gemeenschappelijk hadden.
08:36
And we got these overlapping circles. And we found only 173 genes
182
516000
4000
We kregen van die overlappende cirkels en we vonden slechts 173 genen
08:40
common to all 13 organisms.
183
520000
3000
die alle 13 organismen gemeen hadden met elkaar.
08:43
The pool expanded a little bit if we ignored
184
523000
2000
De genpool werd een beetje groter toen
08:45
one intracellular parasite;
185
525000
2000
we één intracellulaire parasiet negeerden;
08:47
it expanded even more
186
527000
2000
hij werd nog groter
08:49
when we looked at core sets of genes
187
529000
2000
toen we de meest essentiële sets genen bekeken
08:51
of around 310 or so.
188
531000
2000
met 310 genen of zo.
08:53
So we think that we can expand
189
533000
2000
We denken dus dat we genomen kunnen
08:55
or contract genomes, depending on your point of view here,
190
535000
3000
uitbreiden of inkrimpen, afhankelijk van hoe je het bekijkt,
08:58
to maybe 300 to 400 genes
191
538000
3000
naar misschien 300 tot 400 genen
09:01
from the minimal of 500.
192
541000
2000
vanaf het minimum van 500.
09:03
The only way to prove these ideas
193
543000
3000
De enige manier om deze ideeën te bewijzen,
09:06
was to construct an artificial chromosome with those genes in them,
194
546000
3000
was door een kunstmatig chromosoom te bouwen met die genen erin.
09:09
and we had to do this in a cassette-based fashion.
195
549000
3000
We moesten dit doen met behulp van een soort cassette.
09:12
We found that synthesizing accurate DNA
196
552000
2000
We konden vaststellen dat kunstmatig DNA
09:14
in large pieces was extremely difficult.
197
554000
3000
nauwkeurig samenstellen in grote stukken, heel moeilijk was.
09:17
Ham Smith and Clyde Hutchison, my colleagues on this,
198
557000
3000
Mijn collega's Ham Smith en Clyde Hutchison
09:20
developed an exciting new method
199
560000
2000
ontwikkelden een veelbelovende nieuwe methode
09:22
that allowed us to synthesize a 5,000-base pair virus
200
562000
3000
die het ons mogelijk maakte een virus met 5000 basenparen
09:25
in only a two-week period
201
565000
2000
te maken in twee weken tijd
09:27
that was 100 percent accurate,
202
567000
3000
dat 100 procent accuraat was,
09:30
in terms of its sequence and its biology.
203
570000
2000
dit in sequentiële en biologische termen.
09:33
It was a quite exciting experiment -- when we just took the synthetic piece of DNA,
204
573000
4000
Het was een heel opwindend experiment -- we namen het kunstmatig stukje DNA,
09:37
injected it in the bacteria and all of a sudden,
205
577000
2000
injecteerden het in de bacteriën en plots
09:39
that DNA started driving the production of the virus particles
206
579000
5000
begon dat DNA de productie van de virusdeeltjes te sturen
09:44
that turned around and then killed the bacteria.
207
584000
3000
die dan vervolgens de bacteriën gingen doden.
09:47
This was not the first synthetic virus --
208
587000
2000
Dit was niet het eerste kunstmatige virus --
09:49
a polio virus had been made a year before --
209
589000
3000
een jaar eerder werd er een poliovirus gemaakt --
09:53
but it was only one ten-thousandth as active
210
593000
2000
maar het was tienduizend keer minder actief
09:55
and it took three years to do.
211
595000
3000
en het nam drie jaar in beslag om te maken.
09:58
This is a cartoon of the structure of phi X 174.
212
598000
4000
Dit is een cartoon van de structuur van Phi X-174.
10:02
This is a case where the software now builds its own hardware,
213
602000
4000
Het is een geval waar de software nu zijn eigen hardware bouwt,
10:06
and that's the notions that we have with biology.
214
606000
4000
dat zijn de noties die we in de biologie hebben.
10:10
People immediately jump to concerns about biological warfare,
215
610000
4000
De mensen beginnen zich onmiddellijk zorgen te maken over biologische oorlogsvoering.
10:14
and I had recent testimony before a Senate committee,
216
614000
4000
Recent moest ik nog een getuigenis afleggen voor een senaatscomissie
10:18
and a special committee the U.S. government has set up
217
618000
2000
en een bijzondere commissie die de Amerikaanse overheid had opgericht
10:20
to review this area.
218
620000
2000
om dit onderwerp te onderzoeken.
10:22
And I think it's important to keep reality in mind,
219
622000
3000
Ik denk dat het belangrijk is om de werkelijkheid in gedachten te houden
10:25
versus what happens with people's imaginations.
220
625000
4000
ten opzichte van de verbeeldingen van de mensen.
10:29
Basically, any virus that's been sequenced today --
221
629000
3000
In essentie kan van elk virus waarvan vandaag de sequentie wordt bepaald,
10:32
that genome can be made.
222
632000
2000
het genoom gemaakt worden.
10:34
And people immediately freak out about things about Ebola or smallpox,
223
634000
4000
De mensen beginnen onmiddellijk te panikeren over zaken zoals ebola of pokken,
10:38
but the DNA from this organism is not infective.
224
638000
4000
maar het DNA van dit organisme veroorzaakt geen infecties.
10:42
So even if somebody made the smallpox genome,
225
642000
3000
Zelfs als iemand het pokkengenoom maakt,
10:45
that DNA itself would not cause infections.
226
645000
3000
dan zou dat DNA zelf geen infecties veroorzaken.
10:49
The real concern that security departments have
227
649000
3000
De echte bezorgdheid van veiligheidsdepartementen zijn
10:52
is designer viruses.
228
652000
2000
ontworpen virussen.
10:54
And there's only two countries, the U.S. and the former Soviet Union,
229
654000
4000
Er zijn slechts twee landen, de VS en de voormalige Sovjet-Unie,
10:58
that had major efforts
230
658000
2000
die grote inspanningen leverden
11:00
on trying to create biological warfare agents.
231
660000
3000
om biologische oorlogswapens te ontwikkelen.
11:03
If that research is truly discontinued,
232
663000
3000
Als dat onderzoek werkelijk stopgezet is,
11:06
there should be very little activity
233
666000
2000
dan zou er weinig activiteit mogen bestaan op gebied van
11:08
on the know-how to make designer viruses in the future.
234
668000
4000
de know-how om virussen te ontwerpen in de toekomst.
11:12
I think single-cell organisms are possible within two years.
235
672000
4000
Ik denk dat eencellige organismen mogelijk moeten zijn in twee jaar.
11:16
And possibly eukaryotic cells,
236
676000
3000
Mogelijk eukaryote cellen,
11:19
those that we have,
237
679000
2000
degene die wij hebben
11:21
are possible within a decade.
238
681000
2000
zijn mogelijk binnen de tien jaar.
11:24
So we're now making several dozen different constructs,
239
684000
4000
We zijn nu allerhande constructies aan het maken,
11:28
because we can vary the cassettes and the genes
240
688000
3000
omdat we de cassettes en de genen kunnen laten variëren
11:31
that go into this artificial chromosome.
241
691000
2000
die in het kunstmatige chromosoom zullen terechtkomen.
11:33
The key is, how do you put all of the others?
242
693000
2000
De vraag is hoe je alle andere er in zet?
11:35
We start with these fragments,
243
695000
2000
We beginnen met deze fragmenten,
11:37
and then we have a homologous recombination system
244
697000
3000
en dan is er een homoloog recombinatiesysteem
11:40
that reassembles those into a chromosome.
245
700000
4000
dat de fragmenten herschikt tot een chromosoom.
11:44
This is derived from an organism, deinococcus radiodurans,
246
704000
3000
Dit werd afgeleid van het organisme deinococcus radiodurans,
11:47
that can take three million rads of radiation and not be killed.
247
707000
5000
dat drie miljoen rad aan radioactieve straling kan verdragen en er niet aan dood gaat.
11:53
It reassembles its genome after this radiation burst
248
713000
4000
Het herschikt zijn genoom na deze straling
11:57
in about 12 to 24 hours,
249
717000
2000
in ongeveer 12 tot 24 uur,
11:59
after its chromosomes are literally blown apart.
250
719000
3000
nadat zijn chromosomen letterlijk opgeblazen werden.
12:02
This organism is ubiquitous on the planet,
251
722000
2000
Dit organisme is alomtegenwoordig op de planeet
12:04
and exists perhaps now
252
724000
2000
en het bestaat wellicht ook
12:06
in outer space due to all our travel there.
253
726000
3000
in de ruimte door al onze reizen daarheen.
12:10
This is a glass beaker after
254
730000
2000
Dit is een glazen beker na blootstelling aan
12:12
about half a million rads of radiation.
255
732000
2000
ongeveer een half miljoen rad radioactieve straling.
12:14
The glass started to burn and crack,
256
734000
2000
Het glas begon te branden en te breken
12:16
while the microbes sitting in the bottom
257
736000
2000
terwijl de microben op de bodem
12:18
just got happier and happier.
258
738000
2000
blijer en blijer werden.
12:20
Here's an actual picture of what happens:
259
740000
2000
Hier heb je een foto van wat er werkelijk gebeurt:
12:22
the top of this shows the genome
260
742000
2000
bovenaan zie je het genoom
12:24
after 1.7 million rads of radiation.
261
744000
3000
na 1,7 miljoen rad straling.
12:27
The chromosome is literally blown apart.
262
747000
2000
Het chromosoom wordt letterlijk opgeblazen.
12:29
And here's that same DNA automatically reassembled
263
749000
4000
Hier heb je hetzelfde DNA dat automatisch herschikt werd
12:33
24 hours later.
264
753000
2000
24 uur later.
12:35
It's truly stunning that these organisms can do that,
265
755000
3000
Het is werkelijk verbluffend dat deze organismen dat kunnen doen.
12:38
and we probably have thousands,
266
758000
2000
We hebben waarschijnlijk duizenden,
12:40
if not tens of thousands, of different species
267
760000
2000
misschien wel tienduizenden verschillende soorten
12:42
on this planet that are capable of doing that.
268
762000
3000
op deze planeet die hiertoe in staat zijn.
12:45
After these genomes are synthesized,
269
765000
2000
Nadat deze genomen samengesteld worden,
12:47
the first step is just transplanting them
270
767000
2000
is de eerste stap om hen te transplanteren
12:49
into a cell without a genome.
271
769000
4000
naar een cel zonder genoom.
12:53
So we think synthetic cells are going to have tremendous potential,
272
773000
4000
We denken dus dat synthetische cellen een ongelooflijk potentieel zullen hebben,
12:57
not only for understanding the basis of biology
273
777000
3000
niet alleen voor het begrijpen van de basis van de biologie,
13:00
but for hopefully environmental and society issues.
274
780000
3000
maar ook voor het begrijpen van milieu- en maatschappijkwesties.
13:03
For example, from the third organism we sequenced,
275
783000
3000
Bijvoorbeeld bij het derde organisme waarvan we de sequentie bepaalden,
13:06
Methanococcus jannaschii -- it lives in boiling water temperatures;
276
786000
4000
Methanococcus jannaschii: het leeft in kokende watertemperaturen,
13:10
its energy source is hydrogen
277
790000
2000
heeft als energiebron waterstof
13:12
and all its carbon comes from CO2 it captures back from the environment.
278
792000
5000
en haalt al zijn koolstof uit de CO2 die het in de omgeving vindt.
13:17
So we know lots of different pathways,
279
797000
2000
We kennen dus veel verschillende reactiewegen
13:19
thousands of different organisms now
280
799000
3000
van wel duizenden verschillende organismen
13:22
that live off of CO2,
281
802000
2000
die van CO2 leven
13:24
and can capture that back.
282
804000
2000
en het opnieuw kunnen oogsten.
13:26
So instead of using carbon from oil
283
806000
3000
In plaats van koolstof uit olie te gebruiken
13:29
for synthetic processes,
284
809000
2000
voor synthetische processen,
13:31
we have the chance of using carbon
285
811000
3000
hebben we de mogelijkheid om koolstof te gebruiken
13:34
and capturing it back from the atmosphere,
286
814000
3000
en het opnieuw uit de atmosfeer te halen.
13:37
converting that into biopolymers
287
817000
2000
Zo kan het worden omgezet in biopolymeren
13:39
or other products.
288
819000
2000
of andere producten.
13:41
We have one organism that lives off of carbon monoxide,
289
821000
3000
Er bestaat een organisme dat leeft van koolstofmonoxide.
13:44
and we use as a reducing power
290
824000
2000
We gebruiken het als een reducerende kracht
13:46
to split water to produce hydrogen and oxygen.
291
826000
4000
om water op te delen ter vorming van waterstof en zuurstof.
13:50
Also, there's numerous pathways
292
830000
2000
Er zijn ook talloze reactiewegen
13:52
that can be engineered metabolizing methane.
293
832000
4000
die omgevormd kunnen worden ter vorming van methaan.
13:56
And DuPont has a major program with Statoil in Norway
294
836000
4000
DuPont heeft een groots plan met Statoil in Noorwegen
14:00
to capture and convert the methane
295
840000
2000
om het methaan uit de gasvelden op te vangen
14:02
from the gas fields there into useful products.
296
842000
4000
en om te vormen in nuttige producten.
14:06
Within a short while, I think there's going to be a new field
297
846000
2000
Binnenkort denk ik dat er een nieuwe discipline zal ontstaan
14:08
called "Combinatorial Genomics,"
298
848000
2000
met de naam combinatorische genomica,
14:10
because with these new synthesis capabilities,
299
850000
3000
omdat met deze nieuwe synthesemogelijkheden
14:13
these vast gene array repertoires
300
853000
3000
deze brede repertoires van genreeksen
14:16
and the homologous recombination,
301
856000
2000
en de homologe recombinatie,
14:18
we think we can design a robot to make
302
858000
2000
denken we een robot te kunnen ontwerpen om
14:20
maybe a million different chromosomes a day.
303
860000
3000
misschien wel een miljoen verschillende chromosomen per dag te maken.
14:24
And therefore, as with all biology,
304
864000
2000
Bijgevolg heb je zoals in heel de biologie
14:26
you get selection through screening,
305
866000
3000
selectie via het screenen.
14:29
whether you're screening for hydrogen production,
306
869000
2000
Of je nu aan het screenen bent voor waterstofproductie
14:31
or chemical production, or just viability.
307
871000
3000
of chemische productie, of gewoon levensvatbaarheid.
14:34
To understand the role of these genes
308
874000
2000
De rol van deze genen te begrijpen,
14:36
is going to be well within reach.
309
876000
2000
zal zeker binnen handbereik zijn.
14:38
We're trying to modify photosynthesis
310
878000
3000
We gaan proberen om fotosynthese om te vormen
14:41
to produce hydrogen directly from sunlight.
311
881000
3000
om waterstof rechtstreeks uit zonlicht te produceren.
14:44
Photosynthesis is modulated by oxygen,
312
884000
3000
Fotosynthese wordt geregeld door zuurstof;
14:47
and we have an oxygen-insensitive hydrogenase
313
887000
3000
we hebben een zuurstof-ongevoelige hydrogenase
14:50
that we think will totally change this process.
314
890000
5000
waarvan we denken dat het dit proces volledig zal veranderen.
14:55
We're also combining cellulases,
315
895000
2000
We zijn ook cellulasen aan het combineren,
14:57
the enzymes that break down complex sugars into simple sugars
316
897000
3000
de enzymes die complexe suikers afbreken tot eenvoudige suikers
15:00
and fermentation in the same cell
317
900000
3000
en fermentatie in dezelfde cel
15:03
for producing ethanol.
318
903000
2000
voor de productie van ethanol.
15:06
Pharmaceutical production is already under way
319
906000
2000
Farmaceutische productie is al gestart
15:08
in major laboratories
320
908000
2000
in de grote laboratoria
15:10
using microbes.
321
910000
2000
met behulp van microben.
15:12
The chemistry from compounds in the environment
322
912000
3000
De chemische reactie van stoffen in het milieu
15:15
is orders of magnitude more complex
323
915000
2000
is zoveel keer complexer
15:17
than our best chemists can produce.
324
917000
2000
dan onze beste chemici kunnen bewerkstelligen.
15:20
I think future engineered species
325
920000
2000
Ik geloof dat soorten die in de toekomst ontworpen zullen worden,
15:22
could be the source of food,
326
922000
2000
een voedselbron zouden kunnen worden,
15:24
hopefully a source of energy,
327
924000
2000
hopelijk een energiebron,
15:26
environmental remediation
328
926000
3000
mileusanering
15:29
and perhaps
329
929000
2000
en misschien wel
15:31
replacing the petrochemical industry.
330
931000
2000
als vervanging van de petrochemische industrie.
15:33
Let me just close with ethical and policy studies.
331
933000
3000
Laat me afsluiten met ethische en beleidstudies.
15:37
We delayed the start of our experiments in 1999
332
937000
4000
We hebben de start van onze experimenten in 1999 uitgesteld
15:41
until we completed a year-and-a-half bioethical review
333
941000
3000
tot dat we een bio-ethisch overzicht van anderhalf jaar hadden afgewerkt
15:44
as to whether we should try and make an artificial species.
334
944000
4000
om te zien of we wel een kunstmatige soort zouden moeten maken.
15:48
Every major religion participated in this.
335
948000
3000
Elke belangrijke godsdienst heeft hier aan meegewerkt.
15:51
It was actually a very strange study,
336
951000
2000
Het was eigenlijk een heel vreemde studie,
15:53
because the various religious leaders were using their scriptures as law books,
337
953000
5000
omdat de verscheidene religieuze leiders hun heilige schriften als wetboeken hanteerden.
15:58
and they couldn't find anything in them prohibiting making life,
338
958000
3000
Ze konden er niets in terugvinden over een verbod op het creëren van leven,
16:01
so it must be OK. The only ultimate concerns
339
961000
3000
dus moet het wel oké zijn. De enige ultieme zorgen
16:04
were biological warfare aspects of this,
340
964000
3000
betroffen aspecten van biologische oorlogsvoering.
16:08
but gave us the go ahead to start these experiments
341
968000
3000
Het gaf ons een groen licht om te starten met deze experimenten
16:11
for the reasons we were doing them.
342
971000
2000
omwille van de redenen waarvoor we ze doen.
16:13
Right now the Sloan Foundation has just funded
343
973000
2000
Op dit moment heeft het Sloan-fonds
16:15
a multi-institutional study on this,
344
975000
3000
een studie hierover met meerdere instellingen gefinancierd
16:18
to work out what the risk and benefits to society are,
345
978000
3000
om uit te werken wat de risico's en de voordelen zijn voor de samenleving
16:21
and the rules that scientific teams such as my own
346
981000
3000
en te kijken welke regels wetenschappelijke teams zoals de mijne
16:24
should be using in this area,
347
984000
2000
moeten hanteren in dit vak.
16:26
and we're trying to set good examples as we go forward.
348
986000
3000
We trachten ook een goed voorbeeld te zijn .
16:30
These are complex issues.
349
990000
2000
Dit zijn complexe kwesties.
16:32
Except for the threat of bio-terrorism,
350
992000
2000
Met uitzondering van de dreiging van biologisch terrorisme
16:34
they're very simple issues in terms of,
351
994000
2000
zijn het heel eenvoudige kwesties:
16:36
can we design things to produce clean energy,
352
996000
4000
kunnen we dingen ontwerpen om propere energie te produceren
16:40
perhaps revolutionizing
353
1000000
2000
en misschien wel revolutioneren
16:42
what developing countries can do
354
1002000
3000
wat ontwikkelingslanden kunnen doen
16:45
and provide through various simple processes.
355
1005000
3000
en tot stand brengen met behulp van allerlei eenvoudige processen.
16:48
Thank you very much.
356
1008000
2000
Heel erg bedankt.
Over deze website

Deze site laat u kennismaken met YouTube-video's die nuttig zijn om Engels te leren. U ziet Engelse lessen gegeven door topdocenten uit de hele wereld. Dubbelklik op de Engelse ondertitels op elke videopagina om de video af te spelen. De ondertitels scrollen synchroon met het afspelen van de video. Heeft u opmerkingen of verzoeken, neem dan contact met ons op via dit contactformulier.

https://forms.gle/WvT1wiN1qDtmnspy7